seq1 = pF1KB9869.tfa, 1380 bp
seq2 = pF1KB9869/gi568815578f_50858843.tfa (gi568815578f:50858843_51060222), 201380 bp

>pF1KB9869 1380
>gi568815578f:50858843_51060222 (Chr20)

1-1380  (100001-101380)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCCGGGAGGAGGTACTCGCCTTACAAGCTGAAGTTGCCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCCCGGGAGGAGGTACTCGCCTTACAAGCTGAAGTTGCCCAACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGAGGAATTGAATTCGCTGAAGCAGAAGCTGGCGTCGGCTCTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGGAGGAATTGAATTCGCTGAAGCAGAAGCTGGCGTCGGCTCTTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAGCAGGAACCGCAGCCAGAACGGCTGGTTCCGGTGTCGCCGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAGCAGGAACCGCAGCCAGAACGGCTGGTTCCGGTGTCGCCGCTGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGAAGGCCGCTCTGTCCCGAGATGAGATTCTGCGCTATAGCCGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGAAGGCCGCTCTGTCCCGAGATGAGATTCTGCGCTATAGCCGGCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTGCTGCCCGAGCTGGGCGTGCACGGACAGCTGCGCCTGGGGACCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTGCTGCCCGAGCTGGGCGTGCACGGACAGCTGCGCCTGGGGACCGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGTGCTAATCGTGGGCTGCGGTGGGCTCGGCTGTCCACTAGCGCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGTGCTAATCGTGGGCTGCGGTGGGCTCGGCTGTCCACTAGCGCAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGGCAGCGGCCGGCGTGGGCCGCCTTGGCCTTGTGGACTATGACGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTGGCAGCGGCCGGCGTGGGCCGCCTTGGCCTTGTGGACTATGACGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGATGAGCAACCTGGCCCGCCAAGTGCTGCATGGCGAGGCACTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGATGAGCAACCTGGCCCGCCAAGTGCTGCATGGCGAGGCACTGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCAGGCCAAGGCCTTTTCGGCCGCCGCCTCGCTGCGCCGCCTCAATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCAGGCCAAGGCCTTTTCGGCCGCCGCCTCGCTGCGCCGCCTCAATTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCAGTGGAATGCGTGCCGTACACTCAGGCCCTTACGCCAGCCACTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCAGTGGAATGCGTGCCGTACACTCAGGCCCTTACGCCAGCCACTGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGACCTGGTCCGCCGATATGATGTGGTGGCTGACTGCTCGGACAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGACCTGGTCCGCCGATATGATGTGGTGGCTGACTGCTCGGACAACGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCACTCGCTACCTGGTTAATGACGCATGTGTGCTGGCGGGTCGGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCACTCGCTACCTGGTTAATGACGCATGTGTGCTGGCGGGTCGGCCCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGTCTGCCAGTGCCTTGCGCTTCGAGGGCCAAATCACAGTCTACCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGTCTGCCAGTGCCTTGCGCTTCGAGGGCCAAATCACAGTCTACCATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGACGGTGGCCCTTGCTATCGCTGCATATTCCCCCAACCACCCCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGACGGTGGCCCTTGCTATCGCTGCATATTCCCCCAACCACCCCCAGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGACAGTGACCAACTGCGCGGACGGCGGGGTGCTCGGTGTCGTTACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGACAGTGACCAACTGCGCGGACGGCGGGGTGCTCGGTGTCGTTACCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCCTGGGCTGCCTGCAGGCCTTGGAAGTGCTGAAAATCGCTGCGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCCTGGGCTGCCTGCAGGCCTTGGAAGTGCTGAAAATCGCTGCGGGTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGGCCCCTCTTACAGTGGCAGCTTGTTGCTCTTTGATGCCCTGAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGGCCCCTCTTACAGTGGCAGCTTGTTGCTCTTTGATGCCCTGAGAGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATTTCCGCTCTATTCGGCTGCGGAGCCGCAGGCTCGACTGTGCAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATTTCCGCTCTATTCGGCTGCGGAGCCGCAGGCTCGACTGTGCAGCTTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGGGAACGGCCCACTGTGACTGATCTGCTGGACTATGAAGCCTTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGGGAACGGCCCACTGTGACTGATCTGCTGGACTATGAAGCCTTCTGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTCCTCAGCCACTGATAAATGCCGCTCCCTGCAACTACTGAGCCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTCCTCAGCCACTGATAAATGCCGCTCCCTGCAACTACTGAGCCCAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGCGTGTTTCTGTCACCGACTATAAGCGACTGCTGGATTCTGGGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGCGTGTTTCTGTCACCGACTATAAGCGACTGCTGGATTCTGGGGCATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CACCTGTTGCTGGACGTCAGGCCTCAGGTGGAGGTGGACATTTGTCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CACCTGTTGCTGGACGTCAGGCCTCAGGTGGAGGTGGACATTTGTCGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCCTCATGCCCTACACATCCCTCTGAAACATTTGGAACGCAGGGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCCTCATGCCCTACACATCCCTCTGAAACATTTGGAACGCAGGGATGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGAGCCTGAAACTCTTAAAAGAAGCAATCTGGGAAGAGAAGCAGGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGAGCCTGAAACTCTTAAAAGAAGCAATCTGGGAAGAGAAGCAGGGCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CAAGAAGGGGCTGCTGTCCCCATTTATGTGATTTGCAAACTGGGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CAAGAAGGGGCTGCTGTCCCCATTTATGTGATTTGCAAACTGGGAAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTCACAGAAAGCCGTGAAGATCCTCCAGTCCTTATCAGCAGCTCAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTCACAGAAAGCCGTGAAGATCCTCCAGTCCTTATCAGCAGCTCAAGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TAGACCCTTTAACAGTTCGGGATGTTGTGGGGGGCCTCATGGCCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TAGACCCTTTAACAGTTCGGGATGTTGTGGGGGGCCTCATGGCCTGGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :
   1351 GCCAAAATCGATGGAACATTTCCACAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCCAAAATCGATGGAACATTTCCACAGTAC