seq1 = pF1KB9901.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KB9901/gi568815587f_126190895.tfa (gi568815587f:126190895_126393789), 202895 bp

>pF1KB9901 768
>gi568815587f:126190895_126393789 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-646  (101583-102161)   100% ->
647-768  (102774-102895)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCATCGACCTCCCTCCCAGCTCCTGGCTCTCGGCCTAAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCATCGACCTCCCTCCCAGCTCCTGGCTCTCGGCCTAAGAAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTAGGCAAGATGGCTG         ACTGGTTCAGGCAGACCCTGCTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTAGGCAAGATGGCTGGTG...CAGACTGGTTCAGGCAGACCCTGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGCCCAAGAAGAGGCCCAACTCCCCAGAAAGCACCTCCAGCGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101607 AGAAGCCCAAGAAGAGGCCCAACTCCCCAGAAAGCACCTCCAGCGATGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCACAGCCTACCTCACAGGACAGCCCACTACCCCCAAGCCTCAGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101657 TCACAGCCTACCTCACAGGACAGCCCACTACCCCCAAGCCTCAGCTCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACGTCTCCCAGCCTGCCACCCACACATGCGAGTGACAGTGGCAGTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101707 CACGTCTCCCAGCCTGCCACCCACACATGCGAGTGACAGTGGCAGTAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTGGAGCAAAGACTATGACGTCTGCGTGTGCCACAGTGAGGAAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101757 GCTGGAGCAAAGACTATGACGTCTGCGTGTGCCACAGTGAGGAAGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGCCGCCCAGGACCTGGTCTCCTACTTGGAAGGCAGCACTGCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101807 GTGGCCGCCCAGGACCTGGTCTCCTACTTGGAAGGCAGCACTGCCAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGCTGCTTCCTGCAACTCCGGGATGCAACCCCAGGCGGCGCTATAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101857 GCGCTGCTTCCTGCAACTCCGGGATGCAACCCCAGGCGGCGCTATAGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCGAGCTGTGCCAGGCACTGAGCAGTAGTCACTGCCGGGTGCTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101907 CCGAGCTGTGCCAGGCACTGAGCAGTAGTCACTGCCGGGTGCTGCTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACGCCGGGCTTCCTTCAGGACCCCTGGTGCAAGTACCAGATGCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101957 ACGCCGGGCTTCCTTCAGGACCCCTGGTGCAAGTACCAGATGCTGCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTGACCGAGGCTCCAGGGGCCGAGGGCTGCACCATCCCCCTGCTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102007 CCTGACCGAGGCTCCAGGGGCCGAGGGCTGCACCATCCCCCTGCTGTCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCTCAGCAGAGCTGCCTACCCACCTGAGCTCCGATTCATGTACTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102057 GCCTCAGCAGAGCTGCCTACCCACCTGAGCTCCGATTCATGTACTACGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GATGGCAGGGGCCCTGATGGTGGCTTTCGTCAAGTCAAAGAAGCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102107 GATGGCAGGGGCCCTGATGGTGGCTTTCGTCAAGTCAAAGAAGCTGTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCGTT         ATCTGCAGACACTCAGTTGGCACTTGTTATATCATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 102157 GCGTTGTA...CAGATCTGCAGACACTCAGTTGACACTTGTTATATCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGACCCCGGAAATTGGAGTGAAGCTAGAAACAGAAAACCCATGCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102810 GGACCCCGGAAATTGGAGTGAAGCTAGAAACAGAAAACCCATGCAGGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .
    733 TCGGATTCCCACAAATGTGACAAGAGGTATAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102860 TCGGATTCCCACAAATGTGACAAGAGGTATAGGGAG