seq1 = pF1KB9882.tfa, 1839 bp
seq2 = pF1KB9882/gi568815586f_4944148.tfa (gi568815586f:4944148_5145986), 201839 bp

>pF1KB9882 1839
>gi568815586f:4944148_5145986 (Chr12)

1-1839  (100001-101839)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGATCGCCCTGGTGCCCCTGGAGAACGGCGGTGCCATGACCGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGATCGCCCTGGTGCCCCTGGAGAACGGCGGTGCCATGACCGTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGAGGCGATGAGGCCCGGGCAGGCTGCGGCCAGGCCACAGGGGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGAGGCGATGAGGCCCGGGCAGGCTGCGGCCAGGCCACAGGGGGAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGTGTCCCCCGACGGCTGGGCTCAGCGATGGGCCCAAGGAGCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGTGTCCCCCGACGGCTGGGCTCAGCGATGGGCCCAAGGAGCCGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAAAGGGGCGCGGCGCGCAGAGAGACGCGGACTCGGGAGTGCGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAAAGGGGCGCGGCGCGCAGAGAGACGCGGACTCGGGAGTGCGGCCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCTCCGCTGCCGGACCCGGGAGTGCGGCCCTTGCCTCCGCTGCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCTCCGCTGCCGGACCCGGGAGTGCGGCCCTTGCCTCCGCTGCCAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTGCCACGGCCTCGACGGCCGCCTCCCGAGGACGAGGAGGAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCTGCCACGGCCTCGACGGCCGCCTCCCGAGGACGAGGAGGAAGAAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATCCCGGCCTGGGCACGGTGGAGGACCAGGCTCTGGGCACGGCGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATCCCGGCCTGGGCACGGTGGAGGACCAGGCTCTGGGCACGGCGTCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACCACCAGCGCGTCCACATCAACATCTCCGGGCTGCGCTTTGAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACCACCAGCGCGTCCACATCAACATCTCCGGGCTGCGCTTTGAGACGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCTGGGCACCCTGGCGCAGTTCCCCAACACACTCCTGGGGGACCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCTGGGCACCCTGGCGCAGTTCCCCAACACACTCCTGGGGGACCCCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAGCGCCTGCGCTACTTCGACCCCCTGAGGAACGAGTACTTCTTCGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAGCGCCTGCGCTACTTCGACCCCCTGAGGAACGAGTACTTCTTCGACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACCGGCCCAGCTTCGACGGTATCCTCTACTACTACCAGTCCGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACCGGCCCAGCTTCGACGGTATCCTCTACTACTACCAGTCCGGGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTGCGGAGGCCGGTCAACGTCTCCCTGGACGTGTTCGCGGACGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCTGCGGAGGCCGGTCAACGTCTCCCTGGACGTGTTCGCGGACGAGATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCTTCTACCAGCTGGGGGACGAGGCCATGGAGCGCTTCCGCGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCTTCTACCAGCTGGGGGACGAGGCCATGGAGCGCTTCCGCGAGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGGCTTCATTAAAGAAGAGGAGAAGCCCCTGCCCCGCAACGAGTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGGCTTCATTAAAGAAGAGGAGAAGCCCCTGCCCCGCAACGAGTTCCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCAGGTGTGGCTTATCTTCGAGTATCCGGAGAGCTCTGGGTCCGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCAGGTGTGGCTTATCTTCGAGTATCCGGAGAGCTCTGGGTCCGCGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCATCGCCATCGTCTCGGTCTTGGTTATCCTCATCTCCATCATCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCATCGCCATCGTCTCGGTCTTGGTTATCCTCATCTCCATCATCACCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTGCTTGGAGACCCTGCCTGAGTTCAGGGATGAACGTGAGCTGCTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTGCTTGGAGACCCTGCCTGAGTTCAGGGATGAACGTGAGCTGCTCCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCTCCGGCGCCCCACCAGCCTCCCGCGCCCGCCCCTGGGGCCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCCTCCGGCGCCCCACCAGCCTCCCGCGCCCGCCCCTGGGGCCAACGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGCGGGGTCATGGCCCCGCCCTCTGGCCCTACGGTGGCACCGCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGCGGGGTCATGGCCCCGCCCTCTGGCCCTACGGTGGCACCGCTCCTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGGACCCTGGCCGACCCCTTCTTCATCGTGGAGACCACGTGCGTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGGACCCTGGCCGACCCCTTCTTCATCGTGGAGACCACGTGCGTCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGTTCACCTTCGAGCTGCTCGTGCGCTTCTTCGCCTGCCCCAGCAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGTTCACCTTCGAGCTGCTCGTGCGCTTCTTCGCCTGCCCCAGCAAGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGGTTCTCCCGGAACATCATGAACATCATCGATGTGGTGGCCATCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGGTTCTCCCGGAACATCATGAACATCATCGATGTGGTGGCCATCTTCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTACTTCATCACCCTGGGCACCGAACTGGCAGAGCAGCAGCCAGGGGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101101 CTACTTCATCACCCTGGGCACCGAACTGGCAGAGCAGCAGCCAGGGGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GAGGAGGCGGCCAGAATGGGCAGCAGGCCATGTCCCTGGCCATCCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GAGGAGGCGGCCAGAATGGGCAGCAGGCCATGTCCCTGGCCATCCTCCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GTCATCCGCCTGGTCCGGGTGTTCCGCATCTTCAAGCTCTCCCGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GTCATCCGCCTGGTCCGGGTGTTCCGCATCTTCAAGCTCTCCCGCCACTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CAAGGGGCTGCAGATCCTGGGCAAGACCTTGCAGGCCTCCATGAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CAAGGGGCTGCAGATCCTGGGCAAGACCTTGCAGGCCTCCATGAGGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGGGGCTGCTCATCTTCTTCCTCTTCATCGGGGTCATCCTCTTCTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGGGGCTGCTCATCTTCTTCCTCTTCATCGGGGTCATCCTCTTCTCCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCCGTCTACTTCGCAGAGGCTGACAACCAGGGAACCCATTTCTCTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCCGTCTACTTCGCAGAGGCTGACAACCAGGGAACCCATTTCTCTAGCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCCTGACGCCTTCTGGTGGGCAGTGGTCACCATGACCACTGTGGGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCCTGACGCCTTCTGGTGGGCAGTGGTCACCATGACCACTGTGGGCTACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GGGACATGAGGCCCATCACTGTTGGGGGCAAGATCGTGGGCTCGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GGGACATGAGGCCCATCACTGTTGGGGGCAAGATCGTGGGCTCGCTGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GCCATCGCCGGGGTCCTCACCATTGCCCTGCCTGTGCCCGTCATCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GCCATCGCCGGGGTCCTCACCATTGCCCTGCCTGTGCCCGTCATCGTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CAACTTCAACTACTTCTACCACCGGGAAACGGATCACGAGGAGCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CAACTTCAACTACTTCTACCACCGGGAAACGGATCACGAGGAGCCGGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TCCTTAAGGAAGAGCAGGGCACTCAGAGCCAGGGGCCGGGGCTGGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 TCCTTAAGGAAGAGCAGGGCACTCAGAGCCAGGGGCCGGGGCTGGACAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 GGAGTCCAGCGGAAGGTCAGCGGGAGCAGGGGATCCTTCTGCAAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GGAGTCCAGCGGAAGGTCAGCGGGAGCAGGGGATCCTTCTGCAAGGCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GGGGACCCTGGAGAATGCAGACAGTGCCCGAAGGGGCAGCTGCCCCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GGGGACCCTGGAGAATGCAGACAGTGCCCGAAGGGGCAGCTGCCCCCTAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 AGAAGTGTAACGTCAAGGCCAAGAGCAACGTGGACTTGCGGAGGTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 AGAAGTGTAACGTCAAGGCCAAGAGCAACGTGGACTTGCGGAGGTCCCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1801 TATGCCCTCTGCCTGGACACCAGCCGGGAAACAGATTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TATGCCCTCTGCCTGGACACCAGCCGGGAAACAGATTTG