seq1 = pF1KB9858.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KB9858/gi568815582f_29563729.tfa (gi568815582f:29563729_29764928), 201200 bp

>pF1KB9858 1200
>gi568815582f:29563729_29764928 (Chr16)

1-1200  (100001-101200)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACGCTTCTCCTTCTCCTTGGGGTGCTGGTGGTAAGCCCAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACGCTTCTCCTTCTCCTTGGGGTGCTGGTGGTAAGCCCAGACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGGGAGCACAACAGCAGTGCAGACACCCACCTCCGGAGAGCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGGGAGCACAACAGCAGTGCAGACACCCACCTCCGGAGAGCCTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCTACTAGCGAGCCCCTGAGCTCAAAGATGTACACCACTTCAATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCTACTAGCGAGCCCCTGAGCTCAAAGATGTACACCACTTCAATAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTGACCCTAAGGCCGACAGCACTGGGGACCAGACCTCAGCCCTACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTGACCCTAAGGCCGACAGCACTGGGGACCAGACCTCAGCCCTACCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCAACTTCCATCAATGAGGGATCCCCTCTTTGGACTTCCATTGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCAACTTCCATCAATGAGGGATCCCCTCTTTGGACTTCCATTGGTGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCACTGGTTCCCCTTTACCTGAGCCAACAACCTACCAGGAAGTTTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCACTGGTTCCCCTTTACCTGAGCCAACAACCTACCAGGAAGTTTCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGATGTCATCAGTGCCCCAGGAAACCCCTCATGCAACCAGTCATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGATGTCATCAGTGCCCCAGGAAACCCCTCATGCAACCAGTCATCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTTCCCATAACAGCAAACTCTCTAGGATCCCACACCGTGACAGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTTCCCATAACAGCAAACTCTCTAGGATCCCACACCGTGACAGGTGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATAACAACGAACTCTCCAGAAACCTCCAGTAGGACCAGTGGAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATAACAACGAACTCTCCAGAAACCTCCAGTAGGACCAGTGGAGCCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTTACCACGGCAGCTAGCTCTCTGGAGACCTCCAGAGGCACCTCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTTACCACGGCAGCTAGCTCTCTGGAGACCTCCAGAGGCACCTCTGGACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCTCTTACCATGGCAACTGTCTCTCTGGAGACTTCCAAAGGCACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCTCTTACCATGGCAACTGTCTCTCTGGAGACTTCCAAAGGCACCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GACCCCCTGTTACCATGGCAACTGACTCTCTGGAGACCTCCACTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GACCCCCTGTTACCATGGCAACTGACTCTCTGGAGACCTCCACTGGGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACTGGACCCCCTGTTACCATGACAACTGGCTCTCTGGAGCCCTCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACTGGACCCCCTGTTACCATGACAACTGGCTCTCTGGAGCCCTCCAGCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCCAGTGGACCCCAGGTCTCTAGCGTAAAACTATCTACAATGATGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCCAGTGGACCCCAGGTCTCTAGCGTAAAACTATCTACAATGATGTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAACGACCTCCACCAACGCAAGCACTGTGCCCTTCCGGAACCCAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAACGACCTCCACCAACGCAAGCACTGTGCCCTTCCGGAACCCAGATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACTCACGAGGCATGCTGCCAGTGGCTGTGCTTGTGGCCCTGCTGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACTCACGAGGCATGCTGCCAGTGGCTGTGCTTGTGGCCCTGCTGGCGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATAGTCCTCGTGGCTCTGCTCCTGCTGTGGCGCCGGCGGCAGAAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATAGTCCTCGTGGCTCTGCTCCTGCTGTGGCGCCGGCGGCAGAAGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGACTGGGGCCCTCGTGCTGAGCAGAGGCGGCAAGCGTAACGGGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGACTGGGGCCCTCGTGCTGAGCAGAGGCGGCAAGCGTAACGGGGTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GACGCCTGGGCTGGGCCAGCCCAGGTCCCTGAGGAGGGGGCCGTGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GACGCCTGGGCTGGGCCAGCCCAGGTCCCTGAGGAGGGGGCCGTGACAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GACCGTGGGAGGGTCCGGGGGCGACAAGGGCTCTGGGTTCCCCGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GACCGTGGGAGGGTCCGGGGGCGACAAGGGCTCTGGGTTCCCCGATGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGGGTCTAGCCGTCGGCCCACGCTCACCACTTTCTTTGGCAGACGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGGGTCTAGCCGTCGGCCCACGCTCACCACTTTCTTTGGCAGACGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCTCGCCAGGGCTCCCTGGCGATGGAGGAGCTGAAGTCTGGGTCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCTCGCCAGGGCTCCCTGGCGATGGAGGAGCTGAAGTCTGGGTCAGGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAGCCTCAAAGGGGAGGAGGAGCCACTGGTGGCCAGTGAGGATGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGCCTCAAAGGGGAGGAGGAGCCACTGGTGGCCAGTGAGGATGGGGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGGACGCCCCAGCTCCTGATGAGCCCGAAGGGGGAGACGGGGCTGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGGACGCCCCAGCTCCTGATGAGCCCGAAGGGGGAGACGGGGCTGCCCCT