seq1 = pF1KB9737.tfa, 1500 bp
seq2 = pF1KB9737/gi568815584f_76339354.tfa (gi568815584f:76339354_76598914), 259561 bp

>pF1KB9737 1500
>gi568815584f:76339354_76598914 (Chr14)

1-397  (100001-100397)   100% ->
398-514  (123192-123308)   100% ->
515-625  (142663-142773)   100% ->
626-787  (143245-143406)   100% ->
788-1057  (152094-152363)   99% ->
1058-1296  (158861-159099)   100% ->
1297-1483  (159373-159559)   100% ->
1484-1500  (160510-160526)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTCGGACGACAGGCACCTGGGCTCCAGCTGCGGCTCCTTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTCGGACGACAGGCACCTGGGCTCCAGCTGCGGCTCCTTCATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACTGAGCCGTCCAGCCCGTCCTCGGGCATCGATGCCCTCAGCCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACTGAGCCGTCCAGCCCGTCCTCGGGCATCGATGCCCTCAGCCACCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCCAGTGGCTCGTCCGACGCCAGCGGCGGCTTTGGCCTGGCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCCAGTGGCTCGTCCGACGCCAGCGGCGGCTTTGGCCTGGCCCTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCACGCCAACGGTCTGGACTCGCCACCCATGTTTGCAGGCGCCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCACGCCAACGGTCTGGACTCGCCACCCATGTTTGCAGGCGCCGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAGGCACCCCATGCCGCAAGAGCTACGAGGACTGTGCCAGCGGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGAGGCACCCCATGCCGCAAGAGCTACGAGGACTGTGCCAGCGGCATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGGACTCGGCCATCAAGTGCGAGTACATGCTCAACGCCATCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAGGACTCGGCCATCAAGTGCGAGTACATGCTCAACGCCATCCCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCCTGTGCCTCGTGTGCGGGGACATTGCCTCTGGCTACCACTACGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCCTGTGCCTCGTGTGCGGGGACATTGCCTCTGGCTACCACTACGGCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCCTCCTGCGAGGCTTGCAAGGCCTTCTTCAAGAGGACTATCCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100351 GGCCTCCTGCGAGGCTTGCAAGGCCTTCTTCAAGAGGACTATCCAAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398       GGAACATTGAGTACAGCTGCCCGGCCACCAACGAGTGCGAGATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ...CAGGGAACATTGAGTACAGCTGCCCGGCCACCAACGAGTGCGAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCAAACGGAGGCGCAAGTCCTGCCAGGCCTGCCGCTTCATGAAATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123236 ACCAAACGGAGGCGCAAGTCCTGCCAGGCCTGCCGCTTCATGAAATGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAAGTGGGGATGCTGAAGGAAG         GTGTGCGCCTTGATCGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123286 CAAAGTGGGGATGCTGAAGGAAGGTA...TAGGTGTGCGCCTTGATCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCGTGGAGGCCGTCAGAAATACAAGCGACGGCTGGACTCAGAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142681 TGCGTGGAGGCCGTCAGAAATACAAGCGACGGCTGGACTCAGAGAGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCATACCTGAGCTTACAAATTTCTCCACCTGCTAAAAAGCCAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 142731 CCATACCTGAGCTTACAAATTTCTCCACCTGCTAAAAAGCCATGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   TGACCAAGATTGTCTCATACCTACTGGTGGCTGAGCCGGACAAGCTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143243 AGTGACCAAGATTGTCTCATACCTACTGGTGGCTGAGCCGGACAAGCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGCCATGCCTCCCCCTGGTATGCCTGAGGGGGACATCAAGGCCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143293 ATGCCATGCCTCCCCCTGGTATGCCTGAGGGGGACATCAAGGCCCTGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACTCTCTGTGACCTGGCAGACCGAGAGCTTGTGGTCATCATTGGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143343 ACTCTCTGTGACCTGGCAGACCGAGAGCTTGTGGTCATCATTGGCTGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAAGCACATCCCAG         GCTTCTCAAGCCTCTCCCTGGGGGACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 143393 CAAGCACATCCCAGGTG...CAGGCTTCTCAAGCCTCTCCCTGGGGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGATGAGCCTGCTGCAGAGTGCCTGGATGGAAATCCTCATCCTGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152121 AGATGAGCCTGCTGCAGAGTGCCTGGATGGAAATCCTCATCCTGGGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGTACCGCTCGCTGCCCTACGACGACAAGCTGGTGTACGCTGAGGACTA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 152171 GTGTACCGCTCGCTGCCCTATGACGACAAGCTGGTGTACGCTGAGGACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATCATGGATGAGGAGCACTCCCGCCTCGCGGGGCTGCTGGAGCTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152221 CATCATGGATGAGGAGCACTCCCGCCTCGCGGGGCTGCTGGAGCTCTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGGCCATCCTGCAGCTGGTACGCAGGTACAAGAAGCTCAAGGTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152271 GGGCCATCCTGCAGCTGGTACGCAGGTACAAGAAGCTCAAGGTGGAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAGGAGTTTGTGACGCTCAAGGCCCTGGCCCTCGCCAACTCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 152321 GAGGAGTTTGTGACGCTCAAGGCCCTGGCCCTCGCCAACTCCGGTA...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1058   ATTCCATGTACATCGAGGATCTAGAGGCTGTCCAGAAGCTGCAGGACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158859 AGATTCCATGTACATCGAGGATCTAGAGGCTGTCCAGAAGCTGCAGGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGCTGCACGAGGCACTGCAGGACTACGAGCTGAGCCAGCGCCATGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158909 TGCTGCACGAGGCACTGCAGGACTACGAGCTGAGCCAGCGCCATGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCCTGGAGGACGGGCAAGCTGCTGCTGACACTGCCGCTGCTGCGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158959 CCCTGGAGGACGGGCAAGCTGCTGCTGACACTGCCGCTGCTGCGGCAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGCCGCCAAGGCCGTGCAGCACTTCTATAGCGTCAAACTGCAGGGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159009 GGCCGCCAAGGCCGTGCAGCACTTCTATAGCGTCAAACTGCAGGGCAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGCCCATGCACAAACTCTTCCTGGAGATGCTGGAGGCCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 159059 TGCCCATGCACAAACTCTTCCTGGAGATGCTGGAGGCCAAGGTG...GAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GCCTGGGCCAGGGCTGACTCCCTTCAGGAGTGGAGGCCACTGGAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159373 GCCTGGGCCAGGGCTGACTCCCTTCAGGAGTGGAGGCCACTGGAGCAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCCCTCTCCCCTCCACCGAGCCACCAAGAGGCAGCATGTGCATTTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159423 GCCCTCTCCCCTCCACCGAGCCACCAAGAGGCAGCATGTGCATTTCCTAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CTCCCTTGCCCCCTCCCCCATCTGTGGCCTGGGTGGGCACTGCTCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159473 CTCCCTTGCCCCCTCCCCCATCTGTGGCCTGGGTGGGCACTGCTCAGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GGATACCACCTGGAGGTTTTCCTTCCGCAGAGGGCAG         GTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 159523 GGATACCACCTGGAGGTTTTCCTTCCGCAGAGGGCAGGTA...CAGGTTG

   1550     .    :
   1488 GCCAAGAGCAGCT
        |||||||||||||
 160514 GCCAAGAGCAGCT