seq1 = pF1KB9889.tfa, 3129 bp
seq2 = pF1KB9889/gi568815587f_36473305.tfa (gi568815587f:36473305_36676433), 203129 bp

>pF1KB9889 3129
>gi568815587f:36473305_36676433 (Chr11)

1-3129  (100001-103129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCTCTTTCCCACCCACCTTGGGACTCAGTTCTGCCCCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCTCTTTCCCACCCACCTTGGGACTCAGTTCTGCCCCAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATTCAGCACCCACATATTAAATTTTCAGAATGGAAATTTAAGCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATTCAGCACCCACATATTAAATTTTCAGAATGGAAATTTAAGCTGTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGTGAGATCCTTTGAAAAGACACCTGAAGAAGCTCAAAAGGAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGTGAGATCCTTTGAAAAGACACCTGAAGAAGCTCAAAAGGAAAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATTCCTTTGAGGGGAAACCCTCTCTGGAGCAATCTCCAGCAGTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATTCCTTTGAGGGGAAACCCTCTCTGGAGCAATCTCCAGCAGTCCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGGCTGATGGTCAGAAGCCAGTCCCAACTCAGCCATTGTTAAAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGCTGATGGTCAGAAGCCAGTCCCAACTCAGCCATTGTTAAAAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCCTAAGTTTTCAAAGAAATTTCACGACAACGAGAAAGCAAGAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCCTAAGTTTTCAAAGAAATTTCACGACAACGAGAAAGCAAGAGGCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGATCCATCAAGCCAACCTTCGACATCTCTGCCGCATCTGTGGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGATCCATCAAGCCAACCTTCGACATCTCTGCCGCATCTGTGGGAATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTTAGAGCTGATGAGCACAACAGGAGATATCCAGTCCATGGTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTTAGAGCTGATGAGCACAACAGGAGATATCCAGTCCATGGTCCTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGGTAAAACCCTAGGCCTTTTACGAAAGAAGGAAAAGAGAGCTACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGGTAAAACCCTAGGCCTTTTACGAAAGAAGGAAAAGAGAGCTACTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGGCCGGACCTCATTGCCAAGGTTTTCCGGATCGATGTGAAGGCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGCCGGACCTCATTGCCAAGGTTTTCCGGATCGATGTGAAGGCAGATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGACTCGATCCACCCCACTGAGTTCTGCCATAACTGCTGGAGCATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGACTCGATCCACCCCACTGAGTTCTGCCATAACTGCTGGAGCATCATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACAGGAAGTTTAGCAGTGCCCCATGTGAGGTTTACTTCCCGAGGAACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACAGGAAGTTTAGCAGTGCCCCATGTGAGGTTTACTTCCCGAGGAACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCATGGAGTGGCACCCCCACACACCATCCTGTGACATCTGCAACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCATGGAGTGGCACCCCCACACACCATCCTGTGACATCTGCAACACTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGTCGGGGACTCAAGAGGAAGAGTCTTCAGCCAAACTTGCAGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGTCGGGGACTCAAGAGGAAGAGTCTTCAGCCAAACTTGCAGCTCAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAAAACTCAAAACTGTGCTTGACCAAGCAAGACAAGCCCGTCAGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAAACTCAAAACTGTGCTTGACCAAGCAAGACAAGCCCGTCAGCACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGAAGAGCTCAGGCAAGGATCAGCAGCAAGGATGTCATGAAGAAGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGAAGAGCTCAGGCAAGGATCAGCAGCAAGGATGTCATGAAGAAGATCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAACTGCAGTAAGATACATCTTAGTACCAAGCTCCTTGCAGTGGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAACTGCAGTAAGATACATCTTAGTACCAAGCTCCTTGCAGTGGACTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGAGCACTTTGTGAAATCCATCTCCTGCCAGATCTGTGAACACATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGAGCACTTTGTGAAATCCATCTCCTGCCAGATCTGTGAACACATTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCTGACCCTGTGGAGACCAACTGTAAGCATGTCTTTTGCCGGGTCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCTGACCCTGTGGAGACCAACTGTAAGCATGTCTTTTGCCGGGTCTGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCTCAGATGCCTCAAAGTCATGGGCAGCTATTGTCCCTCTTGCCGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TCTCAGATGCCTCAAAGTCATGGGCAGCTATTGTCCCTCTTGCCGATATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CATGCTTCCCTACTGACCTGGAGAGTCCAGTGAAGTCCTTTCTGAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CATGCTTCCCTACTGACCTGGAGAGTCCAGTGAAGTCCTTTCTGAGCGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TTGAATTCCCTGATGGTGAAATGTCCAGCAAAAGAGTGCAATGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TTGAATTCCCTGATGGTGAAATGTCCAGCAAAAGAGTGCAATGAGGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAGTTTGGAAAAATATAATCACCACATCTCAAGTCACAAGGAATCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGTTTGGAAAAATATAATCACCACATCTCAAGTCACAAGGAATCAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGATTTTTGTGCACATTAATAAAGGGGGCCGGCCCCGCCAACATCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGATTTTTGTGCACATTAATAAAGGGGGCCGGCCCCGCCAACATCTTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCGCTGACTCGGAGAGCTCAGAAGCACCGGCTGAGGGAGCTCAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCGCTGACTCGGAGAGCTCAGAAGCACCGGCTGAGGGAGCTCAAGCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGTCAAAGCCTTTGCTGACAAAGAAGAAGGTGGAGATGTGAAGTCCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGTCAAAGCCTTTGCTGACAAAGAAGAAGGTGGAGATGTGAAGTCCGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GCATGACCTTGTTCCTGCTGGCTCTGAGGGCGAGGAATGAGCACAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GCATGACCTTGTTCCTGCTGGCTCTGAGGGCGAGGAATGAGCACAGGCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCTGATGAGCTGGAGGCCATCATGCAGGGAAAGGGCTCTGGCCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCTGATGAGCTGGAGGCCATCATGCAGGGAAAGGGCTCTGGCCTGCAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AGCTGTTTGCTTGGCCATCCGTGTCAACACCTTCCTCAGCTGCAGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AGCTGTTTGCTTGGCCATCCGTGTCAACACCTTCCTCAGCTGCAGTCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACCACAAGATGTACAGGACTGTGAAAGCCATCACAGGGAGACAGATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ACCACAAGATGTACAGGACTGTGAAAGCCATCACAGGGAGACAGATTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 CAGCCTTTGCATGCCCTTCGGAATGCTGAGAAGGTACTTCTGCCAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 CAGCCTTTGCATGCCCTTCGGAATGCTGAGAAGGTACTTCTGCCAGGCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CCACCACTTTGAGTGGCAGCCACCTCTGAAGAATGTGTCTTCCAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CCACCACTTTGAGTGGCAGCCACCTCTGAAGAATGTGTCTTCCAGCACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ATGTTGGCATTATTGATGGGCTGTCTGGACTATCATCCTCTGTGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ATGTTGGCATTATTGATGGGCTGTCTGGACTATCATCCTCTGTGGATGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TACCCAGTGGACACCATTGCAAAGAGGTTCCGCTATGATTCAGCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TACCCAGTGGACACCATTGCAAAGAGGTTCCGCTATGATTCAGCTTTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GTCTGCTTTGATGGACATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GTCTGCTTTGATGGACATGGAAGAAGACATCTTGGAAGGCATGAGATCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 AAGACCTTGATGATTACCTGAATGGCCCCTTCACTGTGGTGGTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 AAGACCTTGATGATTACCTGAATGGCCCCTTCACTGTGGTGGTGAAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TCTTGTGATGGAATGGGAGACGTGAGTGAGAAGCATGGGAGTGGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TCTTGTGATGGAATGGGAGACGTGAGTGAGAAGCATGGGAGTGGGCCTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 AGTTCCAGAAAAGGCAGTCCGTTTTTCATTCACAATCATGAAAATTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 AGTTCCAGAAAAGGCAGTCCGTTTTTCATTCACAATCATGAAAATTACTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 TTGCCCACAGCTCTCAGAATGTGAAAGTATTTGAAGAAGCCAAACCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 TTGCCCACAGCTCTCAGAATGTGAAAGTATTTGAAGAAGCCAAACCTAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 TCTGAACTGTGTTGCAAGCCATTGTGCCTTATGCTGGCAGATGAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 TCTGAACTGTGTTGCAAGCCATTGTGCCTTATGCTGGCAGATGAGTCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CCACGAGACGCTGACTGCCATCCTGAGTCCTCTCATTGCTGAGAGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CCACGAGACGCTGACTGCCATCCTGAGTCCTCTCATTGCTGAGAGGGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 CCATGAAGAGCAGTGAATTAATGCTTGAGCTGGGAGGCATTCTCCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 CCATGAAGAGCAGTGAATTAATGCTTGAGCTGGGAGGCATTCTCCGGACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TTCAAGTTCATCTTCAGGGGCACCGGCTATGATGAAAAACTTGTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 TTCAAGTTCATCTTCAGGGGCACCGGCTATGATGAAAAACTTGTGCGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 AGTGGAAGGCCTCGAGGCTTCTGGCTCAGTCTACATTTGTACTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 AGTGGAAGGCCTCGAGGCTTCTGGCTCAGTCTACATTTGTACTCTTTGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 ATGCCACCCGTCTGGAAGCCTCTCAAAATCTTGTCTTCCACTCTATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 ATGCCACCCGTCTGGAAGCCTCTCAAAATCTTGTCTTCCACTCTATAACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 AGAAGCCATGCTGAGAACCTGGAACGTTATGAGGTCTGGCGTTCCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 AGAAGCCATGCTGAGAACCTGGAACGTTATGAGGTCTGGCGTTCCAACCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 TTACCATGAGTCTGTGGAAGAACTGCGGGATCGGGTGAAAGGGGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 TTACCATGAGTCTGTGGAAGAACTGCGGGATCGGGTGAAAGGGGTCTCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 CTAAACCTTTCATTGAGACAGTCCCTTCCATAGATGCACTCCACTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 CTAAACCTTTCATTGAGACAGTCCCTTCCATAGATGCACTCCACTGTGAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 ATTGGCAATGCAGCTGAGTTCTACAAGATCTTCCAGCTAGAGATAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 ATTGGCAATGCAGCTGAGTTCTACAAGATCTTCCAGCTAGAGATAGGGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 AGTGTATAAGAATCCCAATGCTTCCAAAGAGGAAAGGAAAAGGTGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 AGTGTATAAGAATCCCAATGCTTCCAAAGAGGAAAGGAAAAGGTGGCAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 CCACACTGGACAAGCATCTCCGGAAGAAGATGAACCTCAAACCAATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 CCACACTGGACAAGCATCTCCGGAAGAAGATGAACCTCAAACCAATCATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 AGGATGAATGGCAACTTTGCCAGGAAGCTCATGACCAAAGAGACTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 AGGATGAATGGCAACTTTGCCAGGAAGCTCATGACCAAAGAGACTGTGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 TGCAGTTTGTGAGTTAATTCCTTCCGAGGAGAGGCACGAGGCTCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 TGCAGTTTGTGAGTTAATTCCTTCCGAGGAGAGGCACGAGGCTCTGAGGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2651 AGCTGATGGATCTTTACCTGAAGATGAAACCAGTATGGCGATCATCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 AGCTGATGGATCTTTACCTGAAGATGAAACCAGTATGGCGATCATCATGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2701 CCTGCTAAAGAGTGCCCAGAATCCCTCTGCCAGTACAGTTTCAATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 CCTGCTAAAGAGTGCCCAGAATCCCTCTGCCAGTACAGTTTCAATTCACA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2751 GCGTTTTGCTGAGCTCCTTTCTACGAAGTTCAAGTATAGGTATGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 GCGTTTTGCTGAGCTCCTTTCTACGAAGTTCAAGTATAGGTATGAGGGAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2801 AAATCACCAATTATTTTCACAAAACCCTGGCCCATGTTCCTGAAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102801 AAATCACCAATTATTTTCACAAAACCCTGGCCCATGTTCCTGAAATTATT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2851 GAGAGGGATGGCTCCATTGGGGCATGGGCAAGTGAGGGAAATGAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102851 GAGAGGGATGGCTCCATTGGGGCATGGGCAAGTGAGGGAAATGAGTCTGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2901 TAACAAACTGTTTAGGCGCTTCCGGAAAATGAATGCCAGGCAGTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102901 TAACAAACTGTTTAGGCGCTTCCGGAAAATGAATGCCAGGCAGTCCAAAT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2951 GCTATGAGATGGAAGATGTCCTGAAACACCACTGGTTGTACACCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102951 GCTATGAGATGGAAGATGTCCTGAAACACCACTGGTTGTACACCTCCAAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3001 TACCTCCAGAAGTTTATGAATGCTCATAATGCATTAAAAACCTCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103001 TACCTCCAGAAGTTTATGAATGCTCATAATGCATTAAAAACCTCTGGGTT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3051 TACCATGAACCCTCAGGCAAGCTTAGGGGACCCATTAGGCATAGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103051 TACCATGAACCCTCAGGCAAGCTTAGGGGACCCATTAGGCATAGAGGACT

   3100     .    :    .    :    .
   3101 CTCTGGAAAGCCAAGATTCAATGGAATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||
 103101 CTCTGGAAAGCCAAGATTCAATGGAATTT