seq1 = pF1KB9739.tfa, 1521 bp
seq2 = pF1KB9739/gi568815592f_45322577.tfa (gi568815592f:45322577_45647302), 324726 bp

>pF1KB9739 1521
>gi568815592f:45322577_45647302 (Chr6)

1-381  (100001-100381)   100% ->
382-538  (109287-109443)   100% ->
539-643  (115371-115475)   100% ->
644-817  (169365-169538)   100% ->
818-979  (189670-189831)   100% ->
980-1045  (222641-222706)   100% ->
1046-1521  (224251-224726)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTATTCCCGTAGATCCGAGCACCAGCCGGCGCTTCAGCCCCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTATTCCCGTAGATCCGAGCACCAGCCGGCGCTTCAGCCCCCCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCAGCCTGCAGCCCGGCAAAATGAGCGACGTGAGCCCGGTGGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCAGCCTGCAGCCCGGCAAAATGAGCGACGTGAGCCCGGTGGTGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCAACAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCAACAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAACAGCAGCAGCAGCAGCAGGAGGCGGCGGCGGCGGCTGCGGCGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAACAGCAGCAGCAGCAGCAGGAGGCGGCGGCGGCGGCTGCGGCGGCGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGGCTGCGGCGGCGGCAGCTGCAGTGCCCCGGTTGCGGCCGCCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGGCTGCGGCGGCGGCAGCTGCAGTGCCCCGGTTGCGGCCGCCCCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAACCGCACCATGGTGGAGATCATCGCCGACCACCCGGCCGAACTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACAACCGCACCATGGTGGAGATCATCGCCGACCACCCGGCCGAACTCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCACCGACAGCCCCAACTTCCTGTGCTCGGTGCTGCCCTCGCACTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCACCGACAGCCCCAACTTCCTGTGCTCGGTGCTGCCCTCGCACTGGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCAACAAGACCCTGCCCGTGGCCTTCAAG         GTGGTAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100351 CTGCAACAAGACCCTGCCCGTGGCCTTCAAGGTA...TAGGTGGTAGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCGGAGAGGTACCAGATGGGACTGTGGTTACTGTCATGGCGGGTAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109297 TCGGAGAGGTACCAGATGGGACTGTGGTTACTGTCATGGCGGGTAACGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAAATTATTCTGCTGAGCTCCGGAATGCCTCTGCTGTTATGAAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109347 GAAAATTATTCTGCTGAGCTCCGGAATGCCTCTGCTGTTATGAAAAACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTAGCAAGGTTCAACGATCTGAGATTTGTGGGCCGGAGTGGACGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109397 AGTAGCAAGGTTCAACGATCTGAGATTTGTGGGCCGGAGTGGACGAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539       GCAAGAGTTTCACCTTGACCATAACCGTCTTCACAAATCCTCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109447 ...CAGGCAAGAGTTTCACCTTGACCATAACCGTCTTCACAAATCCTCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAAGTAGCTACCTATCACAGAGCAATTAAAGTTACAGTAGATGGACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115415 CAAGTAGCTACCTATCACAGAGCAATTAAAGTTACAGTAGATGGACCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGAACCCAGAA         GGCACAGACAGAAGCTTGATGACTCTAAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115465 GGAACCCAGAAGTA...CAGGGCACAGACAGAAGCTTGATGACTCTAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTAGTTTGTTCTCTGACCGCCTCAGTGATTTAGGGCGCATTCCTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169395 CTAGTTTGTTCTCTGACCGCCTCAGTGATTTAGGGCGCATTCCTCATCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGTATGAGAGTAGGTGTCCCGCCTCAGAACCCACGGCCCTCCCTGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169445 AGTATGAGAGTAGGTGTCCCGCCTCAGAACCCACGGCCCTCCCTGAACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGCACCAAGTCCTTTTAATCCACAAGGACAGAGTCAGATTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 169495 TGCACCAAGTCCTTTTAATCCACAAGGACAGAGTCAGATTACAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    818    ACCCCAGGCAGGCACAGTCTTCCCCGCCGTGGTCCTATGACCAGTCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189667 CAGACCCCAGGCAGGCACAGTCTTCCCCGCCGTGGTCCTATGACCAGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TACCCCTCCTACCTGAGCCAGATGACGTCCCCGTCCATCCACTCTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189717 TACCCCTCCTACCTGAGCCAGATGACGTCCCCGTCCATCCACTCTACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCCGCTGTCTTCCACACGGGGCACTGGGCTTCCTGCCATCACCGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189767 CCCGCTGTCTTCCACACGGGGCACTGGGCTTCCTGCCATCACCGATGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CTAGGCGCATTTCAG         ATGATGACACTGCCACCTCTGACTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 189817 CTAGGCGCATTTCAGGTA...CAGATGATGACACTGCCACCTCTGACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TGCCTCTGGCCTTCCACTCTCAGTAAGAAGAGCCAGGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 222667 TGCCTCTGGCCTTCCACTCTCAGTAAGAAGAGCCAGGCAGGTG...TAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCTTCAGAACTGGGCCCTTTTTCAGACCCCAGGCAGTTCCCAAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224252 TGCTTCAGAACTGGGCCCTTTTTCAGACCCCAGGCAGTTCCCAAGCATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CATCCCTCACTGAGAGCCGCTTCTCCAACCCACGAATGCACTATCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224302 CATCCCTCACTGAGAGCCGCTTCTCCAACCCACGAATGCACTATCCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCTTTACTTACACCCCGCCAGTCACCTCAGGCATGTCCCTCGGTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224352 ACCTTTACTTACACCCCGCCAGTCACCTCAGGCATGTCCCTCGGTATGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGCCACCACTCACTACCACACCTACCTGCCACCACCCTACCCCGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224402 CGCCACCACTCACTACCACACCTACCTGCCACCACCCTACCCCGGCTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CCCAAAGCCAGAGTGGACCCTTCCAGACCAGCAGCACTCCATATCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224452 CCCAAAGCCAGAGTGGACCCTTCCAGACCAGCAGCACTCCATATCTCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TATGGCACTTCGTCAGGATCCTATCAGTTTCCCATGGTGCCGGGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224502 TATGGCACTTCGTCAGGATCCTATCAGTTTCCCATGGTGCCGGGGGGAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCGGTCTCCTTCCAGAATGCTTCCGCCATGCACCACCACCTCGAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224552 CCGGTCTCCTTCCAGAATGCTTCCGCCATGCACCACCACCTCGAATGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GCACGCTATTAAATCCAAATTTGCCTAACCAGAATGATGGTGTTGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224602 GCACGCTATTAAATCCAAATTTGCCTAACCAGAATGATGGTGTTGACGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GATGGAAGCCACAGCAGTTCCCCAACTGTTTTGAATTCTAGTGGCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224652 GATGGAAGCCACAGCAGTTCCCCAACTGTTTTGAATTCTAGTGGCAGAAT

   1550     .    :    .    :    .
   1497 GGATGAATCTGTTTGGCGACCATAT
        |||||||||||||||||||||||||
 224702 GGATGAATCTGTTTGGCGACCATAT