seq1 = pF1KB9735.tfa, 1449 bp
seq2 = pF1KB9735/gi568815586r_53417140.tfa (gi568815586r:53417140_53701000), 283861 bp

>pF1KB9735 1449
>gi568815586r:53417140_53701000 (Chr12)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-145  (148364-148460)   100% ->
146-264  (157553-157671)   100% ->
265-402  (163449-163586)   99% ->
403-560  (166342-166499)   100% ->
561-660  (167742-167841)   100% ->
661-774  (168378-168491)   100% ->
775-927  (169105-169257)   100% ->
928-1125  (176240-176437)   100% ->
1126-1234  (177617-177725)   100% ->
1235-1449  (183647-183861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGACGACAGACCGTTTGTGTGCAATGCCCCGGGCTGTGGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGGAGACGACAGACCGTTTGTGTGCAATGCCCCGGGCTGTGGACAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        AGATTTACAAACGAGGACCACCTGGCAGTTCATAAACACAAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGAGATTTACAAACGAGGACCACCTGGCAGTTCATAAACACAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAGATGACATTGAAATTTGGCCCAGCCCGAACTGACTCAGTCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148407 ATGAGATGACATTGAAATTTGGCCCAGCCCGAACTGACTCAGTCATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAG         ATCAAACGCCTACTCCAACTAGATTCCTGAAGAACTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148457 GCAGGTA...CAGATCAAACGCCTACTCCAACTAGATTCCTGAAGAACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGGAGGTGGGACTCTTCAATGAACTAGCTAGCTCCTTTGAACATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157590 TGAGGAGGTGGGACTCTTCAATGAACTAGCTAGCTCCTTTGAACATGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAGAAAGCTGCAGATGAGGATGAGAAAAAG         GCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 157640 TCAAGAAAGCTGCAGATGAGGATGAGAAAAAGGCA...CAGGCTGCTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGGCCCCTTGACATGTCTCTGCCTTCCACACCAGACATCAAAATCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163458 GGGCCCCTTGACATGTCTCTGCCTTCCACACCAGACATCAAAATCAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAAGAGCCAGTGGAGGTAGACTCATCACCACCTGATAGCCCTGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 163508 AGAAGAGCCAGTGGAGGTAGACTCATCCCCACCTGATAGCCCTGCCTCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCCCTGTTCCCCACCACTGAAGGAGAAG         GAGGTTACCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 163558 GTCCCTGTTCCCCACCACTGAAGGAGAAGGTA...CAGGAGGTTACCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGCCTGTTCTGATCTCTACCCCCACACCCACCATTGTACGTCCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166354 AAGCCTGTTCTGATCTCTACCCCCACACCCACCATTGTACGTCCTGGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGCCTCTCCACTTGGGCTATGATCCACTTCATCCAACCCTTCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166404 CCTGCCTCTCCACTTGGGCTATGATCCACTTCATCCAACCCTTCCCTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAACCTCTGTCATCACACAGGCTCCACCATCCAACAGGCAAATGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 166454 CAACCTCTGTCATCACACAGGCTCCACCATCCAACAGGCAAATGGGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561      GTCTCCCACTGGCTCCCTCCCTCTTGTCATGCATCTTGCTAATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166504 ..TAGGTCTCCCACTGGCTCCCTCCCTCTTGTCATGCATCTTGCTAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACAGACCATGCCTGTGTTGCCAGGGCCTCCAGTACAGATGCCGTCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167787 ACAGACCATGCCTGTGTTGCCAGGGCCTCCAGTACAGATGCCGTCTGTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TATCG         CTGGCCAGACCTGTGTCCATGGTGCCCAACATTCCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167837 TATCGGTG...CAGCTGGCCAGACCTGTGTCCATGGTGCCCAACATTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTATCCCTGGCCCACCAGTTAACAGTAGTGGCTCCATTTCTCCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168414 GGTATCCCTGGCCCACCAGTTAACAGTAGTGGCTCCATTTCTCCCTCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCACCCTATACCATCAGAAGCCAAGATG         AGACTGAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 168464 CCACCCTATACCATCAGAAGCCAAGATGGTG...CAGAGACTGAAAGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCCTAACTCACCAAGTCTCCTCAATCAATGGTGGTTGTGGAATGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169118 CCCTAACTCACCAAGTCTCCTCAATCAATGGTGGTTGTGGAATGGTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTACTGCCAGCACCATGGTGACAGCCCGCCCAGAGCAGAGCCAGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169168 GGTACTGCCAGCACCATGGTGACAGCCCGCCCAGAGCAGAGCCAGATTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCCAGCACCCTGATGCCCCATCCCCTGCCCAGCCACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 169218 CATCCAGCACCCTGATGCCCCATCCCCTGCCCAGCCACAGGTC...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCTCACCAGCTCAGCCCACCCCTAGTACTGGGGGGCGACGGCGGCGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176241 TCTCACCAGCTCAGCCCACCCCTAGTACTGGGGGGCGACGGCGGCGCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTAGATGAAGATCCAGATGAGCGACGGCAGCGCTTTCTGGAGCGCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176291 GTAGATGAAGATCCAGATGAGCGACGGCAGCGCTTTCTGGAGCGCAACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCTGCAGCCTCCCGCTGCCGCCAAAAGCGAAAGCTGTGGGTGTCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176341 GGCTGCAGCCTCCCGCTGCCGCCAAAAGCGAAAGCTGTGGGTGTCCTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TAGAGAAGAAGGCCGAAGAACTCACTTCTCAGAACATTCAGCTGAGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 176391 TAGAGAAGAAGGCCGAAGAACTCACTTCTCAGAACATTCAGCTGAGTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126       AATGAAGTCACATTACTACGCAATGAGGTGGCCCAGTTGAAACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176441 ...CAGAATGAAGTCACATTACTACGCAATGAGGTGGCCCAGTTGAAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTACTGTTAGCTCATAAAGACTGCCCAGTCACTGCACTACAGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177661 GCTACTGTTAGCTCATAAAGACTGCCCAGTCACTGCACTACAGAAAAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTCAAGGCTATTTAG         AAAGCCCCAAGGAAAGCTCAGAGCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 177711 CTCAAGGCTATTTAGGTG...CAGAAAGCCCCAAGGAAAGCTCAGAGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACGGGTTCTCCAGCCCCTGTGATTCAGCACAGCTCAGCAACAGCCCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183673 ACGGGTTCTCCAGCCCCTGTGATTCAGCACAGCTCAGCAACAGCCCCTAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAATGGCCTCAGTGTTCGCTCTGCAGCTGAAGCTGTGGCCACCTCGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183723 CAATGGCCTCAGTGTTCGCTCTGCAGCTGAAGCTGTGGCCACCTCGGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCACTCAGATGGCCAGCCAAAGGACAGAACTGAGCATGCCGATACAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183773 TCACTCAGATGGCCAGCCAAAGGACAGAACTGAGCATGCCGATACAATCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .
   1411 CATGTAATCATGACCCCACAGTCCCAGTCTGCGGGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183823 CATGTAATCATGACCCCACAGTCCCAGTCTGCGGGCAGA