seq1 = pF1KB9874.tfa, 1545 bp
seq2 = pF1KB9874/gi568815597r_38774554.tfa (gi568815597r:38774554_38976098), 201545 bp

>pF1KB9874 1545
>gi568815597r:38774554_38976098 (Chr1)

(complement)

1-1545  (100001-101545)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACTGGAATCTCCTTGGAGATACTCTGGAGGAAGTTCACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACTGGAATCTCCTTGGAGATACTCTGGAGGAAGTTCACATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCACCATGATTGGAAAGATCTGGCTCACCATCCTGTTCATATTTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCACCATGATTGGAAAGATCTGGCTCACCATCCTGTTCATATTTCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTTGTTCTGGGTGTAGCAGCTGAAGATGTCTGGAATGATGAGCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTTGTTCTGGGTGTAGCAGCTGAAGATGTCTGGAATGATGAGCAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTTCATCTGCAATACAGAACAACCAGGCTGCAGAAATGTATGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCTTCATCTGCAATACAGAACAACCAGGCTGCAGAAATGTATGCTACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGGCCTTTCCTATCTCCCTCATTAGATACTGGGTTCTGCAGGTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGCCTTTCCTATCTCCCTCATTAGATACTGGGTTCTGCAGGTGATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTGTCTTCACCATCCCTGGTCTACATGGGCCATGCATTGTACCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTGTCTTCACCATCCCTGGTCTACATGGGCCATGCATTGTACCGACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGAGTTCTTGAGGAAGAGAGGCAAAGGATGAAAGCTCAGTTAAGAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGAGTTCTTGAGGAAGAGAGGCAAAGGATGAAAGCTCAGTTAAGAGTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTGGAGGAGGTAGAGTTTGAAATGCCTAGGGATCGGAGGAGATTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTGGAGGAGGTAGAGTTTGAAATGCCTAGGGATCGGAGGAGATTGGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAGAGCTTTGTCAGCTGGAGAAAAGGAAACTAAATAAAGCTCCACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAGAGCTTTGTCAGCTGGAGAAAAGGAAACTAAATAAAGCTCCACTCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAACCTTGCTTTGCACTTATGTGATACACATTTTCACTCGCTCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAACCTTGCTTTGCACTTATGTGATACACATTTTCACTCGCTCTGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAAGTTGGATTCATGATTGGACAGTACCTTTTATATGGATTTCACTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAAGTTGGATTCATGATTGGACAGTACCTTTTATATGGATTTCACTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCCGCTATTTAAGTGCCATGGCCACCCGTGTCCAAATATAATCGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCCGCTATTTAAGTGCCATGGCCACCCGTGTCCAAATATAATCGACTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTGTCTCAAGACCAACAGAAAAGACAATATTCCTATTATTTATGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTGTCTCAAGACCAACAGAAAAGACAATATTCCTATTATTTATGCAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TATAGCCACTATTTCACTTTTCTTAAACATTCTTGAAATTTTCCACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TATAGCCACTATTTCACTTTTCTTAAACATTCTTGAAATTTTCCACCTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTTTTAAAAAGATTAAAAGAGGGCTTTGGGGAAAATACAAGTTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTTTTAAAAAGATTAAAAGAGGGCTTTGGGGAAAATACAAGTTGAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAACATAATGAATTCCATGCAAACAAGGCAAAACAAAATGTAGCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAACATAATGAATTCCATGCAAACAAGGCAAAACAAAATGTAGCCAAATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCAGAGCACATCTGCAAATTCACTGAAGCGACTCCCTTCTGCCCCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCAGAGCACATCTGCAAATTCACTGAAGCGACTCCCTTCTGCCCCTGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATAATCTGTTAGTGGAAAAGCAAACACACACTGCAGTGTACCCTAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATAATCTGTTAGTGGAAAAGCAAACACACACTGCAGTGTACCCTAGTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AATTCATCTTCTGTATTCCAGCCAAATCCTGACAATCATAGTGTAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AATTCATCTTCTGTATTCCAGCCAAATCCTGACAATCATAGTGTAAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGAGAAATGCATTTTGGATGAACAGGAAACTGTACTTTCTAATGAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGAGAAATGCATTTTGGATGAACAGGAAACTGTACTTTCTAATGAGATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCACACTTAGTACTAGTTGTAGTCATTTTCAACACATCAGTTCAAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCACACTTAGTACTAGTTGTAGTCATTTTCAACACATCAGTTCAAACAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AACAAAGACACTCATAAAATATTTGGAAAAGAACTTAATGGTAACCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AACAAAGACACTCATAAAATATTTGGAAAAGAACTTAATGGTAACCAGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AATGGAAAAAAGAGAAACTGAAGGCAAAGACAGCAAAAGGAACTACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AATGGAAAAAAGAGAAACTGAAGGCAAAGACAGCAAAAGGAACTACTACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTAGAGGTCACCGCTCTATTCCAGGTGTTGCTATAGATGGAGAGAACAAC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CTAGAGGTCACCGTTCTATTCCAGGTGTTGCTATAGATGGAGAGAACAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATGAGGCAGTCACCCCAAACAGTTTTCTCCTTGCCAGCTAACTGCGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ATGAGGCAGTCACCCCAAACAGTTTTCTCCTTGCCAGCTAACTGCGATTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GAAACCGCGGTGGCTTAGAGCTACATGGGGTTCCTCTACAGAACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GAAACCGCGGTGGCTTAGAGCTACATGGGGTTCCTCTACAGAACATGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACCGGGGGTCACCTCCTAAAGGTAACCTCAAGGGCCAGTTCAGAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ACCGGGGGTCACCTCCTAAAGGTAACCTCAAGGGCCAGTTCAGAAAGGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACAGTCAGAACCCTTCCTCCTTCACAAGGAGATTCTCAATCACTTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ACAGTCAGAACCCTTCCTCCTTCACAAGGAGATTCTCAATCACTTGACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TCCAAACACTGCTGATTCTTTGGGAGGGCTGTCCTTTGAGCCAGGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TCCAAACACTGCTGATTCTTTGGGAGGGCTGTCCTTTGAGCCAGGGTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TCAGAACCTGTAATAATCCTGTTTGTCCTCCAAATCACGTAGTGTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TCAGAACCTGTAATAATCCTGTTTGTCCTCCAAATCACGTAGTGTCCCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1501 ACGAACAATCTCATTGGTAGGCGGGTTCCCACAGATCTTCAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ACGAACAATCTCATTGGTAGGCGGGTTCCCACAGATCTTCAGATC