seq1 = pF1KB9802.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KB9802/gi568815597f_33764192.tfa (gi568815597f:33764192_33964749), 200558 bp

>pF1KB9802 558
>gi568815597f:33764192_33964749 (Chr1)

1-558  (100001-100558)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAAAGAAATCCAGCTAAAGCCTAAGGCAAATGTCTCTTCTTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAAAGAAATCCAGCTAAAGCCTAAGGCAAATGTCTCTTCTTACGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACTTTTTGCTGAATTACAGAAACAAATTCAAGGAGCAGCAGCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACTTTTTGCTGAATTACAGAAACAAATTCAAGGAGCAGCAGCCAAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTACGTTGGCTTTAAAGAGTTCTCTAGAAAGTGTTCGGAAAAATGGAGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTATGTTGGCTTTAAAGAGTTCTCTAGAAAGTGTTCGGAAAAATGGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCATCTCAAAGCATGAAAAGGCCAAATATGAAGCCCTGGCCAAACTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCATCTCAAAGCATGAAAAGGCCAAATATGAAGCCCTGGCCAAACTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAAGCCCGATACCAGGAAGAAATGATGAATTATGTTGGCAAGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAAGCCCGATACCAGGAAGAAATGATGAATTATGTTGGCAAGAGGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AACGGAGAAAGCGGGATCCCCAGGAACCCAGACGGCCTCCATCATCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AACGGAGAAAGCGGGATCCCCAGGAACCCAGACGGCCTCCATCATCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTACTCTTCTGCCAAGACCACTATGCTCAGCTGAAGAGGGAGAACCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTACTCTTCTGCCAAGACCACTATGCTCAGCTGAAGAGGGAGAACCCGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGGTCGGTGGTGCAGGTGGCCAAGGCCACAGGGAAGATGTGGTCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGGTCGGTGGTGCAGGTGGCCAAGGCCACAGGGAAGATGTGGTCAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGACAGACCTGGAGAAGCACCCTTATGAGCAAAGAGTGGCTCTCCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGACAGACCTGGAGAAGCACCCTTATGAGCAAAGAGTGGCTCTCCTGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTAAGTACTTCGAGGAACTTGAACTCTACCGTAAACAATGTAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTAAGTACTTCGAGGAACTTGAACTCTACCGTAAACAATGTAATGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GAAGAAGTACCGAATGTCAGCTAGAAACCGGTGCAGAGGGAAAAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GAAGAAGTACCGAATGTCAGCTAGAAACCGGTGCAGAGGGAAAAGAGTCA

    550     .
    551 GGCAGAGC
        ||||||||
 100551 GGCAGAGC