seq1 = pF1KB9932.tfa, 1914 bp
seq2 = pF1KB9932/gi568815594f_186128196.tfa (gi568815594f:186128196_186358209), 230014 bp

>pF1KB9932 1914
>gi568815594f:186128196_186358209 (Chr4)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-221  (103932-104094)   100% ->
222-328  (105757-105863)   100% ->
329-488  (108586-108745)   100% ->
489-598  (110061-110170)   100% ->
599-758  (122048-122207)   100% ->
759-868  (123024-123133)   100% ->
869-1031  (123292-123454)   100% ->
1032-1144  (123554-123666)   100% ->
1145-1313  (123822-123990)   100% ->
1314-1489  (126393-126568)   100% ->
1490-1585  (127797-127892)   100% ->
1586-1725  (129031-129170)   100% ->
1726-1914  (129826-130014)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTTATTCAAGCAAGCAACTTATTTCATTTCCTTGTTTGCTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTTATTCAAGCAAGCAACTTATTTCATTTCCTTGTTTGCTACAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCTGTG         GATGTCTGACTCAACTCTATGAAAACGCCTTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCTGTGGTA...CAGGATGTCTGACTCAACTCTATGAAAACGCCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGAGGTGGGGATGTAGCTTCCATGTACACCCCAAATGCCCAATACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103965 TCAGAGGTGGGGATGTAGCTTCCATGTACACCCCAAATGCCCAATACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGATGAGGTGCACATTCCACCCAAGGTGTTTGCTATTCAGTTTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104015 CAGATGAGGTGCACATTCCACCCAAGGTGTTTGCTATTCAGTTTTCTTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAAGTTCAATCAATGACATGGAGAAAAG         GTTTGGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104065 AGCAAGTTCAATCAATGACATGGAGAAAAGGTA...TAGGTTTGGTTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTGAAAGATAGTGTTACAGGAACCCTGCCAAAAGTACATCGAACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105768 TCTTGAAAGATAGTGTTACAGGAACCCTGCCAAAAGTACATCGAACAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGTTTCTGGACATTCCTTGAAGCAATGTGGTCATCAAATAAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105818 GCAGTTTCTGGACATTCCTTGAAGCAATGTGGTCATCAAATAAGTGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      CTTGCCATCGAGACATTTATAAAGGAGTTGATATGAGAGGAGTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105868 ..CAGCTTGCCATCGAGACATTTATAAAGGAGTTGATATGAGAGGAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTTAATGTGTCTAAGGTTAGCAGTGTTGAAGAATGCCAAAAAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108631 ATTTTAATGTGTCTAAGGTTAGCAGTGTTGAAGAATGCCAAAAAAGGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCAGTAACATTCGCTGCCAGTTTTTTTCATATGCCACGCAAACATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108681 ACCAGTAACATTCGCTGCCAGTTTTTTTCATATGCCACGCAAACATTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGGCAGAGTACCG         GAACAATTGCCTATTAAAGTACAGTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108731 CAAGGCAGAGTACCGGTG...CAGGAACAATTGCCTATTAAAGTACAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGGAGGAACACCTACCGCTATAAAGGTGCTGAGTAACGTGGAATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110087 CCGGAGGAACACCTACCGCTATAAAGGTGCTGAGTAACGTGGAATCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCTCACTGAAGCCCTGTGCCCTTTCAGAAATTG         GTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110137 TTCTCACTGAAGCCCTGTGCCCTTTCAGAAATTGGTA...CAGGTTGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATGAACATCTTCCAGCATCTTGCGTTCTCAGATGTGGATGTTGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122055 CATGAACATCTTCCAGCATCTTGCGTTCTCAGATGTGGATGTTGCCAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCTCACTCCAGATGCTTTTGTGTGTCGGACCATCTGCACCTATCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122105 TTCTCACTCCAGATGCTTTTGTGTGTCGGACCATCTGCACCTATCACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACTGCCTCTTCTTTACATTCTATACAAATGTATGGAAAATCGAGTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122155 AACTGCCTCTTCTTTACATTCTATACAAATGTATGGAAAATCGAGTCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAG         AAATGTTTGTCTTCTTAAAACATCTGAAAGTGGCACAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122205 AAGGCG...TAGAAATGTTTGTCTTCTTAAAACATCTGAAAGTGGCACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAAGTTCCTCTACTCCTCAAGAAAACACCATATCTGGATATAGCCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123062 CAAGTTCCTCTACTCCTCAAGAAAACACCATATCTGGATATAGCCTTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACCTGCAAAAGAACTTTACCTG         AACCCTGCCATTCTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123112 ACCTGCAAAAGAACTTTACCTGGTA...CAGAACCCTGCCATTCTAAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTACCCGGGAGTTGACTTTGGAGGAGAAGAATTGAATGTGACTTTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123311 TTACCCGGGAGTTGACTTTGGAGGAGAAGAATTGAATGTGACTTTTGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGGAGTGAATGTTTGCCAAGAGACTTGCACAAAGATGATTCGCTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123361 AAGGAGTGAATGTTTGCCAAGAGACTTGCACAAAGATGATTCGCTGTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTTTCACTTATTCTTTACTCCCAGAAGACTGTAAGGAAGAGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123411 TTTTTCACTTATTCTTTACTCCCAGAAGACTGTAAGGAAGAGAAGTA...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032    GTGTAAGTGTTTCTTAAGATTATCTATGGATGGTTCTCCAACTAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123551 TAGGTGTAAGTGTTTCTTAAGATTATCTATGGATGGTTCTCCAACTAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTGCGTATGGGACACAAGGGAGCTCTGGTTACTCTTTGAGATTGTGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123601 TTGCGTATGGGACACAAGGGAGCTCTGGTTACTCTTTGAGATTGTGTAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACTGGGGACAACTCTG         TCTGCACAACAAAAACAAGCACACG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 123651 ACTGGGGACAACTCTGGTG...CAGTCTGCACAACAAAAACAAGCACACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATTGTTGGAGGAACAAACTCTTCTTGGGGAGAGTGGCCCTGGCAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123847 CATTGTTGGAGGAACAAACTCTTCTTGGGGAGAGTGGCCCTGGCAGGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCCTGCAGGTGAAGCTGACAGCTCAGAGGCACCTGTGTGGAGGGTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123897 GCCTGCAGGTGAAGCTGACAGCTCAGAGGCACCTGTGTGGAGGGTCACTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATAGGACACCAGTGGGTCCTCACTGCTGCCCACTGCTTTGATGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123947 ATAGGACACCAGTGGGTCCTCACTGCTGCCCACTGCTTTGATGGGTA...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314    GCTTCCCCTGCAGGATGTTTGGCGCATCTATAGTGGCATTTTAAATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126390 TAGGCTTCCCCTGCAGGATGTTTGGCGCATCTATAGTGGCATTTTAAATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGTCAGACATTACAAAAGATACACCTTTCTCACAAATAAAAGAGATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126440 TGTCAGACATTACAAAAGATACACCTTTCTCACAAATAAAAGAGATTATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATTCACCAAAACTATAAAGTCTCAGAAGGGAATCATGATATCGCCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126490 ATTCACCAAAACTATAAAGTCTCAGAAGGGAATCATGATATCGCCTTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AAAACTCCAGGCTCCTTTGAATTACACTG         AATTCCAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126540 AAAACTCCAGGCTCCTTTGAATTACACTGGTA...CAGAATTCCAAAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAATATGCCTACCTTCCAAAGGTGACACAAGCACAATTTATACCAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127809 CAATATGCCTACCTTCCAAAGGTGACACAAGCACAATTTATACCAACTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TGGGTAACCGGATGGGGCTTCTCGAAGGAGAAAG         GTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 127859 TGGGTAACCGGATGGGGCTTCTCGAAGGAGAAAGGTA...CAGGTGAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCAAAATATTCTACAAAAGGTAAATATTCCTTTGGTAACAAATGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129038 CCAAAATATTCTACAAAAGGTAAATATTCCTTTGGTAACAAATGAAGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCCAGAAAAGATATCAAGATTATAAAATAACCCAACGGATGGTCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129088 GCCAGAAAAGATATCAAGATTATAAAATAACCCAACGGATGGTCTGTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGCTATAAAGAAGGGGGAAAAGATGCTTGTAAG         GGAGATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 129138 GGCTATAAAGAAGGGGGAAAAGATGCTTGTAAGGTA...CAGGGAGATTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGGTGGTCCCTTAGTTTGCAAACACAACGGAATGTGGCGTTTGGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 129834 AGGTGGTCCCTTAGTTTGCAAACACAATGGAATGTGGCGTTTGGTGGGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TCACCAGCTGGGGTGAAGGCTGTGCCCGCAGGGAGCAACCTGGTGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129884 TCACCAGCTGGGGTGAAGGCTGTGCCCGCAGGGAGCAACCTGGTGTCTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ACCAAAGTCGCTGAGTACATGGACTGGATTTTAGAGAAAACACAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129934 ACCAAAGTCGCTGAGTACATGGACTGGATTTTAGAGAAAACACAGAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :
   1884 TGATGGAAAAGCTCAGATGCAGTCACCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 129984 TGATGGAAAAGCTCAGATGCAGTCACCAGCA