seq1 = pF1KB9811.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KB9811/gi568815597f_26763213.tfa (gi568815597f:26763213_26963956), 200744 bp

>pF1KB9811 744
>gi568815597f:26763213_26963956 (Chr1)

1-744  (100001-100744)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGAGCCAGTCTGATCCAGAAGGCCAAGCTGGCAGAGCAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGAGCCAGTCTGATCCAGAAGGCCAAGCTGGCAGAGCAGGCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGCTATGAGGACATGGCAGCCTTCATGAAAGGCGCCGTGGAGAAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGCTATGAGGACATGGCAGCCTTCATGAAAGGCGCCGTGGAGAAGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCTCTCCTGCGAAGAGCGAAACCTGCTCTCAGTAGCCTATAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCTCTCCTGCGAAGAGCGAAACCTGCTCTCAGTAGCCTATAAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGTGGGCGGCCAGAGGGCTGCCTGGAGGGTGCTGTCCAGTATTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGTGGGCGGCCAGAGGGCTGCCTGGAGGGTGCTGTCCAGTATTGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAAGCAACGAGGAGGGCTCGGAGGAGAAGGGGCCCGAGGTGCGTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAAGCAACGAGGAGGGCTCGGAGGAGAAGGGGCCCGAGGTGCGTGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCGGGAGAAGGTGGAGACTGAGCTCCAGGGCGTGTGCGACACCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCGGGAGAAGGTGGAGACTGAGCTCCAGGGCGTGTGCGACACCGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCTGCTGGACAGCCACCTCATCAAGGAGGCCGGGGACGCCGAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCTGCTGGACAGCCACCTCATCAAGGAGGCCGGGGACGCCGAGAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTCTTCTACCTGAAGATGAAGGGTGACTACTACCGCTACCTGGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTCTTCTACCTGAAGATGAAGGGTGACTACTACCGCTACCTGGCCGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCACCGGTGACGACAAGAAGCGCATCATTGACTCAGCCCGGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCCACCGGTGACGACAAGAAGCGCATCATTGACTCAGCCCGGTCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACCAGGAGGCCATGGACATCAGCAAGAAGGAGATGCCGCCCACCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACCAGGAGGCCATGGACATCAGCAAGAAGGAGATGCCGCCCACCAACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATCCGCCTGGGCCTGGCCCTGAACTTTTCCGTCTTCCACTACGAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATCCGCCTGGGCCTGGCCCTGAACTTTTCCGTCTTCCACTACGAGATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAACAGCCCCGAGGAGGCCATCTCTCTGGCCAAGACCACTTTCGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAACAGCCCCGAGGAGGCCATCTCTCTGGCCAAGACCACTTTCGACGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCATGGCTGATCTGCACACCCTCAGCGAGGACTCCTACAAAGACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCATGGCTGATCTGCACACCCTCAGCGAGGACTCCTACAAAGACAGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCTCATCATGCAGCTGCTGCGAGACAACCTGACACTGTGGACGGCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCTCATCATGCAGCTGCTGCGAGACAACCTGACACTGTGGACGGCCGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGCCGGGGAAGAGGGGGGCGAGGCTCCCCAGGAGCCCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGCCGGGGAAGAGGGGGGCGAGGCTCCCCAGGAGCCCCAGAGC