seq1 = pF1KB9801.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KB9801/gi568815575f_89822086.tfa (gi568815575f:89822086_90022641), 200556 bp

>pF1KB9801 555
>gi568815575f:89822086_90022641 (ChrX)

1-555  (100001-100556)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCCGCTGCAGACGGCCCGGCTGAGACCCAAAGCCCGGTGGAAAA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCCGCTGCGGACGGCCCGGCTGAGACCCAAAGCCCGGTGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACAGCCCGGCGAAGACCCAAAGCCCAGCCCAAGACACCTCAATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACAGCCCGGCGAAGACCCAAAGCCCAGCCCAAGACACCTCAATCATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAGAAATAACGCAGATACAGGCAGAGTTCTTGCCTTACCAGAGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAGAAATAACGCAGATACAGGCAGAGTTCTTGCCTTACCAGAGCACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAAGCGCAAGGGAAACTTGCCAGCCGAGTCCGTTAAGATCCTCCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAAGCGCAAGGGAAACTTGCCAGCCGAGTCCGTTAAGATCCTCCGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGATGTATAAGCATCGGTTTAAGGCCTACCCTTCAGAAGAAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGATGTATAAGCATCGGTTTAAGGCCTACCCTTCAGAAGAAGAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAATGCTGTCAGAGAAGACCAATTTGTCTTTGTTGCGGATTTCTAACTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100251 AAATGCTGTCAGAGAAGACCAATTTGTCTTTGTTGCAGATTTCTAACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTATCAATGCTCGCAGACGCATTCTCCCGGATATGCTTCAACAGCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTATCAATGCTCGCAGACGCATTCTCCCGGATATGCTTCAACAGCGTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAACGACCCCATCATTGGCCACAAAACGGGCAAAGATGCCCATGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAACGACCCCATCATTGGCCACAAAACGGGCAAAGATGCCCATGCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGCAGAGCACCGAGGCGTCTGTGCCGGCCAAGTCAGGGCC AGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||
 100401 ACCTGCAGAGCACCGAGGCGTCTGTGCCGGCCAAGTCAGGGCCCAGTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 CCAGACAATGTACAAAGCCTGCCCCTGTGGCCCTTGCCAAAGGGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAGACAATGTACAAAGCCTGCCCCTGTGGCCCTTGCCAAAGGGCCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 GTCAAGAGAGAAGCAACCAGATCCGGAGTCGGCCCCTAGCCAGAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTCAAGAGAGAAGCAACCAGATCCGGAGTCGGCCCCTAGCCAGAAGCTCA

    550     .
    550 CCGGAA
        ||||||
 100551 CCGGAA