seq1 = pF1KB9895.tfa, 711 bp
seq2 = pF1KB9895/gi568815586f_49652494.tfa (gi568815586f:49652494_49861780), 209287 bp

>pF1KB9895 711
>gi568815586f:49652494_49861780 (Chr12)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-165  (100480-100588)   100% ->
166-286  (103142-103262)   100% ->
287-335  (105734-105782)   100% ->
336-433  (105890-105987)   100% ->
434-513  (106190-106269)   100% ->
514-614  (106728-106828)   100% ->
615-690  (109211-109286)   100% ->
691-711  (110380-110400)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACATATTTGATCGAAAGATCAACTTTGATGCGCTTTTAAAATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACATATTTGATCGAAAGATCAACTTTGATGCGCTTTTAAAATTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCATAT         AACCCCGTCAACGCAGCAGCACCTGAAGAAGGTCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCATATGTA...TAGAACCCCGTCAACGCAGCAGCACCTGAAGAAGGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGCAAGTTTTGCCCTTTGTATGTTTGTGGCGGCTGCAGGGGCCTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100515 ATGCAAGTTTTGCCCTTTGTATGTTTGTGGCGGCTGCAGGGGCCTATGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATATGGTCACTCATTTCATTCAG         GCTGGCCTGCTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100565 CATATGGTCACTCATTTCATTCAGGTA...CAGGCTGGCCTGCTGTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTGGGCTCCCTGATATTGATGATTTGGCTGATGGCAACACCTCATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103159 CTTGGGCTCCCTGATATTGATGATTTGGCTGATGGCAACACCTCATAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGAAACTGAACAGAAAAGACTGGGACTTCTTGCTGGATTTGCATTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103209 ATGAAACTGAACAGAAAAGACTGGGACTTCTTGCTGGATTTGCATTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAG         GAGTTGGCCTGGGCCCTGCCCTGGAGTTTTGTATTGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103259 ACAGGTA...TAGGAGTTGGCCTGGGCCCTGCCCTGGAGTTTTGTATTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTCAACCCCAG         CATCCTTCCCACTGCTTTCATGGGCACGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105771 TGTCAACCCCAGGTA...CAGCATCCTTCCCACTGCTTTCATGGGCACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAATGATCTTTACCTGCTTCACCCTCAGTGCACTCTATGCCAGGCGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105919 CAATGATCTTTACCTGCTTCACCCTCAGTGCACTCTATGCCAGGCGCCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGCTACCTCTTTCTGGGAG         GTATCTTGATGTCAGCCCTGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105969 AGCTACCTCTTTCTGGGAGGTA...TAGGTATCTTGATGTCAGCCCTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTGTTGCTTTTGTCTTCCCTGGGGAATGTTTTCTTTGGATCCATTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106212 CTTGTTGCTTTTGTCTTCCCTGGGGAATGTTTTCTTTGGATCCATTTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTTTCCAG         GCAAACCTGTATGTGGGACTGGTGGTCATGTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106262 TTTTCCAGGTA...TAGGCAAACCTGTATGTGGGACTGGTGGTCATGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGCTTCGTCCTTTTTGATACTCAACTCATTATTGAAAAGGCCGAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106761 GGCTTCGTCCTTTTTGATACTCAACTCATTATTGAAAAGGCCGAACATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGATCAAGATTATATCTG         GCACTGCATTGATCTCTTCTTAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106811 AGATCAAGATTATATCTGGTG...CAGGCACTGCATTGATCTCTTCTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATTTCATTACTGTCTTCAGAAAACTCATGATGATCCTGGCCATGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109234 ATTTCATTACTGTCTTCAGAAAACTCATGATGATCCTGGCCATGAATGAA

    750     .    :    .    :    .    :
    688 AAG         GATAAGAAGAAAGAGAAGAAA
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109284 AAGGTT...TAGGATAAGAAGAAAGAGAAGAAA