seq1 = pF1KB9928.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KB9928/gi568815575f_102207079.tfa (gi568815575f:102207079_102426511), 219433 bp

>pF1KB9928 1878
>gi568815575f:102207079_102426511 (ChrX)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-233  (109885-110074)   100% ->
234-384  (110301-110451)   100% ->
385-468  (110755-110838)   100% ->
469-573  (110950-111054)   100% ->
574-654  (111170-111250)   100% ->
655-724  (111437-111506)   100% ->
725-813  (111663-111751)   100% ->
814-921  (111872-111979)   100% ->
922-1031  (112159-112268)   100% ->
1032-1068  (113947-113983)   100% ->
1069-1137  (114364-114432)   100% ->
1138-1193  (114519-114574)   100% ->
1194-1301  (114706-114813)   100% ->
1302-1360  (114934-114992)   100% ->
1361-1476  (115131-115246)   100% ->
1477-1519  (115342-115384)   100% ->
1520-1592  (115985-116057)   100% ->
1593-1775  (116592-116774)   100% ->
1776-1836  (119185-119245)   100% ->
1837-1878  (119392-119433)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGCTCTACTCTAAAGAAGTGTGGGACATACAGAACTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGTGCTCTACTCTAAAGAAGTGTGGGACATACAGAACTGAAGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   TTGCAGAATGCCATGACCATGGTAGCACTTTTCAAGGAAGAAAGAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109883 AGTTGCAGAATGCCATGACCATGGTAGCACTTTTCAAGGAAGAAAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGGAGTTCTTTCCGGGATAATTTTGACAAGAGGAGCTGTCATTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109933 GTGGGAGTTCTTTCCGGGATAATTTTGACAAGAGGAGCTGTCATTATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGGTGGGTATGAGCGCCCGCCTTCACACTGCCAGGAGAATGATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109983 CATGGTGGGTATGAGCGCCCGCCTTCACACTGCCAGGAGAATGATGGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGGAGATGAGGGATGTCCACAAGGACCAACAACTAAGACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110033 CGTGGAGATGAGGGATGTCCACAAGGACCAACAACTAAGACAGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  CACTCCTTATAGCATCCGATGCGAAAGAAGAATGAAATGGCATAGTGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110300 GCACTCCTTATAGCATCCGATGCGAAAGAAGAATGAAATGGCATAGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACGAAATCCGTATTACCACGTGGAGAAATAGAAAACCTCCGGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110350 GACGAAATCCGTATTACCACGTGGAGAAATAGAAAACCTCCGGAGAGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATGAGTCAGAACACACAGGATGGATACACAAGGAACTGGTTTAAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110400 AATGAGTCAGAACACACAGGATGGATACACAAGGAACTGGTTTAAGGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CA         ATTCCTTACGGGATAAAGTATGACAAGGCATGGCTAATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110450 CAGTG...TAGATTCCTTACGGGATAAAGTATGACAAGGCATGGCTAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATTCAATCCAGAGCCATTGCAGTGACCGCTTCACTCCGGTTGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110794 AATTCAATCCAGAGCCATTGCAGTGACCGCTTCACTCCGGTTGATGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     TTCCACTACGTCCGAAATCGGGCATGCTTCTTTGTCCAGGATGCTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110844 .TAGTTCCACTACGTCCGAAATCGGGCATGCTTCTTTGTCCAGGATGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCGCTGCCTCCGCATTGAAGGATGTCAGTTATAAGATTTATGATGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110996 GCGCTGCCTCCGCATTGAAGGATGTCAGTTATAAGATTTATGATGATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCAAAAG         ATATGTATATTTGTCAATCATTCTACTGCGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111046 AACCAAAAGGTG...CAGATATGTATATTTGTCAATCATTCTACTGCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTACTCTGTGAAGAATAAGTTGAAGCCAGGCCAAATGGAGATGCTAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111202 CTACTCTGTGAAGAATAAGTTGAAGCCAGGCCAAATGGAGATGCTAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         CTGACCATGAACAAACGGTACAATGTCTCCCAGCAAGCTCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111252 TA...CAGCTGACCATGAACAAACGGTACAATGTCTCCCAGCAAGCTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATCTCCAGAATCTCCGCTTTGACCCAG         ACTTGATGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111479 GATCTCCAGAATCTCCGCTTTGACCCAGGTA...AAGACTTGATGGGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGACATTGATATAATCCTGAATCGAAGAAACTGCATGGCTGCCACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111676 TGACATTGATATAATCCTGAATCGAAGAAACTGCATGGCTGCCACCCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGATCATTGAAAGAAATTTCCCTGAG         CTGTTGTCTTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111726 AGATCATTGAAAGAAATTTCCCTGAGGTG...AAGCTGTTGTCTTTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTGTGCAACAACAAGCTGTACCAGCTGGATGGCCTTTCTGACATTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111887 TTGTGCAACAACAAGCTGTACCAGCTGGATGGCCTTTCTGACATTACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAAGGCTCCCAAAGTCAAGACCCTGAATCTCTCCAAAAATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111937 GAAGGCTCCCAAAGTCAAGACCCTGAATCTCTCCAAAAATAAGGTG...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   CTGGAGTCGGCGTGGGAGTTGGGCAAGGTGAAAGGGCTGAAGCTCGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112157 AGCTGGAGTCGGCGTGGGAGTTGGGCAAGGTGAAAGGGCTGAAGCTCGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGCTATGGCTAGAAGGGAACCCGTTGTGCAGCACCTTCTCGGACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112207 GAGCTATGGCTAGAAGGGAACCCGTTGTGCAGCACCTTCTCGGACCAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGCCTATGTAAG         TGCCATCCGGGATTGTTTCCCCAAGTTGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112257 CGCCTATGTAAGGTC...CAGTGCCATCCGGGATTGTTTCCCCAAGTTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TACGCCTG         GACGGCCGAGAGTTATCCGCACCAGTGATTGTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113976 TACGCCTGGTA...CAGGACGGCCGAGAGTTATCCGCACCAGTGATTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GACATTGACAGCTCTGAGACAATGAAACCCTGCAAG         GAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114397 GACATTGACAGCTCTGAGACAATGAAACCCTGCAAGGTG...CAGGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CTTTACTGGATCTGAGACCCTAAAGCATTTAGTCCTGCAATTCCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114524 CTTTACTGGATCTGAGACCCTAAAGCATTTAGTCCTGCAATTCCTGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 A         GTATTACTCGATCTATGACTCTGGAGATCGACAGGGTCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114574 AGTG...CAGGTATTACTCGATCTATGACTCTGGAGATCGACAGGGTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 CTCGGTGCTTACCACGATGAGGCCTGCTTCTCCTTGGCTATTCCCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114746 CTCGGTGCTTACCACGATGAGGCCTGCTTCTCCTTGGCTATTCCCTTCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CCCCAAGGACTCAGCCCC         GAGCAGCTTGTGCAAGTACTTTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114796 CCCCAAGGACTCAGCCCCGTG...TAGGAGCAGCTTGTGCAAGTACTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 AGGATAGCAGGAATATGAAAACACTCAAGGACCCCT         ACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114957 AGGATAGCAGGAATATGAAAACACTCAAGGACCCCTGTA...CAGACCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 AAGGGGGAACTGCTGAGGCGCACAAAACGTGACATTGTGGACTCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115136 AAGGGGGAACTGCTGAGGCGCACAAAACGTGACATTGTGGACTCCCTCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 TGCGTTGCCCAAAACTCAGCATGACCTCAGCTCCATCCTGGTGGACGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115186 TGCGTTGCCCAAAACTCAGCATGACCTCAGCTCCATCCTGGTGGACGTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GGTGCCAGACG         GAAAGGATGCTCTGCTTTTCTGTCAATGGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115236 GGTGCCAGACGGTG...CAGGAAAGGATGCTCTGCTTTTCTGTCAATGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GTTTTCAAGGAAG         TGGAAGGACAGTCTCAGGGTTCTGTTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 115372 GTTTTCAAGGAAGGTG...AAGTGGAAGGACAGTCTCAGGGTTCTGTTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548 CGCCTTCACCCGGACCTTCATTGCTACCCCTGGCAGCAGTTCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116013 CGCCTTCACCCGGACCTTCATTGCTACCCCTGGCAGCAGTTCCAGGTT..

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593     TCTGTGCATCGTGAATGACGAGCTGTTTGTGAGGGATGCCAGCCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116063 .CAGTCTGTGCATCGTGAATGACGAGCTGTTTGTGAGGGATGCCAGCCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 CAAGAGACTCAGAGTGCCTTCTCCATCCCAGTGTCCACACTCTCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116638 CAAGAGACTCAGAGTGCCTTCTCCATCCCAGTGTCCACACTCTCCTCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 CTCTGAGCCCTCCCTCTCCCAGGAGCAGCAGGAAATGGTGCAGGCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116688 CTCTGAGCCCTCCCTCTCCCAGGAGCAGCAGGAAATGGTGCAGGCTTTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 CTGCCCAGTCTGGGATGAAACTGGAGTGGTCTCAGAA         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116738 CTGCCCAGTCTGGGATGAAACTGGAGTGGTCTCAGAAGTG...CAGGTGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 CTTCAGGACAATGAGTGGAACTACACTAGAGCTGGCCAGGCCTTCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119189 CTTCAGGACAATGAGTGGAACTACACTAGAGCTGGCCAGGCCTTCACTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 GCTCCAG         ACCGAGGGCAAGATCCCCGCAGAGGCCTTCAAGC
        |||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||| |||||||||||||
 119239 GCTCCAGGTG...TAGACCGAGGGCAAGATCCCCGCGGAGGCCTTCAAGC

   2050     .
   1871 AAATCTCC
        ||||||||
 119426 AAATCTCC