seq1 = pF1KB9740.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KB9740/gi568815586r_109179674.tfa (gi568815586r:109179674_109408321), 228648 bp

>pF1KB9740 1551
>gi568815586r:109179674_109408321 (Chr12)

(complement)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-232  (118036-118181)   100% ->
233-357  (120142-120266)   100% ->
358-468  (120368-120478)   100% ->
469-596  (120798-120925)   100% ->
597-693  (121578-121674)   100% ->
694-901  (122811-123018)   100% ->
902-1294  (126523-126915)   100% ->
1295-1551  (128392-128648)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAGAAAGTGACACCTCATCCATAATGTCAGGAATTATTCGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATAGAAAGTGACACCTCATCCATAATGTCAGGAATTATTCGAAACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGCAAAATCACCACCCCTCTCCACAGGAATACAG         GCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 AGGGCAAAATCACCACCCCTCTCCACAGGAATACAGGTG...CAGGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGCCACCACCAGCGATGATGACCTTCCCGGGGACCTGCAGTCGCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118041 TAGCCACCACCAGCGATGATGACCTTCCCGGGGACCTGCAGTCGCTGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCTCACGGCGGTGGATGTGCCTCGGCTGCAGCAGATGGCAAGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118091 TGGCTCACGGCGGTGGATGTGCCTCGGCTGCAGCAGATGGCAAGTGGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGGACCTGGGTGGCCCCTGCGTGCCACATCCACACCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118141 CGTGGACCTGGGTGGCCCCTGCGTGCCACATCCACACCCAGGTA...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGCCTTGGCTGGGGTGGCCGACCTGCATGTGGGAGCCACTCCAAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120142 GTGCCTTGGCTGGGGTGGCCGACCTGCATGTGGGAGCCACTCCAAGTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCTCCATGGCCCAGCAGGCATGGCCCCCCGAGGCATGCCAGGTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120192 CTTCTCCATGGCCCAGCAGGCATGGCCCCCCGAGGCATGCCAGGTCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCATAACTGGCCACAGAGACAGC         ATGAGCCAGTTCCCCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 120242 CCCCATAACTGGCCACAGAGACAGCGTA...CAGATGAGCCAGTTCCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGGGGCCAGCCCTCATCTGGCCTGCAGGACCCGCCGCATCTGTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120384 TGGGGGGCCAGCCCTCATCTGGCCTGCAGGACCCGCCGCATCTGTACTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTGCCACCCAACCACAGTTCCCGCTCCCCCCGGGTGCCCAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120434 CCTGCCACCCAACCACAGTTCCCGCTCCCCCCGGGTGCCCAGCAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     TGCCCTCCTGTGGGCCTCTATGGCCCCCCATTTGGGGTGCGGCCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120484 .AAGTGCCCTCCTGTGGGCCTCTATGGCCCCCCATTTGGGGTGCGGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTACCCCCAGCCCCACGTGGCTGTGCATTCATCTCAAGAACTGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120844 CCTACCCCCAGCCCCACGTGGCTGTGCATTCATCTCAAGAACTGCACCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAACACTACCCCAAGCCCATCTACTCGTACAG         CTGTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120894 AAACACTACCCCAAGCCCATCTACTCGTACAGGTG...CAGCTGTCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGCCATGGCCCTGAAGAACAGCAAGACAGGCAGCCTGCCTGTGAGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121587 CGCCATGGCCCTGAAGAACAGCAAGACAGGCAGCCTGCCTGTGAGCGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTACAGCTTCATGAAGGAGCACTTCCCCTACTTCAAG         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121637 TCTACAGCTTCATGAAGGAGCACTTCCCCTACTTCAAGGTG...TAGACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCCCCGACGGGTGGAAGAACTCGGTGCGGCACAACCTGTCTCTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122814 GCCCCCGACGGGTGGAAGAACTCGGTGCGGCACAACCTGTCTCTGAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTGCTTCGAGAAGGTGGAGAACAAGATGAGCGGCTCCTCCCGCAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122864 GTGCTTCGAGAAGGTGGAGAACAAGATGAGCGGCTCCTCCCGCAAGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCTGTGGGCTCTGAACCTGGCCCGCATCGACAAGATGGAGGAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122914 GCCTGTGGGCTCTGAACCTGGCCCGCATCGACAAGATGGAGGAGGAGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACAAGTGGAAGAGGAAGGACCTGGCTGCCATCCACCGGAGTATGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122964 CACAAGTGGAAGAGGAAGGACCTGGCTGCCATCCACCGGAGTATGGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTG         AGGAGTTGGACAAGCTGATCTCCGACCGGCCTGAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123014 CCCTGGTG...CAGAGGAGTTGGACAAGCTGATCTCCGACCGGCCTGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTGCCGGCGCCCCGGCAAACCGGGGGAACCAGAGGCCCCCGTGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126559 GCTGCCGGCGCCCCGGCAAACCGGGGGAACCAGAGGCCCCCGTGCTGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CACGCCACCACAGTGGCCGTGGCGCATGGCTGCCTGGCTGTCTCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126609 CACGCCACCACAGTGGCCGTGGCGCATGGCTGCCTGGCTGTCTCCCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCACCCCAGCCACTGATGACCCTGTCCCTGCAGTCAGTCCCCCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126659 CCCACCCCAGCCACTGATGACCCTGTCCCTGCAGTCAGTCCCCCTGCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACCAGGTCCAGCCCCAGGCACATCTTGCTCCAGACTCTCCAGCACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126709 ACCAGGTCCAGCCCCAGGCACATCTTGCTCCAGACTCTCCAGCACCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGACCCCGCCACTGCACGCCCTGCCGGACCTCAGCCCCAGCCCGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126759 CAGACCCCGCCACTGCACGCCCTGCCGGACCTCAGCCCCAGCCCGCTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCACCCCGCCATGGGAAGGGCTCCTGTAGACTTCATCAACATCAGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126809 CCACCCCGCCATGGGAAGGGCTCCTGTAGACTTCATCAACATCAGCACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACATGAACACTGAGGTGGATGCCCTCGACCCGAGCATCATGGACTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126859 ACATGAACACTGAGGTGGATGCCCTCGACCCGAGCATCATGGACTTCGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTGCAGG         GGAACCTGTGGGAGGAGATGAAGGATGAGGGATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126909 CTGCAGGGTG...AAGGGAACCTGTGGGAGGAGATGAAGGATGAGGGATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAGCTTGGACACACTGGGCGCCTTTGCAGACTCCCCGCTTGGCTGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128426 CAGCTTGGACACACTGGGCGCCTTTGCAGACTCCCCGCTTGGCTGTGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGGGGCCTCAGGCCTAACCCCTGCCTCGGGTGGCAGCGACCAGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128476 TGGGGGCCTCAGGCCTAACCCCTGCCTCGGGTGGCAGCGACCAGTCCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCAGACTTGCAGGTGACGGGTCTCTACACAGCGTACTCCACTCCGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128526 CCAGACTTGCAGGTGACGGGTCTCTACACAGCGTACTCCACTCCGGACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGTGGCTGCATCGGGCACCAGCTCCTCCTCCCAGTACCTGGGTGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128576 TGTGGCTGCATCGGGCACCAGCTCCTCCTCCCAGTACCTGGGTGCACAGG

   1600     .    :    .    :
   1529 GGAACAAGCCTATAGCCCTGCTT
        |||||||||||||||||||||||
 128626 GGAACAAGCCTATAGCCCTGCTT