seq1 = pF1KB9803.tfa, 600 bp
seq2 = pF1KB9803/gi568815575r_102040733.tfa (gi568815575r:102040733_102241331), 200599 bp

>pF1KB9803 600
>gi568815575r:102040733_102241331 (ChrX)

(complement)

1-600  (100001-100599)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAAACCCTACAATAAAAATGAAGGAAACCTGGAAAACGAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAAACCCTACAATAAAAATGAAGGAAACCTGGAAAACGAGGGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCAGAAGATGAAGTAGAGCCTGATGATGAAGGAAAGTCAGACGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCAGAAGATGAAGTAGAGCCTGATGATGAAGGAAAGTCAGACGAGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAGCCAGACGTGGAGGGGAAGACAGAATGCGAGGGAAAGAGAGAGGAT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |
 100101 AAAAGCCAGACGCGGAGGGGAAGACAGAATGCGAGGGAAAGCGAAAGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGGAGAGCCAGGTGATGAGGGACAACTGGAAGATGAGGGAAGCCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100151 GAGGGAGAGCCAGGTGATGAGGGACAACTGGAAGATAAGGGAAGCCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAAGCAGGGCAGGTCCGAAGGTGAGGGCAAGCCACAAGGCGAGGGCAAGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAAGCAGGGCAAGTCCGAAGGTGAGGGCAAGCCACAAGGCGAGGGCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCCTCCCAGGCAAAGCCAGAGAGCCAGCCGCGGGCCGCCGAAAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGCCTCCCAGGCAAAGCCAGAGGGCCAGCCGCGGGCCGCCGAAAAGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGCTGAAGATTATGTGCCCCGGAAAGCAAAAAGAAAAACGGACAGGGG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100301 CCGGCTGGAGATTATGTGCCCCGGAAAGCAAAAAGAAAAACAGACAGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACGGACGATTCCCCCAAGGACTCTCAGGAGGACTTACAGGAAAGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACGGACGATTCCCCCAAGGACTCTCAGGAGGACTTACAGGAAAGGCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAGCAGTGAGGAGATGATGAGAGAATGTGGAGATGTGTCAAGGGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100401 TGAGCAGTGAGGAGATGATGAGAGAATGTGGAGATGTGTCAAGGGCTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGAGCTAAGGAAAAAACAGAAAATGGGTGGTTTTCATTGGATGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGGAGCTAAGGAAAAAACAGAAAATGGGTGGTTTTCATTGGATGCAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGATGTACAGGATCCATTCGCCCCAAGGGGACAACGGGGTGTCAGGGGAG
        |||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGATGTACAGGATCCATTCGCCC AAGGGGACAACGGGGTGTCAGGGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGAGGGGTGGAGGTAGGGGCCAGAGGGGCTTACACGATATCCCATACCTT
        |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
 100550 TGAGGGGTGGAGGTAGGGGCCAAAGAGGCTTACACGATATCCCATACCTT