seq1 = pF1KB9770.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB9770/gi568815589f_134301631.tfa (gi568815589f:134301631_134536611), 234981 bp

>pF1KB9770 1386
>gi568815589f:134301631_134536611 (Chr9)

1-28  (25002-25029)   100% ->
29-279  (100002-100252)   100% ->
280-430  (106519-106669)   100% ->
431-610  (107310-107489)   100% ->
611-780  (115528-115697)   100% ->
781-910  (120046-120175)   100% ->
911-1043  (127478-127610)   100% ->
1044-1135  (130275-130366)   100% ->
1136-1241  (132472-132577)   100% ->
1242-1386  (134837-134981)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACCAAACATTTCCTGCCGCTCG         ATTTCTCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  25002 ATGGACACCAAACATTTCCTGCCGCTCGGTG...CAGATTTCTCCACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGAACTCCTCCCTCACCTCCCCGACGGGGCGAGGCTCCATGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 GGTGAACTCCTCCCTCACCTCCCCGACGGGGCGAGGCTCCATGGCTGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCGCTGCACCCGTCCCTGGGGCCTGGCATCGGCTCCCCGGGACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 CCTCGCTGCACCCGTCCCTGGGGCCTGGCATCGGCTCCCCGGGACAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATTCTCCCATCAGCACCCTGAGCTCCCCCATCAACGGCATGGGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 CATTCTCCCATCAGCACCCTGAGCTCCCCCATCAACGGCATGGGCCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCTCGGTCATCAGCTCCCCCATGGGCCCCCACTCCATGTCGGTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 TTTCTCGGTCATCAGCTCCCCCATGGGCCCCCACTCCATGTCGGTGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACACCCACCCTGGGCTTCAGCACTGGCAGCCCCCAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100215 CCACACCCACCCTGGGCTTCAGCACTGGCAGCCCCCAGGTG...CAGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCTCACCTATGAACCCCGTCAGCAGCAGCGAGGACATCAAGCCCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106522 AGCTCACCTATGAACCCCGTCAGCAGCAGCGAGGACATCAAGCCCCCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGCCTCAATGGCGTCCTCAAGGTCCCCGCCCACCCCTCAGGAAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106572 GGGCCTCAATGGCGTCCTCAAGGTCCCCGCCCACCCCTCAGGAAACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTCCTTCACCAAGCACATCTGCGCCATCTGCGGGGACCGCTCCTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106622 CTTCCTTCACCAAGCACATCTGCGCCATCTGCGGGGACCGCTCCTCAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        GCAAGCACTATGGAGTGTACAGCTGCGAGGGGTGCAAGGGCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106672 A...CAGGCAAGCACTATGGAGTGTACAGCTGCGAGGGGTGCAAGGGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCAAGCGGACGGTGCGCAAGGACCTGACCTACACCTGCCGCGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107353 CTTCAAGCGGACGGTGCGCAAGGACCTGACCTACACCTGCCGCGACAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGACTGCCTGATTGACAAGCGGCAGCGGAACCGGTGCCAGTACTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107403 AGGACTGCCTGATTGACAAGCGGCAGCGGAACCGGTGCCAGTACTGCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACCAGAAGTGCCTGGCCATGGGCATGAAGCGGGAAG         CCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107453 TACCAGAAGTGCCTGGCCATGGGCATGAAGCGGGAAGGTA...TAGCCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGGAGGAGCGGCAGCGTGGCAAGGACCGGAACGAGAATGAGGTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115532 GCAGGAGGAGCGGCAGCGTGGCAAGGACCGGAACGAGAATGAGGTGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGACCAGCAGCGCCAACGAGGACATGCCGGTGGAGAGGATCCTGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115582 CGACCAGCAGCGCCAACGAGGACATGCCGGTGGAGAGGATCCTGGAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGCTGGCCGTGGAGCCCAAGACCGAGACCTACGTGGAGGCAAACATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115632 GAGCTGGCCGTGGAGCCCAAGACCGAGACCTACGTGGAGGCAAACATGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGAACCCCAGCTCG         CCGAACGACCCTGTCACCAACATTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115682 GCTGAACCCCAGCTCGGTG...CAGCCGAACGACCCTGTCACCAACATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCAAGCAGCCGACAAACAGCTTTTCACCCTGGTGGAGTGGGCCAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120071 GCCAAGCAGCCGACAAACAGCTTTTCACCCTGGTGGAGTGGGCCAAGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCCCACACTTCTCAGAGCTGCCCCTGGACGACCAGGTCATCCTGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120121 ATCCCACACTTCTCAGAGCTGCCCCTGGACGACCAGGTCATCCTGCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCAG         GCTGGAATGAGCTGCTCATCGCCTCCTTCTCCCACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120171 GGCAGGTG...CAGGCTGGAATGAGCTGCTCATCGCCTCCTTCTCCCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTCCATCGCCGTGAAGGACGGGATCCTCCTGGCCACCGGGCTGCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127514 GCTCCATCGCCGTGAAGGACGGGATCCTCCTGGCCACCGGGCTGCACGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CACCGGAACAGCGCCCACAGCGCAGGGGTGGGCGCCATCTTTGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 127564 CACCGGAACAGCGCCCACAGCGCAGGGGTGGGCGCCATCTTTGACAGGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1044       GGTGCTGACGGAGCTTGTGTCCAAGATGCGGGACATGCAGATGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127614 ...CAGGGTGCTGACGGAGCTTGTGTCCAAGATGCGGGACATGCAGATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAAGACGGAGCTGGGCTGCCTGCGCGCCATCGTCCTCTTTAACCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 130319 ACAAGACGGAGCTGGGCTGCCTGCGCGCCATCGTCCTCTTTAACCCTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136        ACTCCAAGGGGCTCTCGAACCCGGCCGAGGTGGAGGCGCTGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130369 A...CAGACTCCAAGGGGCTCTCGAACCCGGCCGAGGTGGAGGCGCTGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAGAAGGTCTATGCGTCCTTGGAGGCCTACTGCAAGCACAAGTACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132515 GGAGAAGGTCTATGCGTCCTTGGAGGCCTACTGCAAGCACAAGTACCCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGCAGCCGGGAAG         GTTCGCTAAGCTCTTGCTCCGCCTGCCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132565 AGCAGCCGGGAAGGTG...CAGGTTCGCTAAGCTCTTGCTCCGCCTGCCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTCTGCGCTCCATCGGGCTCAAATGCCTGGAACATCTCTTCTTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134865 GCTCTGCGCTCCATCGGGCTCAAATGCCTGGAACATCTCTTCTTCTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTCATCGGGGACACACCCATTGACACCTTCCTTATGGAGATGCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134915 GCTCATCGGGGACACACCCATTGACACCTTCCTTATGGAGATGCTGGAGG

   1450     .    :    .
   1370 CGCCGCACCAAATGACT
        |||||||||||||||||
 134965 CGCCGCACCAAATGACT