seq1 = pF1KB9742.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KB9742/gi568815581r_57874476.tfa (gi568815581r:57874476_58083395), 208920 bp

>pF1KB9742 1563
>gi568815581r:57874476_58083395 (Chr17)

(complement)

1-33  (95285-95317)   100% ->
34-728  (100003-100697)   100% ->
729-792  (101460-101523)   100% ->
793-976  (102610-102793)   100% ->
977-1138  (104083-104244)   100% ->
1139-1563  (108496-108920)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCCAACTGGACCGCGTTCCTGTTCCAG         GCCCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  95285 ATGGAGGCCAACTGGACCGCGTTCCTGTTCCAGGTA...TAGGCCCATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCTTCCCATCACCAACAGCAGGCAGCACAGAACAGCTTGCTGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 AGCTTCCCATCACCAACAGCAGGCAGCACAGAACAGCTTGCTGCCCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGCTCTGCCGTGGAGCCCCCTGATCAGAAACCATTGCTTCCAATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TGAGCTCTGCCGTGGAGCCCCCTGATCAGAAACCATTGCTTCCAATACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAACTCAGAAACCTCAGGGTGCACCAGAAACATTAAAGGATGCCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 ATAACTCAGAAACCTCAGGGTGCACCAGAAACATTAAAGGATGCCATTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTAAAAAAGAAAAACCCAAAACTTCATTTGTGTGCACTTACTGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100161 GATTAAAAAAGAAAAACCCAAAACTTCATTTGTGTGCACTTACTGCAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCTTTCAGGGACAGCTATCACCTGAGGCGCCACGAATCCTGCCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100211 AAGCTTTCAGGGACAGCTATCACCTGAGGCGCCACGAATCCTGCCACACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGATCAAGTTGGTGTCCCGGCCAAAGAAAACCCCCACCACGGTGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100261 GGGATCAAGTTGGTGTCCCGGCCAAAGAAAACCCCCACCACGGTGGTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTTATCTCTACCATCGCTGGGGACAGCAGCCGAACTTCGTTGGTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100311 CCTTATCTCTACCATCGCTGGGGACAGCAGCCGAACTTCGTTGGTCTCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCATTGCAGGCATCTTGTCAACAGTCACTACATCTTCCTCGGGCACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100361 CCATTGCAGGCATCTTGTCAACAGTCACTACATCTTCCTCGGGCACCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCAGTAGCAGTGCCAGCACCACAGCTATGCCAGTGACCCAGTCTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100411 CCCAGTAGCAGTGCCAGCACCACAGCTATGCCAGTGACCCAGTCTGTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAAACCCAGTAAGCCTGTCAAGAAGAACCATGCTTGTGAGATGTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100461 GAAACCCAGTAAGCCTGTCAAGAAGAACCATGCTTGTGAGATGTGTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGCCTTCCGAGATGTGTACCATCTCAATCGACACAAGCTCTCCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100511 AGGCCTTCCGAGATGTGTACCATCTCAATCGACACAAGCTCTCCCATTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GATGAGAAACCCTTTGAGTGTCCTATTTGTAATCAGCGCTTCAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100561 GATGAGAAACCCTTTGAGTGTCCTATTTGTAATCAGCGCTTCAAGAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGACCGGATGACTTACCATGTGAGGTCTCATGAAGGAGGCATCACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100611 GGACCGGATGACTTACCATGTGAGGTCTCATGAAGGAGGCATCACCAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCTATACTTGCAGTGTTTGTGGGAAAGGCTTCTCAAG         GCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100661 CCTATACTTGCAGTGTTTGTGGGAAAGGCTTCTCAAGGTA...CAGGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACCACTTAAGCTGTCATGTAAAACATGTCCATTCAACAGAAAGACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101464 GACCACTTAAGCTGTCATGTAAAACATGTCCATTCAACAGAAAGACCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAAATGCCAA         ACGTGCACTGCTGCCTTTGCCACCAAAGACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101514 CAAATGCCAAGTA...CAGACGTGCACTGCTGCCTTTGCCACCAAAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GACTGCGGACACACATGGTGCGCCATGAAGGCAAGGTATCATGTAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102641 GACTGCGGACACACATGGTGCGCCATGAAGGCAAGGTATCATGTAACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TGTGGGAAGCTCCTGAGTGCAGCATACATCACCAGCCACTTAAAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102691 TGTGGGAAGCTCCTGAGTGCAGCATACATCACCAGCCACTTAAAGACTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGGGCAGAGCCAAAGTATCAACTGTAATACATGTAAACAAGGCATCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102741 TGGGCAGAGCCAAAGTATCAACTGTAATACATGTAAACAAGGCATCAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAA         CATGCATGAGTGAAGAGACCAGTAACCAAAAGCAGCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 AAAGTA...TAGCATGCATGAGTGAAGAGACCAGTAACCAAAAGCAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104121 CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACAACAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGTGACAAGCTGGCCAGGGAAGCAAGTAGAAACACTGAGACTGTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104171 TGTGACAAGCTGGCCAGGGAAGCAAGTAGAAACACTGAGACTGTGGGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAGCTGTTAAAGCAAGGAAGAAAG         AAGCTGCTAACCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104221 AAGCTGTTAAAGCAAGGAAGAAAGGTA...TAGAAGCTGCTAACCTGTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CAAACCTCCACGGCTGCTACGACACCTGTGACTCTCACTACTCCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108513 CAAACCTCCACGGCTGCTACGACACCTGTGACTCTCACTACTCCATTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TATAACATCCTCTGTGTCGTCTGGGACTATGTCAAACCCAGTCACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108563 TATAACATCCTCTGTGTCGTCTGGGACTATGTCAAACCCAGTCACAGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CAGCTGCAATGAGCATGAGAAGTCCAGTAAATGTTTCAAGTGCAGTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108613 CAGCTGCAATGAGCATGAGAAGTCCAGTAAATGTTTCAAGTGCAGTTAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ATAACCAGCCCAATGAACATAGGGCATCCTGTAACTATAACCAGTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 ATAACCAGCCCAATGAACATAGGGCATCCTGTAACTATAACCAGTCCATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 ATCCATGACCTCTCCTTTAACACTCACTACCCCAGTCAACCTCCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 ATCCATGACCTCTCCTTTAACACTCACTACCCCAGTCAACCTCCCCACCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CCGTCACTGCCCCAGTGAATATAGCACACCCTGTCACCATCACATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108763 CCGTCACTGCCCCAGTGAATATAGCACACCCTGTCACCATCACATCTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 ATGAATCTACCCACACCTATGACATTAGCCGCCCCTCTCAATATAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 ATGAATCTACCCACACCTATGACATTAGCCGCCCCTCTCAATATAGCAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GAGACCTGTAGAGAGCATGCCTTTCTTGCCCCAAGCTTTGCCTACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108863 GAGACCTGTAGAGAGCATGCCTTTCTTGCCCCAAGCTTTGCCTACATCAC

   1600     .
   1556 CGCCTTGG
        ||||||||
 108913 CGCCTTGG