seq1 = pF1KB9771.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KB9771/gi568815597r_204994873.tfa (gi568815597r:204994873_205214963), 220091 bp

>pF1KB9771 1614
>gi568815597r:204994873_205214963 (Chr1)

(complement)

1-19  (93091-93109)   100% ->
20-45  (99081-99106)   100% ->
46-218  (100003-100175)   100% ->
219-359  (109796-109936)   100% ->
360-522  (110945-111107)   99% ->
523-632  (113255-113364)   100% ->
633-752  (114693-114812)   100% ->
753-906  (114900-115053)   100% ->
907-978  (115152-115223)   100% ->
979-1096  (115858-115975)   100% ->
1097-1166  (117569-117638)   100% ->
1167-1396  (118053-118282)   100% ->
1397-1588  (119900-120091)   100% ->
1589-1614  (126149-126174)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCTCGAGTTGCTGG         AGTCCTTTGGGCAGAACTATCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  93091 ATGAACCTCGAGTTGCTGGGTG...CAGAGTCCTTTGGGCAGAACTATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAG         GAAGCTGATGGAACTTTGGATTGTATCAGCATGGCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99103 AGAGGTA...TAGGAAGCTGATGGAACTTTGGATTGTATCAGCATGGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGACTTGCACCTTTAACAGGTGGGGCACACTGCTTGCAGTTGGCTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100040 TGACTTGCACCTTTAACAGGTGGGGCACACTGCTTGCAGTTGGCTGTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATGGCCGAATTGTCATCTGGGATTTCTTGACAAGAGGCATTGCTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100090 GATGGCCGAATTGTCATCTGGGATTTCTTGACAAGAGGCATTGCTAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATTAGTGCACACATCCATCCAGTGTGTTCTTTATG         CTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100140 AATTAGTGCACACATCCATCCAGTGTGTTCTTTATGGTA...CAGCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCCGAGATGGTCATAAACTCGTGAGTGCTTCCACTGATAACATAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109801 GCCGAGATGGTCATAAACTCGTGAGTGCTTCCACTGATAACATAGTGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGTGGGATGTTCTTTCAGGCGACTGTGACCAGAGGTTTCGATTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109851 CAGTGGGATGTTCTTTCAGGCGACTGTGACCAGAGGTTTCGATTCCCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCCATCTTAAAAGTCCAATATCATCCACGAGATCA         GAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109901 ACCCATCTTAAAAGTCCAATATCATCCACGAGATCAGTA...CAGGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGTTCTCGTGTGTCCCATGAAATCTGCTCCTGTCATGTTGACCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110950 AGGTTCTCGTGTGTCCCATGAAATCTGCTCCTGTCATGTTGACCCTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATTCCAAACATGTTTTTCTGCCGGTGGACGATGACTCCGATTTGAACGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111000 GATTCCAAACATGTTGTTCTGCCGGTGGACGATGACTCCGATTTGAACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTGGCATCTTTTGATAGGCGAGGGGAATATATTTATACGGGAAACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111050 TGTGGCATCTTTTGATAGGCGAGGGGAATATATTTATACGGGAAACGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGGCAAG         ATTTTGGTCCTAAAAACAGATTCTCAGGATCTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111100 AAGGCAAGGTA...TAGATTTTGGTCCTAAAAACAGATTCTCAGGATCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTGCTTCCTTCAGAGTGACAACTGGAACAAGCAATACCACAGCCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113288 GTTGCTTCCTTCAGAGTGACAACTGGAACAAGCAATACCACAGCCATTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCAATTGAGTTTGCCCGGAAGGGGAG         TTGCTTTTTAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113338 GTCAATTGAGTTTGCCCGGAAGGGGAGGTG...TAGTTGCTTTTTAATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACACGGCAGATCGAATAATCAGAGTTTATGATGGCAGAGAAATCTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114707 ACACGGCAGATCGAATAATCAGAGTTTATGATGGCAGAGAAATCTTAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTGGAAGAGATGGAGAGCCTGAACCTATGCAGAAATTGCAGGATTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114757 TGTGGAAGAGATGGAGAGCCTGAACCTATGCAGAAATTGCAGGATTTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAATAG         GACCCCATGGAAGAAATGTTGTTTCTCTGGGGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114807 GAATAGGTA...TAGGACCCCATGGAAGAAATGTTGTTTCTCTGGGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGGAATACATCGTGGCAGGTTCTGCCCGGCAGCATGCCCTGTACATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114935 GGGAATACATCGTGGCAGGTTCTGCCCGGCAGCATGCCCTGTACATCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGAAGAGCATTGGCAACCTGGTGAAGATTCTCCATGGGACGAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114985 GAGAAGAGCATTGGCAACCTGGTGAAGATTCTCCATGGGACGAGAGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTCCTCTTGGATGTAGCT         TGGCATCCTGTTCGACCCATCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115035 ACTCCTCTTGGATGTAGCTGTG...TAGTGGCATCCTGTTCGACCCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TAGCATCCATTTCCAGTGGAGTGGTATCTATCTGGGCACAGAATCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115174 TAGCATCCATTTCCAGTGGAGTGGTATCTATCTGGGCACAGAATCAAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979          GAAAACTGGAGTGCATTTGCACCAGACTTCAAAGAATTGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115224 GTA...TAGGAAAACTGGAGTGCATTTGCACCAGACTTCAAAGAATTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGAAAATGTAGAATACGAAGAAAGGGAATCAGAGTTTGATATTGAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115899 TGAAAATGTAGAATACGAAGAAAGGGAATCAGAGTTTGATATTGAAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGATAAGAGTGAGCCTGAGCAGACAG         GGGCTGATGCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115949 AAGATAAGAGTGAGCCTGAGCAGACAGGTA...CAGGGGCTGATGCTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAGATGAGGAAGTGGATGTCACCAGCGTGGACCCTATTGCTGCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117583 GAAGATGAGGAAGTGGATGTCACCAGCGTGGACCCTATTGCTGCCTTCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAGCAG         TGATGAAGAGCTGGAAGATTCAAAGGCTCTATTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117633 TAGCAGGTG...TAGTGATGAAGAGCTGGAAGATTCAAAGGCTCTATTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 ATTTACCCATTGCCCCTGAGGTAGAAGACCCAGAAGAAAATCCTTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118088 ATTTACCCATTGCCCCTGAGGTAGAAGACCCAGAAGAAAATCCTTACGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCCCCACCGGATGCAGTCCAAACCTCCTTGATGGATGAAGGGGCTAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118138 CCCCCACCGGATGCAGTCCAAACCTCCTTGATGGATGAAGGGGCTAGTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGAGAAGAAGAGGCAGTCCTCAGCAGATGGGTCCCAGCCACCTAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118188 AGAGAAGAAGAGGCAGTCCTCAGCAGATGGGTCCCAGCCACCTAAGAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AACCCAAAACAACCAATATAGAACTTCAAGGAGTACCAAATGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 118238 AACCCAAAACAACCAATATAGAACTTCAAGGAGTACCAAATGATGGTA..

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397     AAGTCCATCCACTACTGGGTGTGAAGGGGGATGGCAAATCCAAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118288 .CAGAAGTCCATCCACTACTGGGTGTGAAGGGGGATGGCAAATCCAAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAAGCAAGCAGGCCGGCCTAAAGGATCAAAAGGTAAAGAGAAAGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119946 GAAGCAAGCAGGCCGGCCTAAAGGATCAAAAGGTAAAGAGAAAGATTCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CATTTAAACCGAAACTCTACAAAGGGGACAGAGGTTTACCTCTGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119996 CATTTAAACCGAAACTCTACAAAGGGGACAGAGGTTTACCTCTGGAAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TCAGCGAAGGGTAAAGTGCAGGCGGAACTCAGCCAGCCCTTGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120046 TCAGCGAAGGGTAAAGTGCAGGCGGAACTCAGCCAGCCCTTGACAGGTA.

   1700     .    :    .    :    .    :
   1589      CAGGAGGAGCAATCTCAGAACTGTTA
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||
 120096 ..TAGCAGGAGGAGCAATCTCAGAACTGTTA