seq1 = pF1KB9857.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KB9857/gi568815587f_103936823.tfa (gi568815587f:103936823_104138010), 201188 bp

>pF1KB9857 1188
>gi568815587f:103936823_104138010 (Chr11)

1-1188  (100001-101188)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGATCACCGTGTACTGCGTGCGGAGGGACCTCTCCGAGGTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGATCACCGTGTACTGCGTGCGGAGGGACCTCTCCGAGGTCACCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCTCTCCAGGTCAGCCCCGACTTTGAGCTCCGAAACTTCAAGGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCTCTCCAGGTCAGCCCCGACTTTGAGCTCCGAAACTTCAAGGTCCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAAGCGGAGTCCAGAGTCCCCGTCGAAGAGATCCAGATCATCCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAAGCGGAGTCCAGAGTCCCCGTCGAAGAGATCCAGATCATCCACATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCGACTCCTCATCGAGGACCACTGTTCCCTGGGCTCCTACGGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCGACTCCTCATCGAGGACCACTGTTCCCTGGGCTCCTACGGCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATGGCGATATCGTGGTTTTACTGCAGAAGGACAATGTGGGACCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGATGGCGATATCGTGGTTTTACTGCAGAAGGACAATGTGGGACCTCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCCAGGGCGTGCCCCGAACCAGCCTCGTGTAGACTTCAGTGGCATTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCCAGGGCGTGCCCCGAACCAGCCTCGTGTAGACTTCAGTGGCATTGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCCTGGGACGTCCAGCTCCCGTCCACAGCACCCTGGACAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCCTGGGACGTCCAGCTCCCGTCCACAGCACCCTGGACAGCAGCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGCACACCCGCTGCCCAGCGGTCACAGGGCTTGGCGTCAGGAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGCACACCCGCTGCCCAGCGGTCACAGGGCTTGGCGTCAGGAGAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCAGGCCTGCAAGGTCTGGGCAGCCCCGCCCTGATCCGCAGCATGCTG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCGGCCTGCAAGGTCTGGGCAGCCCCGCCCTGATCCGCAGCATGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTCCAACCCCCACGATCTGTCCCTGCTCAAGGAACGCAACCCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCTCCAACCCCCACGATCTGTCCCTGCTCAAGGAACGCAACCCTCCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCGGAAGCCCTGCTCAGCGGAAGCCTTGAGACCTTTTCTCAGGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCGGAAGCCCTGCTCAGCGGAAGCCTTGAGACCTTTTCTCAGGTGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGAGCAGCAAAGGGAAAAGGCCTTGAGAGAGCAAGAGAGGCTTCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGAGCAGCAAAGGGAAAAGGCCTTGAGAGAGCAAGAGAGGCTTCGTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACACAGCCGACCCACTGGATCGGGAAGCTCAGGCCAAAATAGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACACAGCCGACCCACTGGATCGGGAAGCTCAGGCCAAAATAGAAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATCCGGCAGCAAAACATTGAAGAAAACATGAATATAGCGATAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATCCGGCAGCAAAACATTGAAGAAAACATGAATATAGCGATAGAAGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCCCGAGAGTTTTGGACAAGTGACGATGCTCTACATTAACTGCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCCCGAGAGTTTTGGACAAGTGACGATGCTCTACATTAACTGCAAAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AATGGGCATCCTTTGAAGGCTTTTGTTGACTCGGGCGCCCAGATGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AATGGGCATCCTTTGAAGGCTTTTGTTGACTCGGGCGCCCAGATGACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TATGAGCCAGGCTTGTGCCGAGCGATGTAACATCATGAGGCTGGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TATGAGCCAGGCTTGTGCCGAGCGATGTAACATCATGAGGCTGGTGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GACGGTGGGCTGGGGTTGCTAAAGGAGTGGGCACACAGAGAATTATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GACGGTGGGCTGGGGTTGCTAAAGGAGTGGGCACACAGAGAATTATTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGTGTTCATCTAGCTCAGATTCAAATTGAAGGTGATTTCTTACAGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGTGTTCATCTAGCTCAGATTCAAATTGAAGGTGATTTCTTACAGTGCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTTCTCCATACTTGAGGATCAACCCATGGATATGCTTCTAGGCCTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTTCTCCATACTTGAGGATCAACCCATGGATATGCTTCTAGGCCTAGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGCTCCGGAGACATCAATGTTCCATCGATTTGAAGAAAAATGTGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGCTCCGGAGACATCAATGTTCCATCGATTTGAAGAAAAATGTGCTGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATCGGCACCACTGGCACGCAGACTTATTTTCTTCCTGAGGGAGAGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATCGGCACCACTGGCACGCAGACTTATTTTCTTCCTGAGGGAGAGTTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CTTATGCTCTAGGATGGTAAGTGGGCAAGATGAGTCTTCGGACAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTTATGCTCTAGGATGGTAAGTGGGCAAGATGAGTCTTCGGACAAGGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1151 TTACACATTCAGTCATGGATTCAGGACGAAAAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTACACATTCAGTCATGGATTCAGGACGAAAAGAGCAT