seq1 = pF1KB9845.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KB9845/gi568815595f_152735783.tfa (gi568815595f:152735783_152936901), 201119 bp

>pF1KB9845 1119
>gi568815595f:152735783_152936901 (Chr3)

1-1119  (100001-101119)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGAGGTGCTGTGGCCGGCTGTCCCCAACGGGACGGACGCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGAGGTGCTGTGGCCGGCTGTCCCCAACGGGACGGACGCTGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGCCGGTCCGGGTTCGTCCTGGGGGAACAGCACGGTCGCCTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGCCGGTCCGGGTTCGTCCTGGGGGAACAGCACGGTCGCCTCCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCGTCTCCTCGTCGTTCAAATGCGCCTTGACCAAGACGGGCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCGTCTCCTCGTCGTTCAAATGCGCCTTGACCAAGACGGGCTTCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTTACTACCTGCCGGCTGTCTACATCTTGGTATTCATCATCGGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTTACTACCTGCCGGCTGTCTACATCTTGGTATTCATCATCGGCTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCAACAGCGTGGCCATCTGGATGTTCGTCTTCCACATGAAGCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCAACAGCGTGGCCATCTGGATGTTCGTCTTCCACATGAAGCCCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGCATCTCCGTGTACATGTTCAATTTGGCTCTGGCCGACTTCTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGCATCTCCGTGTACATGTTCAATTTGGCTCTGGCCGACTTCTTGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCTGACTCTGCCAGCCCTGATCTTCTACTACTTCAATAAAACAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCTGACTCTGCCAGCCCTGATCTTCTACTACTTCAATAAAACAGACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATCTTCGGGGATGCCATGTGTAAACTGCAGAGGTTCATCTTTCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATCTTCGGGGATGCCATGTGTAAACTGCAGAGGTTCATCTTTCATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTCTATGGCAGCATCTTGTTTCTGACATGCATCAGTGCCCACCGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTCTATGGCAGCATCTTGTTTCTGACATGCATCAGTGCCCACCGGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCGGTGTGGTGTACCCCCTCAAGTCCCTGGGCCGGCTCAAAAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCGGTGTGGTGTACCCCCTCAAGTCCCTGGGCCGGCTCAAAAAGAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCGATCTGTATCAGCGTGCTGGTGTGGCTCATTGTGGTGGTGGCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCGATCTGTATCAGCGTGCTGGTGTGGCTCATTGTGGTGGTGGCGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCCCATCCTCTTCTACTCAGGTACCGGGGTCCGCAAAAACAAAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCCCATCCTCTTCTACTCAGGTACCGGGGTCCGCAAAAACAAAACCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCTGTTACGACACCACCTCAGACGAGTACCTGCGAAGTTATTTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACCTGTTACGACACCACCTCAGACGAGTACCTGCGAAGTTATTTCATCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAGCATGTGCACGACCGTGGCCATGTTCTGTGTCCCCTTGGTGCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAGCATGTGCACGACCGTGGCCATGTTCTGTGTCCCCTTGGTGCTGATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGGCTGTTACGGATTAATTGTGAGAGCTTTGATTTACAAAGATCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGGCTGTTACGGATTAATTGTGAGAGCTTTGATTTACAAAGATCTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACTCTCCTCTGAGGAGAAAATCGATTTACCTGGTAATCATTGTACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACTCTCCTCTGAGGAGAAAATCGATTTACCTGGTAATCATTGTACTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTTTTTGCTGTGTCTTACATCCCTTTCCATGTGATGAAAACGATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTTTTTGCTGTGTCTTACATCCCTTTCCATGTGATGAAAACGATGAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAGGGCCCGGCTTGATTTTCAGACCCCAGCAATGTGTGCTTTCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAGGGCCCGGCTTGATTTTCAGACCCCAGCAATGTGTGCTTTCAATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGGGTTTATGCCACGTATCAGGTGACAAGAGGTCTAGCAAGTCTCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGGTTTATGCCACGTATCAGGTGACAAGAGGTCTAGCAAGTCTCAACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTGTGTGGACCCCATTCTCTATTTCTTGGCGGGAGATACTTTCAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTGTGTGGACCCCATTCTCTATTTCTTGGCGGGAGATACTTTCAGAAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GACTCTCCCGAGCCACAAGGAAAGCTTCTAGAAGAAGTGAGGCAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GACTCTCCCGAGCCACAAGGAAAGCTTCTAGAAGAAGTGAGGCAAATTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CAATCCAAGAGTGAAGACATGACCCTCAATATTTTACCTGAGTTCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CAATCCAAGAGTGAAGACATGACCCTCAATATTTTACCTGAGTTCAAGCA

   1100     .    :    .
   1101 GAATGGAGATACAAGCCTG
        |||||||||||||||||||
 101101 GAATGGAGATACAAGCCTG