seq1 = pF1KB9812.tfa, 771 bp
seq2 = pF1KB9812/gi568815586f_5394215.tfa (gi568815586f:5394215_5594985), 200771 bp

>pF1KB9812 771
>gi568815586f:5394215_5594985 (Chr12)

1-771  (100001-100771)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATCTTGTTTTATGTGATATTTCTCGCTTATCTCCGTGGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATCTTGTTTTATGTGATATTTCTCGCTTATCTCCGTGGCATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGTAACAACATGGATCAAAGGAGTTTGCCAGAAGACTCGCTCAATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTAACAACATGGATCAAAGGAGTTTGCCAGAAGACTCGCTCAATTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATTATTAAGCTGATCCAGGCAGATATTTTGAAAAACAAGCTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATTATTAAGCTGATCCAGGCAGATATTTTGAAAAACAAGCTCTCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGATGGTGGACGTTAAGGAAAATTACCAGAGCACCCTGCCCAAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGATGGTGGACGTTAAGGAAAATTACCAGAGCACCCTGCCCAAAGCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCTCCCCGAGAGCCGGAGCGGGGAGGGCCCGCCAAGTCAGCATTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCTCCCCGAGAGCCGGAGCGGGGAGGGCCCGCCAAGTCAGCATTCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGTGATTGCAATGGACACCGAACTGCTGCGACAACAGAGACGCTACAAC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGTGATTGCAATGGACACCGAACTGCTGCGACAACAGAGACGCTACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCACCGCGGGTCCTGCTGAGCGACAGCACCCCCTTGGAGCCCCCGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCACCGCGGGTCCTGCTGAGCGACAGCACCCCCTTGGAGCCCCCGCCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTATCTCATGGAGGATTACGTGGGCAGCCCCGTGGTGGCGAACAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTATCTCATGGAGGATTACGTGGGCAGCCCCGTGGTGGCGAACAGAACAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACGGCGGAAACGGTACGCGGAGCATAAGAGTCACCGAGGGGAGTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACGGCGGAAACGGTACGCGGAGCATAAGAGTCACCGAGGGGAGTACTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTATGTGACAGTGAGAGTCTGTGGGTGACCGACAAGTCATCGGCCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTATGTGACAGTGAGAGTCTGTGGGTGACCGACAAGTCATCGGCCATCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATTCGGGGACACCAGGTCACGGTGCTGGGGGAGATCAAAACGGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATTCGGGGACACCAGGTCACGGTGCTGGGGGAGATCAAAACGGGCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTCCCGTCAAACAATATTTTTATGAAACGCGATGTAAGGAAGCCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTCCCGTCAAACAATATTTTTATGAAACGCGATGTAAGGAAGCCAGGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCAAAAACGGTTGCAGGGGTATTGATGATAAACACTGGAACTCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCAAAAACGGTTGCAGGGGTATTGATGATAAACACTGGAACTCTCAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAAAACATCCCAAACCTACGTCCGAGCACTGACTTCAGAGAACAATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAAAACATCCCAAACCTACGTCCGAGCACTGACTTCAGAGAACAATAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCGTGGGCTGGCGGTGGATACGGATAGACACGTCCTGTGTGTGTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCGTGGGCTGGCGGTGGATACGGATAGACACGTCCTGTGTGTGTGCCTTG

    750     .    :    .    :
    751 TCGAGAAAAATCGGAAGAACA
        |||||||||||||||||||||
 100751 TCGAGAAAAATCGGAAGAACA