seq1 = pF1KB9828.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KB9828/gi568815579f_35349715.tfa (gi568815579f:35349715_35550704), 200990 bp

>pF1KB9828 990
>gi568815579f:35349715_35550704 (Chr19)

1-990  (100001-100990)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCGGACTGGAAGAGCTCCTTGATCCTCATGGCTTACATCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCGGACTGGAAGAGCTCCTTGATCCTCATGGCTTACATCATCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTCACTGGCCTCCCTGCCAACCTCCTGGCCCTGCGGGCCTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTCACTGGCCTCCCTGCCAACCTCCTGGCCCTGCGGGCCTTTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGGATCCGCCAGCCCCAGCCTGCACCTGTGCACATCCTCCTGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGGATCCGCCAGCCCCAGCCTGCACCTGTGCACATCCTCCTGCTGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGACGCTGGCCGACCTCCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCTTCAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGACGCTGGCCGACCTCCTCCTGCTGCTGCTGCTGCCCTTCAAGATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGGCTGCGTCGAACTTCCGCTGGTACCTGCCCAAGGTCGTCTGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGGCTGCGTCGAACTTCCGCTGGTACCTGCCCAAGGTCGTCTGCGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACGAGTTTTGGCTTCTACAGCAGCATCTACTGCAGCACGTGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACGAGTTTTGGCTTCTACAGCAGCATCTACTGCAGCACGTGGCTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGGGCATCAGCATCGAGCGCTACCTGGGAGTGGCTTTCCCCGTGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGGGCATCAGCATCGAGCGCTACCTGGGAGTGGCTTTCCCCGTGCAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGCTCTCCCGCCGGCCTCTGTATGGAGTGATTGCAGCTCTGGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGCTCTCCCGCCGGCCTCTGTATGGAGTGATTGCAGCTCTGGTGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGTTATGTCCTTTGGTCACTGCACCATCGTGATCATCGTTCAATACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGGTTATGTCCTTTGGTCACTGCACCATCGTGATCATCGTTCAATACTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACACGACTGAGCAGGTCAGAAGTGGCAATGAAATTACCTGCTACGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AACACGACTGAGCAGGTCAGAAGTGGCAATGAAATTACCTGCTACGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTCACCGATAACCAGTTGGACGTGGTGCTGCCCGTGCGGCTGGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTCACCGATAACCAGTTGGACGTGGTGCTGCCCGTGCGGCTGGAGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTGGTGCTCTTCTTCATCCCCATGGCAGTCACCATCTTCTGCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCTGGTGCTCTTCTTCATCCCCATGGCAGTCACCATCTTCTGCTACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGTTTTGTGTGGATCATGCTCTCCCAGCCCCATGTGGGGGCCCAGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100601 CGTTTTGTGTGGATCATGCTCTCCCAGCCCCTTGTGGGGGCCCAGAGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCGCCGAGCCGTGGGGCTGGCTGTGGTGACGCTGCTCAATTTCCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCGCCGAGCCGTGGGGCTGGCTGTGGTGACGCTGCTCAATTTCCTGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCTTCGGACCTTACAACGTGTCCCACCTGGTGGGGTATCACCAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCTTCGGACCTTACAACGTGTCCCACCTGGTGGGGTATCACCAGAGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCCCCTGGTGGCGGTCAATAGCCGTGGTGTTCAGTTCACTCAACGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCCCCTGGTGGCGGTCAATAGCCGTGGTGTTCAGTTCACTCAACGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTGGACCCCCTGCTCTTCTATTTCTCTTCTTCAGTGGTGCGCAGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTGGACCCCCTGCTCTTCTATTTCTCTTCTTCAGTGGTGCGCAGGGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGGGAGAGGGCTGCAGGTGCTGCGGAATCAGGGCTCCTCCCTGTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGGGAGAGGGCTGCAGGTGCTGCGGAATCAGGGCTCCTCCCTGTTGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CGCAGAGGCAAAGACACAGCAGAGGGGACAAATGAGGACAGGGGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CGCAGAGGCAAAGACACAGCAGAGGGGACAAATGAGGACAGGGGTGTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCAAGGAGAAGGGATGCCAAGTTCGGACTTCACTACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TCAAGGAGAAGGGATGCCAAGTTCGGACTTCACTACAGAG