seq1 = pF1KB9854.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KB9854/gi568815575f_80342540.tfa (gi568815575f:80342540_80543706), 201167 bp

>pF1KB9854 1167
>gi568815575f:80342540_80543706 (ChrX)

1-1167  (100001-101167)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAAATCAGATTCACCAATCTCACTTGGGATCAAGTTATAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGAAATCAGATTCACCAATCTCACTTGGGATCAAGTTATAACACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATCAAGTGTTAGATGAAGTAATTCCAATTCATGGAAAGGGGAATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATCAAGTGTTAGATGAAGTAATTCCAATTCATGGAAAGGGGAATTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACAATGGAGGTAAAACCAAAAGACATCATTCATGTTGTGAAAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACAATGGAGGTAAAACCAAAAGACATCATTCATGTTGTGAAAGATCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCATAGGGCAAGGAATTATTGTTAAAGATGCCAGATTGAATGGTTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCATAGGGCAAGGAATTATTGTTAAAGATGCCAGATTGAATGGTTCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCAAGTTACATACTTGCAAGCCACAATGGAATCAGCTATAAGGATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCAAGTTACATACTTGCAAGCCACAATGGAATCAGCTATAAGGATCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGTTATTTTTGGTGTTGAGCTTCCAGGTAACGAAGAATTTCAGGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGTTATTTTTGGTGTTGAGCTTCCAGGTAACGAAGAATTTCAGGTTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAGATGCAGTTCTAGACTGTCTACTTGACTTTTTACCAAAAGATGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAGATGCAGTTCTAGACTGTCTACTTGACTTTTTACCAAAAGATGTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGGAAAAGCTCTCCCCAGATATCATGAAAGACGCTTACGTACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGGAAAAGCTCTCCCCAGATATCATGAAAGACGCTTACGTACAGAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGTCAAGGTTTGCAATGGGCATGATTGTTGGAGTCTTATCTCCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTCAAGGTTTGCAATGGGCATGATTGTTGGAGTCTTATCTCCCTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATAACACTGGGAAGAATTTAGAACTAAAATTTGTGAGTTCACTCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATAACACTGGGAAGAATTTAGAACTAAAATTTGTGAGTTCACTCAGACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCAGTTTGAATTTAGTGTAGATTCCTTTCAAATTGTTTTGGATCCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCAGTTTGAATTTAGTGTAGATTCCTTTCAAATTGTTTTGGATCCCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAGAGTTCTACAGTGACAAAAATGCCAAGCTAACCAAAGAATCCTATCCT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAGACTTCTACAGTGACAAAAATGCCAAGCTAACCAAAGAATCCTATCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTTGTGGTAGCTGAAAGCATGTATGGAGACTTCCAGGAAGCAATGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTTGTGGTAGCTGAAAGCATGTATGGAGACTTCCAGGAAGCAATGACACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTGCAACACAAGCTCATATGTACCAGGAAACCTGAAGAGATTAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTTGCAACACAAGCTCATATGTACCAGGAAACCTGAAGAGATTAGAGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGGCCTTCTGAAGTACTGCAGCTTGCTGGTTCATGGCTTCAAGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGGCCTTCTGAAGTACTGCAGCTTGCTGGTTCATGGCTTCAAGCCAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTATGTCAGAAATCAAAAACCTAGAACGTTATATGTGCTCTAGATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTATGTCAGAAATCAAAAACCTAGAACGTTATATGTGCTCTAGATTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TATTGATTTTCCTCATATAGAAGAACAGCAAAAGAAAATTGAATCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TATTGATTTTCCTCATATAGAAGAACAGCAAAAGAAAATTGAATCATACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCACAACCATTTCATAGGTGAAGGAATGACCAAGTATGACTACCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCACAACCATTTCATAGGTGAAGGAATGACCAAGTATGACTACCTTATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACCTTGCATGGAGTTGTGAATGAAAGCACTGTTTGCCTCATGAGTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACCTTGCATGGAGTTGTGAATGAAAGCACTGTTTGCCTCATGAGTTATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AAGAAGACAGATTCTCCACCTGATCACCATGATGGCTTTGAAAGTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAGAAGACAGATTCTCCACCTGATCACCATGATGGCTTTGAAAGTACTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGAACTAAATATTCTACCCAATACACAAAAGGTAACTTGCTTTTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGAACTAAATATTCTACCCAATACACAAAAGGTAACTTGCTTTTATCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CCTGCTCCGTACTTTGCAGCTGAGGCAAGGTACCCTATTTATGTAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CCTGCTCCGTACTTTGCAGCTGAGGCAAGGTACCCTATTTATGTAATACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGAGCCACCCCCCGTTAGCTTCCAGCCATACCACCCACTGCACTTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TGAGCCACCCCCCGTTAGCTTCCAGCCATACCACCCACTGCACTTTCGTG

   1150     .    :    .
   1151 GATCAAATGGTATGAGT
        |||||||||||||||||
 101151 GATCAAATGGTATGAGT