seq1 = pF1KB9848.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KB9848/gi568815581r_47747302.tfa (gi568815581r:47747302_47948429), 201128 bp

>pF1KB9848 1128
>gi568815581r:47747302_47948429 (Chr17)

(complement)

1-1128  (100001-101128)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAACCGCTGTCTGCGGCTCTCTGGGCAGCCAGCACACGGAAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAACCGCTGTCTGCGGCTCTCTGGGCAGCCAGCACACGGAAGCGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACGCCTCCCCGCCGCGCCTCGACCTGCAGCCTCTCCAAACTTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACGCCTCCCCGCCGCGCCTCGACCTGCAGCCTCTCCAAACTTACCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACACGAGCCCTGAGGCCGGGGACTACCCCTCCCCGCTGCAGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCACACGAGCCCTGAGGCCGGGGACTACCCCTCCCCGCTGCAGCCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGCAGAGCCTCCCGCTGGGCCCGGAGGTGGACTTCTCGCAGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCTGCAGAGCCTCCCGCTGGGCCCGGAGGTGGACTTCTCGCAGGGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGCTGCCAGGGGCCTCCTCGCGGGTAACCTGCGAGGACCTGGAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAGCTGCCAGGGGCCTCCTCGCGGGTAACCTGCGAGGACCTGGAAAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAGTCCCTTGGCCCCGGGCCCCTTTTCCAAGCTCCTGCAGCCGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACAGTCCCTTGGCCCCGGGCCCCTTTTCCAAGCTCCTGCAGCCGGACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCACACCATTATGAATCGTGGTTCAGGCCGACTCACCCAGGCGCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCACACCATTATGAATCGTGGTTCAGGCCGACTCACCCAGGCGCGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGCTCGTGGTGGGACCTTCATCCGGGCACCAGCTGGATGGACCTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGCTCGTGGTGGGACCTTCATCCGGGCACCAGCTGGATGGACCTCCCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACTCAGGGCGCGCTGACCTCACCTGGCCACCCGGGGGCGCTTCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACTCAGGGCGCGCTGACCTCACCTGGCCACCCGGGGGCGCTTCAGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCTTGGGGGGCTACGTCGGAGACCACCAGCTTTGTGCCCCGCCACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCTTGGGGGGCTACGTCGGAGACCACCAGCTTTGTGCCCCGCCACCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCGCATGCGCACCACCTCCTTCCAGCTGCCGGAGGGCAGCATCTCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCGCATGCGCACCACCTCCTTCCAGCTGCCGGAGGGCAGCATCTCCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGCCGCCCGACGGGGCTAAGGCCTTGGAAGTAGCCGCCCCGGAGTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGCCGCCCGACGGGGCTAAGGCCTTGGAAGTAGCCGCCCCGGAGTCTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGGCTGGATTCCAGCCTGGACGGGGCGGCGCGTCCCAAAGGCTCCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGGCTGGATTCCAGCCTGGACGGGGCGGCGCGTCCCAAAGGCTCCCGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTCGGTGCCCCGCAGCTCAGGCCAGACCGTCTGTCGCTGCCCCAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTCGGTGCCCCGCAGCTCAGGCCAGACCGTCTGTCGCTGCCCCAACTGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGAGGCGGAGCGACTGGGGGCTCCATGTGGGCCCGATGGGGGCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGAGGCGGAGCGACTGGGGGCTCCATGTGGGCCCGATGGGGGCAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGCATTTGCACAACTGCCACATCCCGGGCTGCGGGAAAGCCTACGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGCATTTGCACAACTGCCACATCCCGGGCTGCGGGAAAGCCTACGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GACGTCGCACCTGAAGGCGCACCTGCGCTGGCACAGCGGCGACCGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GACGTCGCACCTGAAGGCGCACCTGCGCTGGCACAGCGGCGACCGTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCGTGTGCAACTGGCTCTTCTGCGGCAAGCGCTTCACGCGCTCGGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCGTGTGCAACTGGCTCTTCTGCGGCAAGCGCTTCACGCGCTCGGACGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGCAGCGCCACCTCCAGACCCACACCGGCACCAAGAAGTTCCCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGCAGCGCCACCTCCAGACCCACACCGGCACCAAGAAGTTCCCCTGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGTCTGCAGCCGCGTCTTCATGCGCAGCGACCACCTGGCCAAGCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGTCTGCAGCCGCGTCTTCATGCGCAGCGACCACCTGGCCAAGCACATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAACCCACGAGGGCGCCAAGGAGGAGGCGGCTGGGGCGGCCTCGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAACCCACGAGGGCGCCAAGGAGGAGGCGGCTGGGGCGGCCTCGGGAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGCAAGGCCGGCGGCGCAGTGGAGCCCCCCGGGGGCAAAGGCAAACGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGCAAGGCCGGCGGCGCAGTGGAGCCCCCCGGGGGCAAAGGCAAACGCGA

   1100     .    :    .    :    .
   1101 GGCCGAGGGCAGCGTGGCTCCCTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCCGAGGGCAGCGTGGCTCCCTCCAAC