seq1 = pF1KB9933.tfa, 1467 bp
seq2 = pF1KB9933/gi568815587r_67338379.tfa (gi568815587r:67338379_67542628), 204250 bp

>pF1KB9933 1467
>gi568815587r:67338379_67542628 (Chr11)

(complement)

1-201  (100001-100201)   100% ->
202-324  (100541-100663)   100% ->
325-454  (100767-100896)   100% ->
455-636  (101115-101296)   100% ->
637-756  (101385-101504)   100% ->
757-861  (102190-102294)   100% ->
862-1007  (102366-102511)   100% ->
1008-1065  (102786-102843)   100% ->
1066-1344  (103680-103958)   100% ->
1345-1467  (104128-104250)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTCCGCAAAGTGGTCCGGCAGAGCAAATTCCGGCATGTGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTTCCGCAAAGTGGTCCGGCAGAGCAAATTCCGGCATGTGTTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGGTCAAGAACGACCAGTGCTATGAGGACATTCGCGTGTCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCGGTCAAGAACGACCAGTGCTATGAGGACATTCGCGTGTCCCGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTACCTGGGACAGCACCTTCTGCGCCGTCAACCCCAAGTTCCTGGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTACCTGGGACAGCACCTTCTGCGCCGTCAACCCCAAGTTCCTGGCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGTGGAGGCCAGTGGAGGGGGTGCCTTTCTGGTGCTCCCCCTAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGTGGAGGCCAGTGGAGGGGGTGCCTTTCTGGTGCTCCCCCTAAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         ACGGGCCGCATTGACAAGGCCTACCCGACGGTGTGTGGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTG...CAGACGGGCCGCATTGACAAGGCCTACCCGACGGTGTGTGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACGGGACCTGTCCTGGACATCGACTGGTGTCCTCACAACGACGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100581 ACACGGGACCTGTCCTGGACATCGACTGGTGTCCTCACAACGACGAAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATAGCCAGCGGCTCGGAGGACTGCACGGTCATG         GTGTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100631 ATAGCCAGCGGCTCGGAGGACTGCACGGTCATGGTG...CAGGTGTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATCCCAGAGAACGGGCTGACCTCCCCGCTGACAGAGCCGGTGGTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100775 GATCCCAGAGAACGGGCTGACCTCCCCGCTGACAGAGCCGGTGGTGGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGAGGGGCACACCAAGCGAGTGGGCATCATCGCCTGGCACCCCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100825 TGGAGGGGCACACCAAGCGAGTGGGCATCATCGCCTGGCACCCCACGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGAAACGTGCTGCTCAGTGCAG         GCTGCGACAACGTGGTACT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100875 CGAAACGTGCTGCTCAGTGCAGGTC...CAGGCTGCGACAACGTGGTACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCTGGAATGTGGGCACAGCGGAGGAGCTGTACCGCCTGGACAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101134 CATCTGGAATGTGGGCACAGCGGAGGAGCTGTACCGCCTGGACAGCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCTGACCTCATCTACAATGTCAGCTGGAACCACAATGGCAGCCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101184 ACCCTGACCTCATCTACAATGTCAGCTGGAACCACAATGGCAGCCTGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGCTCAGCATGCAAGGACAAGAGCGTGCGCATCATCGACCCCCGTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101234 TGCTCAGCATGCAAGGACAAGAGCGTGCGCATCATCGACCCCCGTCGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACCCTGGTGGCA         GAGCGGGAGAAGGCTCATGAGGGGGCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101284 CACCCTGGTGGCAGTA...CAGGAGCGGGAGAAGGCTCATGAGGGGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCCCATGCGGGCCATCTTCCTGGCAGATGGCAAGGTGTTCACCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 GGCCCATGCGGGCCATCTTCCTGGCAGATGGCAAGGTGTTCACCACAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCAGCCGAATGAGCGAGCGGCAGCTGGCGCTCTGGGACCCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101463 TTCAGCCGAATGAGCGAGCGGCAGCTGGCGCTCTGGGACCCAGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757  GAAAACCTCGAGGAACCCATGGCCCTGCAGGAACTGGACTCGAGCAACG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102189 GGAAAACCTCGAGGAACCCATGGCCCTGCAGGAACTGGACTCGAGCAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGGCCCTGCTGCCCTTCTACGACCCCGACACCAGTGTGGTCTACGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102239 GGGCCCTGCTGCCCTTCTACGACCCCGACACCAGTGTGGTCTACGTCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCAAG         GGTGACTCCAGCATCCGGTACTTTGAGATCACAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102289 GGCAAGGTG...CAGGGTGACTCCAGCATCCGGTACTTTGAGATCACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGAGCCTCCCTACATCCACTTCCTGAACACGTTCACCAGCAAGGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 GGAGCCTCCCTACATCCACTTCCTGAACACGTTCACCAGCAAGGAGCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCGGGGTATGGGCAGCATGCCCAAGCGGGGCCTGGAGGTCAGCAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 AGCGGGGTATGGGCAGCATGCCCAAGCGGGGCCTGGAGGTCAGCAAGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGATCGCCCG         GTTCTACAAACTGCATGAGCGCAAGTGTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 GAGATCGCCCGGTA...CAGGTTCTACAAACTGCATGAGCGCAAGTGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCCATCGTCATGACTGTGCCAAGAAAG         TCGGACCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102816 GCCCATCGTCATGACTGTGCCAAGAAAGGTG...CAGTCGGACCTCTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGATGATCTGTACCCCGACACAGCCGGGCCCGAGGCAGCCCTGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103693 AGGATGATCTGTACCCCGACACAGCCGGGCCCGAGGCAGCCCTGGAGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGGAGTGGGTGAGCGGGCGGGATGCCGACCCGATCCTCATCTCACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103743 GAGGAGTGGGTGAGCGGGCGGGATGCCGACCCGATCCTCATCTCACTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGGCCTACGTGCCCAGCAAGCAGCGGGACCTGAAGATCAGCCGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103793 GGAGGCCTACGTGCCCAGCAAGCAGCGGGACCTGAAGATCAGCCGGCGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGTGTTGTCTGACAGCCGGCCCGCCATGGCCCCGGGCTCCTCCCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103843 ACGTGTTGTCTGACAGCCGGCCCGCCATGGCCCCGGGCTCCTCCCACCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGGGCCCCCGCCTCCACCACCACTGCTGCTGATGCCACCCCCAGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103893 GGGGCCCCCGCCTCCACCACCACTGCTGCTGATGCCACCCCCAGCGGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGGCCAGAGCCGGG         GAGGCTGGGAAGCTGGAGGAGGTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103943 CCTGGCCAGAGCCGGGGTA...CAGGAGGCTGGGAAGCTGGAGGAGGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGCAGGAGCTGCGGGCCCTGAGGGCGCTGGTCAAGGAGCAGGGCGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104153 TGCAGGAGCTGCGGGCCCTGAGGGCGCTGGTCAAGGAGCAGGGCGACCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1420 ATCTGCCGCCTGGAGGAGCAGCTGGGCCGCATGGAGAACGGGGATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104203 ATCTGCCGCCTGGAGGAGCAGCTGGGCCGCATGGAGAACGGGGATGCG