seq1 = pF1KB9824.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KB9824/gi568815585r_80236761.tfa (gi568815585r:80236761_80437705), 200945 bp

>pF1KB9824 945
>gi568815585r:80236761_80437705 (Chr13)

(complement)

1-945  (100001-100945)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCCAGAGCTCAGAGTGGCAACGGGTCGCAGCCCTTGCTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCCAGAGCTCAGAGTGGCAACGGGTCGCAGCCCTTGCTGCAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCCGTGACGGTGGCAGACAGCGTGGGGAGCCCGACCCCAGAGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCCGTGACGGTGGCAGACAGCGTGGGGAGCCCGACCCCAGAGACGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCCAGCAGGTACATGTCTTGTCTCTGGATCAGATCAGAGCCATCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCCAGCAGGTACATGTCTTGTCTCTGGATCAGATCAGAGCCATCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACACCAATGAGTACACAGAGGGGCCTACTGTCGTCCCAAGACCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACACCAATGAGTACACAGAGGGGCCTACTGTCGTCCCAAGACCTGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGCCTGCTCCTCGCCCCTCCACTCAGCACAAACACGAGAGACTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGCCTGCTCCTCGCCCCTCCACTCAGCACAAACACGAGAGACTCCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCTGCCTGAGCACCGCCAGCCTCCTAGGCTCCAGCACTCGCAGGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTCTGCCTGAGCACCGCCAGCCTCCTAGGCTCCAGCACTCGCAGGTCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTTCTGCACGAGCCCCTCTGTCCAGATCCATAAGCACGGTCAGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTTCTGCACGAGCCCCTCTGTCCAGATCCATAAGCACGGTCAGCTCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCGCGGAGCAGTACGAGGACAAGTACCAGCAGCAGCTCCTCTGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCGCGGAGCAGTACGAGGACAAGTACCAGCAGCAGCTCCTCTGAACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GACTGCTAGGATCATCCTTCTCCTCCGGGCCTGTTGCTGATGGCATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GACTGCTAGGATCATCCTTCTCCTCCGGGCCTGTTGCTGATGGCATAATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGGTGCAACCCAAATCTGAGCTCAAGCCAGGTGAGCTTAAGCCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGGTGCAACCCAAATCTGAGCTCAAGCCAGGTGAGCTTAAGCCACTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAAGGAAGATTTGGGCCTGCACGCCTACAGGTGTGAGGACTGTGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAAGGAAGATTTGGGCCTGCACGCCTACAGGTGTGAGGACTGTGGCAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCAAATGTAAGGAGTGCACCTACCCAAGGCCTCTGCCATCAGACTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCAAATGTAAGGAGTGCACCTACCCAAGGCCTCTGCCATCAGACTGGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCGACAAGCAGTGCCTTTGCTCGGCCCAGAACGTGATTGACTATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCGACAAGCAGTGCCTTTGCTCGGCCCAGAACGTGATTGACTATGGGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTGTGTATGCTGTGTGAAAGGTCTCTTCTATCACTGTTCTAATGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTGTGTATGCTGTGTGAAAGGTCTCTTCTATCACTGTTCTAATGATGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGACAACTGTGCTGACAACCCATGTTCTTGCAGCCAGTCTCACTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGACAACTGTGCTGACAACCCATGTTCTTGCAGCCAGTCTCACTGTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACACGATGGTCAGCCATGGGTGTCATGTCCCTCTTTTTGCCTTGTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACACGATGGTCAGCCATGGGTGTCATGTCCCTCTTTTTGCCTTGTTTATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTGTTACCTTCCAGCCAAGGGTTGCCTTAAATTGTGCCAGGGGTGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTGTTACCTTCCAGCCAAGGGTTGCCTTAAATTGTGCCAGGGGTGTTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCGGGTTAACAGGCCTGGTTGCCGCTGTAAAAACTCAAACACAGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACCGGGTTAACAGGCCTGGTTGCCGCTGTAAAAACTCAAACACAGTTTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    901 TGCAAAGTTCCCACTGTCCCCCCTAGGAACTTTGAAAAACCAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGCAAAGTTCCCACTGTCCCCCCTAGGAACTTTGAAAAACCAACA