seq1 = pF1KB9867.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KB9867/gi568815593r_175341762.tfa (gi568815593r:175341762_175543099), 201338 bp

>pF1KB9867 1338
>gi568815593r:175341762_175543099 (Chr5)

(complement)

1-1338  (100001-101338)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGACTCTGAACACCTCTGCCATGGACGGGACTGGGCTGGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGACTCTGAACACCTCTGCCATGGACGGGACTGGGCTGGTGGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGGACTTCTCTGTTCGTATCCTCACTGCCTGTTTCCTGTCGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGGACTTCTCTGTTCGTATCCTCACTGCCTGTTTCCTGTCGCTGCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGTCCACGCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTGCCGTTATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGTCCACGCTCCTGGGGAACACGCTGGTCTGTGCTGCCGTTATCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCGACACCTGCGGTCCAAGGTGACCAACTTCTTTGTCATCTCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCGACACCTGCGGTCCAAGGTGACCAACTTCTTTGTCATCTCCTTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGTCAGATCTCTTGGTGGCCGTCCTGGTCATGCCCTGGAAGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTGTCAGATCTCTTGGTGGCCGTCCTGGTCATGCCCTGGAAGGCAGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGAGATTGCTGGCTTCTGGCCCTTTGGGTCCTTCTGTAACATCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGAGATTGCTGGCTTCTGGCCCTTTGGGTCCTTCTGTAACATCTGGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCTTTGACATCATGTGCTCCACTGCATCCATCCTCAACCTCTGTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCTTTGACATCATGTGCTCCACTGCATCCATCCTCAACCTCTGTGTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGCGTGGACAGGTATTGGGCTATCTCCAGCCCTTTCCGGTATGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGCGTGGACAGGTATTGGGCTATCTCCAGCCCTTTCCGGTATGAGAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGATGACCCCCAAGGCAGCCTTCATCCTGATCAGTGTGGCATGGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGATGACCCCCAAGGCAGCCTTCATCCTGATCAGTGTGGCATGGACCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCTGTACTCATCTCCTTCATCCCAGTGCAGCTCAGCTGGCACAAGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTGTACTCATCTCCTTCATCCCAGTGCAGCTCAGCTGGCACAAGGCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACCCACAAGCCCCTCTGATGGAAATGCCACTTCCCTGGCTGAGACCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACCCACAAGCCCCTCTGATGGAAATGCCACTTCCCTGGCTGAGACCATAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACAACTGTGACTCCAGCCTCAGCAGGACATATGCCATCTCATCCTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACAACTGTGACTCCAGCCTCAGCAGGACATATGCCATCTCATCCTCTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATAAGCTTTTACATCCCTGTGGCCATCATGATTGTCACCTACACCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATAAGCTTTTACATCCCTGTGGCCATCATGATTGTCACCTACACCAGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACAGGATTGCTCAGAAACAAATACGGCGCATTGCGGCCTTGGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACAGGATTGCTCAGAAACAAATACGGCGCATTGCGGCCTTGGAGAGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAGCAGTCCACGCCAAGAATTGCCAGACCACCACAGGTAATGGAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAGCAGTCCACGCCAAGAATTGCCAGACCACCACAGGTAATGGAAAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTCGAATGTTCTCAACCGGAAAGTTCTTTTAAGATGTCCTTCAAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTCGAATGTTCTCAACCGGAAAGTTCTTTTAAGATGTCCTTCAAAAGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AACTAAAGTCCTGAAGACTCTGTCGGTGATCATGGGTGTGTTTGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AACTAAAGTCCTGAAGACTCTGTCGGTGATCATGGGTGTGTTTGTGTGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTTGGCTACCTTTCTTCATCTTGAACTGCATTTTGCCCTTCTGTGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTTGGCTACCTTTCTTCATCTTGAACTGCATTTTGCCCTTCTGTGGGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGGGAGACGCAGCCCTTCTGCATTGATTCCAACACCTTTGACGTGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGGGAGACGCAGCCCTTCTGCATTGATTCCAACACCTTTGACGTGTTTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GTGGTTTGGGTGGGCTAATTCATCCTTGAACCCCATCATTTATGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTGGTTTGGGTGGGCTAATTCATCCTTGAACCCCATCATTTATGCCTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGCTGATTTTCGGAAGGCATTTTCAACCCTCTTAGGATGCTACAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATGCTGATTTTCGGAAGGCATTTTCAACCCTCTTAGGATGCTACAGACTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TGCCCTGCGACGAATAATGCCATAGAGACGGTGAGTATCAATAACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TGCCCTGCGACGAATAATGCCATAGAGACGGTGAGTATCAATAACAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCCGCGATGTTTTCCAGCCATCATGAGCCACGAGGCTCCATCTCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCCGCGATGTTTTCCAGCCATCATGAGCCACGAGGCTCCATCTCCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGTGCAATCTGGTTTACCTGATCCCACATGCTGTGGGCTCCTCTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGTGCAATCTGGTTTACCTGATCCCACATGCTGTGGGCTCCTCTGAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTGAAAAAGGAGGAGGCAGCTGGCATCGCCAGACCCTTGGAGAAGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CTGAAAAAGGAGGAGGCAGCTGGCATCGCCAGACCCTTGGAGAAGCTGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCCAGCCCTATCGGTCATATTGGACTATGACACTGACGTCTCTCTGGAGA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCCAGCCCTATCAGTCATATTGGACTATGACACTGACGTCTCTCTGGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1301 AGATCCAACCCATCACACAAAACGGTCAGCACCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGATCCAACCCATCACACAAAACGGTCAGCACCCAACC