seq1 = pF1KB9823.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KB9823/gi568815575f_152636162.tfa (gi568815575f:152636162_152837103), 200942 bp

>pF1KB9823 942
>gi568815575f:152636162_152837103 (ChrX)

1-942  (100001-100942)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACTTGAGCAGAGGAGTCAGCACTGCAAGCCTGAGGAAGGCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACTTGAGCAGAGGAGTCAGCACTGCAAGCCTGAGGAAGGCCTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCAAGGAGAGGCCCTGGGCTTGGTGGGTGCGCAGGCTCCTGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCAAGGAGAGGCCCTGGGCTTGGTGGGTGCGCAGGCTCCTGCTACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCAGGAGACTGCCTCCTCCTCCTCTACTCTAGTGGAAGTCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCAGGAGACTGCCTCCTCCTCCTCTACTCTAGTGGAAGTCACCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGAGGTGCCTGCTGCCGAGTCACCAAGTCCTCCCCACAGTCCTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGAGGTGCCTGCTGCCGAGTCACCAAGTCCTCCCCACAGTCCTCAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCTCCACCCTCCCCACTACCATCAACTATACTCTCTGGAGTCAATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCTCCACCCTCCCCACTACCATCAACTATACTCTCTGGAGTCAATCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGAGGGCTCCAGCAACGAAGAACAGGAAGGGCCAAGCACCTTTCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGAGGGCTCCAGCAACGAAGAACAGGAAGGGCCAAGCACCTTTCCTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGAGACGAGCTTCCAAGTAGCACTCAGTAGGAAGATGGCTGAGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGAGACGAGCTTCCAAGTAGCACTCAGTAGGAAGATGGCTGAGTTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCATTTTCTGCTCCTCAAGTATCGAGCCAGGGAGCCATTCACAAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCATTTTCTGCTCCTCAAGTATCGAGCCAGGGAGCCATTCACAAAGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAATGCTGGGGAGTGTCATCAGAAATTTCCAGGACTTCTTTCCTGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAATGCTGGGGAGTGTCATCAGAAATTTCCAGGACTTCTTTCCTGTGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCAGCAAAGCCTCCGAGTACTTGCAGCTGGTCTTTGGCATCGAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCAGCAAAGCCTCCGAGTACTTGCAGCTGGTCTTTGGCATCGAGGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAAGTGGTCCGCATCGGCCACTTGTACATCCTTGTCACCTGCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAAGTGGTCCGCATCGGCCACTTGTACATCCTTGTCACCTGCCTGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTCCTACGATGGCCTGCTGGGCGACAATCAGATCGTGCCCAAGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTCCTACGATGGCCTGCTGGGCGACAATCAGATCGTGCCCAAGACAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCCTGATAATCGTCCTGGCCATAATCGCAAAAGAGGGCGACTGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCCTGATAATCGTCCTGGCCATAATCGCAAAAGAGGGCGACTGTGCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAGGAGAAAATCTGGGAGGAGCTGAGTGTGTTGGAGGCATCTGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGAGGAGAAAATCTGGGAGGAGCTGAGTGTGTTGGAGGCATCTGATGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGAGGACAGTGTCTTTGCGCATCCCAGGAAGCTGCTCACCCAAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGAGGACAGTGTCTTTGCGCATCCCAGGAAGCTGCTCACCCAAGATTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGCAGGAAAACTACCTGGAGTACCGGCAGGTCCCCGGCAGTGATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGCAGGAAAACTACCTGGAGTACCGGCAGGTCCCCGGCAGTGATCCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATGCTACGAGTTCCTGTGGGGTCCAAGGGCCCTCGTTGAAACCAGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATGCTACGAGTTCCTGTGGGGTCCAAGGGCCCTCGTTGAAACCAGCTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAAAGTCCTGCACCATTTGCTAAAGATCAGTGGAGGACCTCACATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAAAGTCCTGCACCATTTGCTAAAGATCAGTGGAGGACCTCACATTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TACCCACCCCTGCATGAATGGGCTTTTAGAGAGGGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TACCCACCCCTGCATGAATGGGCTTTTAGAGAGGGGGAAGAG