seq1 = pF1KB9934.tfa, 1941 bp
seq2 = pF1KB9934/gi568815590r_143480009.tfa (gi568815590r:143480009_143690081), 210073 bp

>pF1KB9934 1941
>gi568815590r:143480009_143690081 (Chr8)

(complement)

1-1091  (100001-101091)   99% ->
1092-1215  (103230-103353)   100% ->
1216-1287  (103792-103863)   100% ->
1288-1387  (108754-108853)   100% ->
1388-1488  (108928-109028)   100% ->
1489-1710  (109355-109576)   100% ->
1711-1905  (109876-110070)   100% ->
1906-1941  (110252-110287)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGAGCGGGAAGGCCTCCTGCACCCTGGAGACCGTGTGGGAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGAGCGGGAAGGCCTCCTGCACCCTGGAGACCGTGTGGGAAGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACAAGTATGAGGAGGCCGAGCGGCGCTTCTACGAACACGAGGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACAAGTATGAGGAGGCCGAGCGGCGCTTCTACGAACACGAGGCCACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCGGCCGCCTCCGCCCAGCAGCTGCCAGCCGAGGGGCCAGCCATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCGGCCGCCTCCGCCCAGCAGCTGCCAGCCGAGGGGCCAGCCATGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCCCGGCCAGGACGACCCTGAGGACGCTGATGAGGCGGAAGCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCCCGGCCAGGACGACCCTGAGGACGCTGATGAGGCGGAAGCCCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCGGCAGCAGGCGTGATCCCAGGAAGAGCCAGGACAGCAGGAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCGGCAGCAGGCGTGATCCCAGGAAGAGCCAGGACAGCAGGAAGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGAAAAAGAGGAAGCGCTCCCCCAAGAGCGGGCTCGGCCCCGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAGAAAAAGAGGAAGCGCTCCCCCAAGAGCGGGCTCGGCCCCGCGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGCCCTCCTGGGCCTCTCGGCCGAACGTGTGTGGCTGGACAAGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100301 CTGGCCCTCCTGGGCCTCTCGGCCGAACGCGTGTGGCTGGACAAGTCACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTCGACCAGGCAGAGAGCTCCTACCGCCAGAAGCTGGCAGATGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTCGACCAGGCAGAGAGCTCCTACCGCCAGAAGCTGGCAGATGTGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCAGGCAGCCTGGCCTCCTGCCTTGGCCCCTTGGGGTCTCTGCACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCAGGCAGCCTGGCCTCCTGCCTTGGCCCCTTGGGGTCTCTGCACCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAAACCAGGTGGCCTGCCACCACGTGACCTGGGGGATCTGGGTCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAAACCAGGTGGCCTGCCACCACGTGACCTGGGGGATCTGGGTCAACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTCCTCCTTCGACCAGGCTGAGCGGGCCTTCGTGGAGTGGTCTCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTCCTCCTTCGACCAGGCTGAGCGGGCCTTCGTGGAGTGGTCTCAGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGTTGCTGGCCCCCGAGGGCAGCCGCAGGCAGGGGACTCCCAACACAGGC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGTTGCTGGCCCCCGACGGCAGCCGCAGGCAGGGGACTCCCAACACAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGCAGGTGGCCGTCCCCGACCTGGCCCACCAGCCCAGCCCACCGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGCAGGTGGCCGTCCCCGACCTGGCCCACCAGCCCAGCCCACCGGTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGGCCAGCCCCCGCTGGGCAGCCTGCAGGCACTGGTTCGGGAGGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGGCCAGCCCCCGCTGGGCAGCCTGCAGGCACTGGTTCGGGAGGTGTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGAGAAGCCCCGGTATGATGCAGCCGAGAGGGGCTTCTACGAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGAGAAGCCCCGGTATGATGCAGCCGAGAGGGGCTTCTACGAGGCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTGACGGCCATCCCCCAGGGAAGGTGCGCCTGCAAGAGCGAGCCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTGACGGCCATCCCCCAGGGAAGGTGCGCCTGCAAGAGCGAGCCGGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGCCGAGGGTGCCCGGCGGGGCCGCAGAGACCGGCGGGGCCGCAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGCCGAGGGTGCCCGGCGGGGCCGCAGAGACCGGCGGGGCCGCAACATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TAGGGAACAAGCGGGCCGGGCTGCGACGGGCCGATGGGGAGGCCCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TAGGGAACAAGCGGGCCGGGCTGCGACGGGCCGATGGGGAGGCCCCCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCTTGCCCTACTGTTACTTCCTGCAGAAGGATGCAGAGGCCCCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCTTGCCCTACTGTTACTTCCTGCAGAAGGATGCAGAGGCCCCCTGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGCAAGCCTGCCTACGACAGCGCCGAGTGCCGCCACCACGCTGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGCAAGCCTGCCTACGACAGCGCCGAGTGCCGCCACCACGCTGCCGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCCTGCGTGTGGCCTGGTGCCTCGAAGCTGCCTCCCTGTCTCACCGACCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCCTGCGGGTGGCCTGGTGCCTCGAAGCTGCCTCCCTGTCTCACCGACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGTCCTCGGTCTGGCCTGTCCGTGTCCAGCCTGAGACCCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101051 GGTCCTCGGTCTGGCCTGTCCGTGTCCAGCCTGAGACCCAAGTA...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAGAAAAATGGCTACAAACTTCCTAGCACATGAGAAGATCTGGTTCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103230 CAGAAAAATGGCTACAAACTTCCTAGCACATGAGAAGATCTGGTTCGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGTTCAAATATGACGACGCAGAAAGGAGATTCTACGAGCAGATGAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103280 AGTTCAAATATGACGACGCAGAAAGGAGATTCTACGAGCAGATGAACGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCTGTGGCAGGTGCCTCCCGCCAG         GAGAACGGCGCCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103330 CCTGTGGCAGGTGCCTCCCGCCAGGTG...CAGGAGAACGGCGCCAGCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GATCCTCCGTGACATTGCGAGAGCCAGAGAGAACATCCAGAAATCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103809 GATCCTCCGTGACATTGCGAGAGCCAGAGAGAACATCCAGAAATCCCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CTGGA         AGCTCAGGCCCCGGGGCCTCCAGCGGCACCAGCGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103859 CTGGAGTG...CAGAGCTCAGGCCCCGGGGCCTCCAGCGGCACCAGCGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GACCACGGTGAGCTCGTCGTCCGGATTGCCAGTCTGGAAGTGGAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108790 GACCACGGTGAGCTCGTCGTCCGGATTGCCAGTCTGGAAGTGGAGAACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GAGTCTGCGTGGCG         TGGTACAGGAGCTGCAGCAGGCCATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108840 GAGTCTGCGTGGCGGTG...CAGTGGTACAGGAGCTGCAGCAGGCCATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CCAAGCTGGAGGCCCGGCTGAACGTGCTGGAGAAGAGCTCGCCTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108955 CCAAGCTGGAGGCCCGGCTGAACGTGCTGGAGAAGAGCTCGCCTGGCCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CGGGCCACGGCCCCACAGACCCAG         CACGTATCTCCCATGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109005 CGGGCCACGGCCCCACAGACCCAGGTG...CAGCACGTATCTCCCATGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CCAAGTGGAGCCCCCAGCCAAGAAGCCAGCCACACCAGCAGAGGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109372 CCAAGTGGAGCCCCCAGCCAAGAAGCCAGCCACACCAGCAGAGGATGACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGGATGATGACATTGACCTGTTTGGCAGTGACAATGAGGAGGAGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109422 AGGATGATGACATTGACCTGTTTGGCAGTGACAATGAGGAGGAGGACAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GAGGCGGCACAGCTGCGGGAGGAGCGGCTACGGCAGTACGCGGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109472 GAGGCGGCACAGCTGCGGGAGGAGCGGCTACGGCAGTACGCGGAGAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GGCCAAGAAGCCTGCACTGGTGGCCAAGTCCTCCATCCTGCTGGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109522 GGCCAAGAAGCCTGCACTGGTGGCCAAGTCCTCCATCCTGCTGGATGTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 AGCCT         TGGGATGATGAGACGGACATGGCCCAGCTGGAGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109572 AGCCTGTG...CAGTGGGATGATGAGACGGACATGGCCCAGCTGGAGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 TGTGTGCGCTCTATCCAGCTGGACGGGCTGGTCTGGGGGGCTTCCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109912 TGTGTGCGCTCTATCCAGCTGGACGGGCTGGTCTGGGGGGCTTCCAAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GGTGCCCGTGGGCTACGGTATCCGGAAGCTACAGATTCAGTGTGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109962 GGTGCCCGTGGGCTACGGTATCCGGAAGCTACAGATTCAGTGTGTGGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 AGGACGACAAGGTGGGGACAGACTTGCTGGAGGAGGAGATCACCAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110012 AGGACGACAAGGTGGGGACAGACTTGCTGGAGGAGGAGATCACCAAGTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GAGGAGCAC         GTGCAGAGTGTCGATATCGCAGCTTTCAACAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110062 GAGGAGCACGTG...CAGGTGCAGAGTGTCGATATCGCAGCTTTCAACAA

   2000 
   1938 GATC
        ||||
 110284 GATC