seq1 = pF1KB9827.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KB9827/gi568815592f_3749812.tfa (gi568815592f:3749812_3950786), 200975 bp

>pF1KB9827 975
>gi568815592f:3749812_3950786 (Chr6)

1-975  (100001-100975)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGTACAAGGGCACCATGCGCGAGGCAGGCCGTGCCATGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCAGTACAAGGGCACCATGCGCGAGGCAGGCCGTGCCATGCACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCAAGAAGCGCGAAAGGCAGCGGGAGCAGATGGAGGTGCTGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCAAGAAGCGCGAAAGGCAGCGGGAGCAGATGGAGGTGCTGAAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCGCCGAGGAGACCATCCTCAAGTCGCAGGTGGACAAGAGGTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCGCCGAGGAGACCATCCTCAAGTCGCAGGTGGACAAGAGGTTCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCATTACGACGCCGTGGAGGCCGAGCTGAAGTCCAGCACGGTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGCATTACGACGCCGTGGAGGCCGAGCTGAAGTCCAGCACGGTGGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGACCCTGAACGACATGAAGGCCCGGCAGGAGGCCCTGGTCAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGACCCTGAACGACATGAAGGCCCGGCAGGAGGCCCTGGTCAGGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGAGCGGCAGCTGGCCAAGCGCCAGCACCTGGAGGAGCAGCGGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGAGCGGCAGCTGGCCAAGCGCCAGCACCTGGAGGAGCAGCGGCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGAGCGGCAGCGGGAGCAGGAGCAGCGGCGCGAGCGCAAGCGTAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGAGCGGCAGCGGGAGCAGGAGCAGCGGCGCGAGCGCAAGCGTAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCCTGCCTGTCCTTTGCACTAGACGACCTCGATGACCAGGCCGACGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCCTGCCTGTCCTTTGCACTAGACGACCTCGATGACCAGGCCGACGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGAGGCCAGGCGCGCCGGAAACCTGGGCAAGAACCCCGACGTGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGAGGCCAGGCGCGCCGGAAACCTGGGCAAGAACCCCGACGTGGACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCTTCCTGCCAGACCGCGACCGCGAGGAGGAGGAGAACCGGCTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCTTCCTGCCAGACCGCGACCGCGAGGAGGAGGAGAACCGGCTCCGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGCTGCGCCAAGAGTGGGAGGCGCAGCGCGAGAAAGTGAAGGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGCTGCGCCAAGAGTGGGAGGCGCAGCGCGAGAAAGTGAAGGACGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATGGAGGTCACCTTCAGCTACTGGGACGGCTCGGGCCACCGGCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGATGGAGGTCACCTTCAGCTACTGGGACGGCTCGGGCCACCGGCGCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGCGGGTGCGCAAGGGCAACACGGTGCAGCAGTTCCTGAAGAAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGCGGGTGCGCAAGGGCAACACGGTGCAGCAGTTCCTGAAGAAGGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGGGGCTGCGCAAGGACTTCCTGGAGCTGCGCTCCGCCGGCGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGGGGCTGCGCAAGGACTTCCTGGAGCTGCGCTCCGCCGGCGTGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCTCATGTTCATCAAGGAGGACCTCATCCTGCCGCACTACCACACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCTCATGTTCATCAAGGAGGACCTCATCCTGCCGCACTACCACACCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACGACTTCATCATCGCCAGGGCGAGGGGCAAGAGCGGGCCGCTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACGACTTCATCATCGCCAGGGCGAGGGGCAAGAGCGGGCCGCTCTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTCGATGTGCACGATGACGTGCGCCTGCTCAGCGACGCCACCATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTTCGATGTGCACGATGACGTGCGCCTGCTCAGCGACGCCACCATGGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGACGAGTCGCACGCGGGCAAGGTGGTGCTGCGCAGCTGGTACGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGACGAGTCGCACGCGGGCAAGGTGGTGCTGCGCAGCTGGTACGAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACAAGCACATCTTCCCCGCCAGCCGCTGGGAGGCCTATGACCCCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACAAGCACATCTTCCCCGCCAGCCGCTGGGAGGCCTATGACCCCGAGAA

    950     .    :    .    :    .
    951 GAAGTGGGACAAGTACACCATCCGC
        |||||||||||||||||||||||||
 100951 GAAGTGGGACAAGTACACCATCCGC