seq1 = pF1KB9787.tfa, 573 bp
seq2 = pF1KB9787/gi568815594f_40143387.tfa (gi568815594f:40143387_40343959), 200573 bp

>pF1KB9787 573
>gi568815594f:40143387_40343959 (Chr4)

1-573  (100001-100573)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGTTCCATCAAGTGCGTGTTGGTGGGCGACTCTGCTGTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGTTCCATCAAGTGCGTGTTGGTGGGCGACTCTGCTGTGGGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCTCTCTGTTGGTGCGCTTCACCTCCGAGACCTTCCCGGAGGCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACCTCTCTGTTGGTGCGCTTCACCTCCGAGACCTTCCCGGAGGCCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCACAGTGTACGAGAACACAGGGGTGGACGTCTTCATGGATGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCCACAGTGTACGAGAACACAGGGGTGGACGTCTTCATGGATGGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGATCAGCCTGGGCCTCTGGGACACAGCCGGCAATGACGCCTTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGATCAGCCTGGGCCTCTGGGACACAGCCGGCAATGACGCCTTCAGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCCGGCCCCTGTCCTACCAGCAGGCAGACGTGGTGCTGATGTGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCCGGCCCCTGTCCTACCAGCAGGCAGACGTGGTGCTGATGTGCTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTGGCCAACCATAACTCATTCCTGAACTTGAAGAACAAGTGGATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTGGCCAACCATAACTCATTCCTGAACTTGAAGAACAAGTGGATTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAATTAGGAGCAACTTGCCCTGTACCCCTGTGCTGGTGGTGGCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAATTAGGAGCAACTTGCCCTGTACCCCTGTGCTGGTGGTGGCCACCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACTGACCAGCGGGAGATGGGGCCCCACAGGGCCTCCTGCGTCAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACTGACCAGCGGGAGATGGGGCCCCACAGGGCCTCCTGCGTCAATGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGAAGGGAAGAAACTGGCCCAGGATGTCAGAGCCAAGGGCTACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGAAGGGAAGAAACTGGCCCAGGATGTCAGAGCCAAGGGCTACCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCTCAGCCCTTAGCAATCGGGGAGTACAGCAGGTGTTTGAGTGCGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCTCAGCCCTTAGCAATCGGGGAGTACAGCAGGTGTTTGAGTGCGCCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGAACTGCCGTCAACCAGGCCAGGAGACGAAACAGAAGGAGGCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGAACTGCCGTCAACCAGGCCAGGAGACGAAACAGAAGGAGGCTCTTCT

    550     .    :    .    :
    551 CCATCAATGAGTGCAAGATCTTC
        |||||||||||||||||||||||
 100551 CCATCAATGAGTGCAAGATCTTC