seq1 = pF1KB9801.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KB9801/gi568815574f_3479245.tfa (gi568815574f:3479245_3679799), 200555 bp

>pF1KB9801 555
>gi568815574f:3479245_3679799 (ChrY)

1-555  (100001-100555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCCGCTGCAGACGGCCCGGCTGAGACCCAAAGCCCGGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCCGCTGCAGACGGCCCGGCTGAGACCCAAAGCCCGGTGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACAGCCCGGCGAAGACCCAAAGCCCAGCCCAAGACACCTCAATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACAGCCCGGCGAAGACCCAAAGCCCAGCCCAAGACACCTCAATCATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAGAAATAACGCAGATACAGGCAGAGTTCTTGCCTTACCAGAGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAGAAATAACGCAGATACAGGCAGAGTTCTTGCCTTACCAGAGCACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAAGCGCAAGGGAAACTTGCCAGCCGAGTCCGTTAAGATCCTCCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAAGCGCAAGGGAAACTTGCCAGCCGAGTCCGTTAAGATCCTCCGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGATGTATAAGCATCGGTTTAAGGCCTACCCTTCAGAAGAAGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGATGTATAAGCATCGGTTTAAGGCCTACCCTTCAGAAGAAGAGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAATGCTGTCAGAGAAGACCAATTTGTCTTTGTTGCGGATTTCTAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAATGCTGTCAGAGAAGACCAATTTGTCTTTGTTGCGGATTTCTAACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTATCAATGCTCGCAGACGCATTCTCCCGGATATGCTTCAACAGCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTATCAATGCTCGCAGACGCATTCTCCCGGATATGCTTCAACAGCGTAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAACGACCCCATCATTGGCCACAAAACGGGCAAAGATGCCCATGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAACGACCCCATCATTGGCCACAAAACGGGCAAAGATGCCCATGCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGCAGAGCACCGAGGCGTCTGTGCCGGCCAAGTCAGGGCCAGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGCAGAGCACCGAGGCGTCTGTGCCGGCCAAGTCAGGGCCAGTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGACAATGTACAAAGCCTGCCCCTGTGGCCCTTGCCAAAGGGCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGACAATGTACAAAGCCTGCCCCTGTGGCCCTTGCCAAAGGGCCAGATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCAAGAGAGAAGCAACCAGATCCGGAGTCGGCCCCTAGCCAGAAGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCAAGAGAGAAGCAACCAGATCCGGAGTCGGCCCCTAGCCAGAAGCTCAC

    550     .
    551 CGGAA
        |||||
 100551 CGGAA