seq1 = pF1KB9910.tfa, 1770 bp
seq2 = pF1KB9910/gi568815578f_58881283.tfa (gi568815578f:58881283_59094239), 212957 bp

>pF1KB9910 1770
>gi568815578f:58881283_59094239 (Chr20)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-203  (104811-104926)   100% ->
204-313  (105472-105581)   100% ->
314-423  (106426-106535)   100% ->
424-531  (107632-107739)   100% ->
532-684  (108206-108358)   100% ->
685-815  (108576-108706)   100% ->
816-981  (109628-109793)   100% ->
982-1116  (110030-110164)   100% ->
1117-1256  (110599-110738)   100% ->
1257-1371  (111716-111830)   100% ->
1372-1467  (112167-112262)   100% ->
1468-1608  (112342-112482)   100% ->
1609-1738  (112828-112957)   100% ->
1739-1770  (113360-113391)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGGCCGTGCCGGGCGCCATCATGGACGAGGACTACTACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGGGCCGTGCCGGGCGCCATCATGGACGAGGACTACTACGGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCCGAGTGGGGCGACGAGGCTGACGGCGGCCAG         CAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CGCGGCCGAGTGGGGCGACGAGGCTGACGGCGGCCAGGTG...CAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGATGATTCTGGAGAAGGAGAGGATGATGCGGAGGTTCAGCAAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104815 AGGATGATTCTGGAGAAGGAGAGGATGATGCGGAGGTTCAGCAAGAATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCATAAATTTTCCACCCGGGATTATATCATGGAACCCTCCATCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104865 CTGCATAAATTTTCCACCCGGGATTATATCATGGAACCCTCCATCTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACTCTGAAGAG         GTATTTTCAGGCAGGAGGGTCTCCAGAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104915 CACTCTGAAGAGGTA...TAGGTATTTTCAGGCAGGAGGGTCTCCAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTTATCCAGCTCTTATCTGAAAACTACACCGCTGTGGCCCAGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105501 ATGTTATCCAGCTCTTATCTGAAAACTACACCGCTGTGGCCCAGACTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCTGCTGGCCGAGTGGCTCATTCAGACAG         GTGTTGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105551 AACCTGCTGGCCGAGTGGCTCATTCAGACAGGTG...CAGGTGTTGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGCAGGTTCAGGAAACTGTGGAAAATCACTTGAAGAGTTTGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106436 AGTGCAGGTTCAGGAAACTGTGGAAAATCACTTGAAGAGTTTGCTGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACATTTTGACCCCCGCAAAGCAGATTCTATTTTTACTGAAGAAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106486 AACATTTTGACCCCCGCAAAGCAGATTCTATTTTTACTGAAGAAGGAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          ACCCCAGCGTGGCTGGAACAGATGATTGCACATACCACGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106536 GTG...CAGACCCCAGCGTGGCTGGAACAGATGATTGCACATACCACGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCGGGACCTTTTTTATAAACTGGCTGAAGCCCATCCAGACTGTTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107673 GCGGGACCTTTTTTATAAACTGGCTGAAGCCCATCCAGACTGTTTGATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAACTTCACCGTTAAG         CTTATTTCTGACGCAGGGTACCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107723 TGAACTTCACCGTTAAGGTA...TAGCTTATTTCTGACGCAGGGTACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGGGAGATCACCAGTGTGTCCACAGCATGCCAGCAGCTAGAAGTGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108230 GGGGAGATCACCAGTGTGTCCACAGCATGCCAGCAGCTAGAAGTGTTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGAGTGCTCCGGACCTCTCTAGCTACAATTTTAGATGGAGGAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108280 GAGAGTGCTCCGGACCTCTCTAGCTACAATTTTAGATGGAGGAGAAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCTTGAAAAAAATCTCCCTGAGTTTGCC         AAGATGGTGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108330 ACCTTGAAAAAAATCTCCCTGAGTTTGCCGTA...CAGAAGATGGTGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CACGGGGAGCACACGTACCTGTTTGCCCAGGCCATGATGTCCGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108588 CACGGGGAGCACACGTACCTGTTTGCCCAGGCCATGATGTCCGTGCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCAGGAGGAGCAGGGGGGCTCCGCTGTGCGCAGGATCGCCCAGGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108638 CCAGGAGGAGCAGGGGGGCTCCGCTGTGCGCAGGATCGCCCAGGAAGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCGCTTTGCCCAGGAGAA         AGGTCATGACGCCAGTCAGATC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108688 AGCGCTTTGCCCAGGAGAAGTG...AAGAGGTCATGACGCCAGTCAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACACTAGCCTTGGGCACAGCTGCCTCCTACCCCAGGGCCTGCCAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109650 ACACTAGCCTTGGGCACAGCTGCCTCCTACCCCAGGGCCTGCCAGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGGGGCCATGCTGTCCAAAGGAGCCCTGAACCCTGCTGACATCACCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109700 CGGGGCCATGCTGTCCAAAGGAGCCCTGAACCCTGCTGACATCACCGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTTCAAGATGTTCACAAGCATGGACCCTCCTCCGGTTGAACTT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109750 TGTTCAAGATGTTCACAAGCATGGACCCTCCTCCGGTTGAACTTGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982    ATCCGCGTTCCAGCCTTCCTGGACCTGTTCATGCAGTCACTCTTTAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110027 CAGATCCGCGTTCCAGCCTTCCTGGACCTGTTCATGCAGTCACTCTTTAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACCAGGGGCTCGGATCAACCAGGACCACAAGCACAAATACATCCACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110077 ACCAGGGGCTCGGATCAACCAGGACCACAAGCACAAATACATCCACATCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGCGTACGCAGCAAGCGTGGTTGAGACCTGGAAGAAG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110127 TGGCGTACGCAGCAAGCGTGGTTGAGACCTGGAAGAAGGTA...CAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAGCGAGTGAGCATCAATAAAGATGAGCTGAAGTCAACGTCAAAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110602 AAGCGAGTGAGCATCAATAAAGATGAGCTGAAGTCAACGTCAAAAGCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAAACCGTTCACAATTTGTGTTGCAACGAGAACAAAGGGGCCTCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110652 CGAAACCGTTCACAATTTGTGTTGCAACGAGAACAAAGGGGCCTCTGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAGTGGCAGAATTGAGCACACTTTATCAGTGTATTAG         GTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110702 TAGTGGCAGAATTGAGCACACTTTATCAGTGTATTAGGTA...TAGGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCAGTGGTAGCAATGGGTGTGCTGAAGTGGGTGGATTGGACTGTATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111720 CCAGTGGTAGCAATGGGTGTGCTGAAGTGGGTGGATTGGACTGTATCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACCAAGGTACTTTCAGCTGCAGACTGACCATACCCCTGTCCACCTGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111770 ACCAAGGTACTTTCAGCTGCAGACTGACCATACCCCTGTCCACCTGGCGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGCTGGATGAG         ATCAGCACCTGCCACCAGCTCCTGCACCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111820 TGCTGGATGAGGTA...TAGATCAGCACCTGCCACCAGCTCCTGCACCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAGGTCCTGCAGCTGCTTGTTAAGCTTTTTGAGACTGAGCACTCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112197 CAGGTCCTGCAGCTGCTTGTTAAGCTTTTTGAGACTGAGCACTCCCAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GGACGTGATGGAGCAG         CTTGAGTTGAAGAAGACACTGCTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112247 GGACGTGATGGAGCAGGTG...TAGCTTGAGTTGAAGAAGACACTGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACAGGATGGTTCACCTGCTGAGTCGAGGTTATGTACTTCCTGTTGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112367 ACAGGATGGTTCACCTGCTGAGTCGAGGTTATGTACTTCCTGTTGTCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TACATCCGAAAGTGTCTGGAGAAGCTGGACACTGACATTTCACTCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112417 TACATCCGAAAGTGTCTGGAGAAGCTGGACACTGACATTTCACTCATTCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTATTTTGTCACTGAG         GTGCTGGACGTCATTGCTCCTCCTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112467 CTATTTTGTCACTGAGGTC...CAGGTGCTGGACGTCATTGCTCCTCCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATACCTCTGACTTCGTGCAACTTTTCCTCCCCATCCTGGAGAATGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112853 ATACCTCTGACTTCGTGCAACTTTTCCTCCCCATCCTGGAGAATGACAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATCGCAGGTACCATCAAAACGGAAGGCGAGCATGACCCTGTGACGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112903 ATCGCAGGTACCATCAAAACGGAAGGCGAGCATGACCCTGTGACGGAGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1734 TATAG         CTCACTGCAAATCTAACTTCATCATGGTGAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112953 TATAGGTG...AAGCTCACTGCAAATCTAACTTCATCATGGTGAAC