seq1 = pF1KB9852.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KB9852/gi568815592f_121346848.tfa (gi568815592f:121346848_121547993), 201146 bp

>pF1KB9852 1146
>gi568815592f:121346848_121547993 (Chr6)

1-1146  (100001-101146)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGACTGGAGCGCCTTAGGCAAACTCCTTGACAAGGTTCAAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGACTGGAGCGCCTTAGGCAAACTCCTTGACAAGGTTCAAGCCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAACTGCTGGAGGGAAGGTGTGGCTGTCAGTACTTTTCATTTTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAACTGCTGGAGGGAAGGTGTGGCTGTCAGTACTTTTCATTTTCCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGCTGCTGGGGACAGCGGTTGAGTCAGCCTGGGGAGATGAGCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGCTGCTGGGGACAGCGGTTGAGTCAGCCTGGGGAGATGAGCAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTTTCGTTGTAACACTCAGCAACCTGGTTGTGAAAATGTCTGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTTTCGTTGTAACACTCAGCAACCTGGTTGTGAAAATGTCTGCTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGTCTTTCCCAATCTCTCATGTGCGCTTCTGGGTCCTGCAGATCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGTCTTTCCCAATCTCTCATGTGCGCTTCTGGGTCCTGCAGATCATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTGTCTGTACCCACACTCTTGTACCTGGCTCATGTGTTCTATGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTGTCTGTACCCACACTCTTGTACCTGGCTCATGTGTTCTATGTGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGAAAGGAAGAGAAACTGAACAAGAAAGAGGAAGAACTCAAGGTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGAAAGGAAGAGAAACTGAACAAGAAAGAGGAAGAACTCAAGGTTGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AACTGATGGTGTCAATGTGGACATGCACTTGAAGCAGATTGAGATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AACTGATGGTGTCAATGTGGACATGCACTTGAAGCAGATTGAGATAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGTTCAAGTACGGTATTGAAGAGCATGGTAAGGTGAAAATGCGAGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGTTCAAGTACGGTATTGAAGAGCATGGTAAGGTGAAAATGCGAGGGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTGCTGCGAACCTACATCATCAGTATCCTCTTCAAGTCTATCTTTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTGCTGCGAACCTACATCATCAGTATCCTCTTCAAGTCTATCTTTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCCTTCTTGCTGATCCAGTGGTACATCTATGGATTCAGCTTGAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCCTTCTTGCTGATCCAGTGGTACATCTATGGATTCAGCTTGAGTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTTACACTTGCAAAAGAGATCCCTGCCCACATCAGGTGGACTGTTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTTACACTTGCAAAAGAGATCCCTGCCCACATCAGGTGGACTGTTTCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCTCGCCCCACGGAGAAAACCATCTTCATCATCTTCATGCTGGTGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCTCGCCCCACGGAGAAAACCATCTTCATCATCTTCATGCTGGTGGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTGGTGTCCCTGGCCTTGAATATCATTGAACTCTTCTATGTTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTGGTGTCCCTGGCCTTGAATATCATTGAACTCTTCTATGTTTTCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGGCGTTAAGGATCGGGTTAAGGGAAAGAGCGACCCTTACCATGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGGCGTTAAGGATCGGGTTAAGGGAAAGAGCGACCCTTACCATGCGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGTGGTGCGCTGAGCCCTGCCAAAGACTGTGGGTCTCAAAAATATGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGTGGTGCGCTGAGCCCTGCCAAAGACTGTGGGTCTCAAAAATATGCTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTTCAATGGCTGCTCCTCACCAACCGCTCCCCTCTCGCCTATGTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTTCAATGGCTGCTCCTCACCAACCGCTCCCCTCTCGCCTATGTCTCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGGGTACAAGCTGGTTACTGGCGACAGAAACAATTCTTCTTGCCGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGGGTACAAGCTGGTTACTGGCGACAGAAACAATTCTTCTTGCCGCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TACAACAAGCAAGCAAGTGAGCAAAACTGGGCTAATTACAGTGCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TACAACAAGCAAGCAAGTGAGCAAAACTGGGCTAATTACAGTGCAGAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AAATCGAATGGGGCAGGCGGGAAGCACCATCTCTAACTCCCATGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AAATCGAATGGGGCAGGCGGGAAGCACCATCTCTAACTCCCATGCACAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTTTTGATTTCCCCGATGATAACCAGAATTCTAAAAAACTAGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTTTTGATTTCCCCGATGATAACCAGAATTCTAAAAAACTAGCTGCTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CATGAATTACAGCCACTAGCCATTGTGGACCAGCGACCTTCAAGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CATGAATTACAGCCACTAGCCATTGTGGACCAGCGACCTTCAAGCAGAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1101 CAGCAGTCGTGCCAGCAGCAGACCTCGGCCTGATGACCTGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CAGCAGTCGTGCCAGCAGCAGACCTCGGCCTGATGACCTGGAGATC