seq1 = pF1KB9906.tfa, 1767 bp
seq2 = pF1KB9906/gi568815589r_83561790.tfa (gi568815589r:83561790_83807679), 245890 bp

>pF1KB9906 1767
>gi568815589r:83561790_83807679 (Chr9)

(complement)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-332  (121525-121676)   100% ->
333-448  (124614-124729)   100% ->
449-711  (127643-127905)   100% ->
712-870  (129081-129239)   100% ->
871-1105  (129719-129953)   100% ->
1106-1248  (138353-138495)   99% ->
1249-1332  (141247-141330)   100% ->
1333-1448  (142535-142650)   100% ->
1449-1617  (143637-143805)   99% ->
1618-1767  (145741-145890)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGAGTGGTGAAAGCGGCGGTCCTCCGGGCTCCCAGGATAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGAGTGGTGAAAGCGGCGGTCCTCCGGGCTCCCAGGATAGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGGAGCCGAAGGTGCTGGCGCCCCCGCGGCCGCTGCCTCCGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGGAGCCGAAGGTGCTGGCGCCCCCGCGGCCGCTGCCTCCGCGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAAATCATGAAAGTCACCGTGAAGACCCCGAAGGAAAAGGAGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAAATCATGAAAGTCACCGTGAAGACCCCGAAGGAAAAGGAGGAATTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGTGCCCGAGAATAGCTCCGTCCAGCAG         TTTAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 GCCGTGCCCGAGAATAGCTCCGTCCAGCAGGTG...TAGTTTAAGGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCTCTAAACGTTTTAAATCACATACTGACCAACTTGTGTTGATATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121536 AATCTCTAAACGTTTTAAATCACATACTGACCAACTTGTGTTGATATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGAAAAATTTTGAAAGATCAAGATACCTTGAGTCAGCATGGAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121586 CTGGAAAAATTTTGAAAGATCAAGATACCTTGAGTCAGCATGGAATTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGGACTTACTGTTCACCTTGTCATTAAAACACAAAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121636 GATGGACTTACTGTTCACCTTGTCATTAAAACACAAAACAGGTA...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTCAGGATCATTCAGCTCAGCAAACAAATACAGCTGGAAGCAATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124614 GCCTCAGGATCATTCAGCTCAGCAAACAAATACAGCTGGAAGCAATGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTACATCATCAACTCCTAATAGTAACTCTACATCTGGTTCTGCTACTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124664 CTACATCATCAACTCCTAATAGTAACTCTACATCTGGTTCTGCTACTAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACCCTTTTGGTTTAG         GTGGCCTTGGGGGACTTGCAGGTCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 124714 AACCCTTTTGGTTTAGGTA...TAGGTGGCCTTGGGGGACTTGCAGGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGTAGCTTGGGTTTGAATACTACCAACTTCTCTGAACTACAGAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127668 GAGTAGCTTGGGTTTGAATACTACCAACTTCTCTGAACTACAGAGTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCAGCGACAACTTTTGTCTAACCCTGAAATGATGGTCCAGATCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127718 TGCAGCGACAACTTTTGTCTAACCCTGAAATGATGGTCCAGATCATGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATCCCTTTGTTCAGAGCATGCTCTCAAATCCTGACCTGATGAGACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127768 AATCCCTTTGTTCAGAGCATGCTCTCAAATCCTGACCTGATGAGACAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AATTATGGCCAATCCACAAATGCAGCAGTTGATACAGAGAAATCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127818 AATTATGGCCAATCCACAAATGCAGCAGTTGATACAGAGAAATCCAGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTAGTCATATGTTGAATAATCCAGATATAATGAGACAA         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 127868 TTAGTCATATGTTGAATAATCCAGATATAATGAGACAAGTA...TAGACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTGGAACTTGCCAGGAATCCAGCAATGATGCAGGAGATGATGAGGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129084 TTGGAACTTGCCAGGAATCCAGCAATGATGCAGGAGATGATGAGGAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGACCGAGCTTTGAGCAACCTAGAAAGCATCCCAGGGGGATATAATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129134 GGACCGAGCTTTGAGCAACCTAGAAAGCATCCCAGGGGGATATAATGCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TAAGGCGCATGTACACAGATATTCAGGAACCAATGCTGAGTGCTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129184 TAAGGCGCATGTACACAGATATTCAGGAACCAATGCTGAGTGCTGCACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGCAG         TTTGGTGGTAATCCATTTGCTTCCTTGGTGAGCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129234 GAGCAGGTG...CAGTTTGGTGGTAATCCATTTGCTTCCTTGGTGAGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TACATCCTCTGGTGAAGGTAGTCAACCTTCCCGTACAGAAAATAGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129754 TACATCCTCTGGTGAAGGTAGTCAACCTTCCCGTACAGAAAATAGAGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CACTACCCAATCCATGGGCTCCACAGACTTCCCAGAGTTCATCAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129804 CACTACCCAATCCATGGGCTCCACAGACTTCCCAGAGTTCATCAGCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCGGCACTGCCAGCACTGTGGGTGGCACTACTGGTAGTACTGCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129854 AGCGGCACTGCCAGCACTGTGGGTGGCACTACTGGTAGTACTGCCAGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CACTTCTGGGCAGAGTACTACTGCGCCAAATTTGGTGCCTGGAGTAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129904 CACTTCTGGGCAGAGTACTACTGCGCCAAATTTGGTGCCTGGAGTAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106          CTAGTATGTTCAACACACCAGGAATGCAGAGCTTGTTGCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129954 GTA...CAGCTAGTATGTTCAACACACCAGGAATGCAGAGCTTGTTGCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAAATAACTGAAAACCCACAACTTATGCAAAACATGTTGTCTGCCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 138394 CAAATAACTGAAAACCCACAACTGATGCAAAACATGTTGTCTGCCCCCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CATGAGAAGCATGATGCAGTCACTAAGCCAGAATCCTGACCTTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138444 CATGAGAAGCATGATGCAGTCACTAAGCCAGAATCCTGACCTTGCTGCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AG         ATGATGCTGAATAATCCCCTATTTGCTGGAAATCCTCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138494 AGGTG...TAGATGATGCTGAATAATCCCCTATTTGCTGGAAATCCTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTTCAAGAACAAATGAGACAACAGCTCCCAACTTTCCTCCAACAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 141286 CTTCAAGAACAAATGAGACAACAGCTCCCAACTTTCCTCCAACAAGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333     ATGCAGAATCCTGATACACTATCAGCAATGTCAAACCCTAGAGCAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141336 .TAGATGCAGAATCCTGATACACTATCAGCAATGTCAAACCCTAGAGCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGCAGGCCTTGTTACAGATTCAGCAGGGTTTACAGACATTAGCAACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142581 TGCAGGCCTTGTTACAGATTCAGCAGGGTTTACAGACATTAGCAACGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCCCCGGGCCTCATCCCAGG         GTTTACTCCTGGCTTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 142631 GCCCCGGGCCTCATCCCAGGGTA...TAGGTTTACTCCTGGCTTGGGGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ATTAGGAAGCACTGGAGGCTCTTCGGGAACTAATGGATCTAACGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143658 ATTAGGAAGCACTGGAGGCTCTTCGGGAACTAATGGATCTAACGCCACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTAGTGAAAACACAAGTCCCACAGCAGGAACCACTGAACCTGGACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143708 CTAGTGAAAACACAAGTCCCACAGCAGGAACCACTGAACCTGGACATCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CAGTTTATTCAGCAGATGCTTCAGGCTCTTGCTGGAGTAAATCCTCAG  
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||>>
 143758 CAGTTTATTCAGCAGATGCTGCAGGCTCTTGCTGGAGTAAATCCTCAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1618        CTACAGAATCCAGAAGTCAGATTTCAGCAACAACTGGAACAAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143808 A...TAGCTACAGAATCCAGAAGTCAGATTTCAGCAACAACTGGAACAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCAGTGCAATGGGATTTTTGAACCGTGAAGCAAACTTGCAAGCTCTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145784 TCAGTGCAATGGGATTTTTGAACCGTGAAGCAAACTTGCAAGCTCTAATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GCAACAGGAGGTGATATCAATGCAGCTATTGAAAGGTTACTGGGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145834 GCAACAGGAGGTGATATCAATGCAGCTATTGAAAGGTTACTGGGCTCCCA

   1850     .
   1761 GCCATCA
        |||||||
 145884 GCCATCA