seq1 = pF1KB9731.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KB9731/gi568815578f_44301373.tfa (gi568815578f:44301373_44529662), 228290 bp

>pF1KB9731 1422
>gi568815578f:44301373_44529662 (Chr20)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-290  (104686-104860)   100% ->
291-385  (106009-106103)   100% ->
386-492  (112322-112428)   100% ->
493-648  (113135-113290)   100% ->
649-736  (117053-117140)   100% ->
737-892  (118349-118504)   100% ->
893-1129  (122646-122882)   100% ->
1130-1282  (126963-127115)   100% ->
1283-1422  (128151-128290)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGACTCTCCAAAACCCTCGTCGACATGGACATGGCCGACTACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGACTCTCCAAAACCCTCGTCGACATGGACATGGCCGACTACAGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCACTGGACCCAGCCTACACCACCCTGGAATTTGAGAATGTGCAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCACTGGACCCAGCCTACACCACCCTGGAATTTGAGAATGTGCAGGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACGATGGGCAATG         ACACGTCCCCATCAGAAGGCACCAAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACGATGGGCAATGGTA...CAGACACGTCCCCATCAGAAGGCACCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCAACGCGCCCAACAGCCTGGGTGTCAGCGCCCTGTGTGCCATCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104712 CTCAACGCGCCCAACAGCCTGGGTGTCAGCGCCCTGTGTGCCATCTGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACCGGGCCACGGGCAAACACTACGGTGCCTCGAGCTGTGACGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104762 GGACCGGGCCACGGGCAAACACTACGGTGCCTCGAGCTGTGACGGCTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCTTCTTCCGGAGGAGCGTGCGGAAGAACCACATGTACTCCTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104812 AGGGCTTCTTCCGGAGGAGCGTGCGGAAGAACCACATGTACTCCTGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291         ATTTAGCCGGCAGTGCGTGGTGGACAAAGACAAGAGGAACCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104862 TG...CAGATTTAGCCGGCAGTGCGTGGTGGACAAAGACAAGAGGAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGCCGCTACTGCAGGCTCAAGAAATGCTTCCGGGCTGGCATGAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106051 GTGCCGCTACTGCAGGCTCAAGAAATGCTTCCGGGCTGGCATGAAGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAG         CCGTCCAGAATGAGCGGGACCGGATCAGCACTCGAAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106101 AAGGTG...CAGCCGTCCAGAATGAGCGGGACCGGATCAGCACTCGAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAAGCTATGAGGACAGCAGCCTGCCCTCCATCAATGCGCTCCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112360 TCAAGCTATGAGGACAGCAGCCTGCCCTCCATCAATGCGCTCCTGCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGTCCTGTCCCGACAG         ATCACCTCCCCCGTCTCCGGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112410 GGAGGTCCTGTCCCGACAGGTA...AAGATCACCTCCCCCGTCTCCGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCAACGGCGACATTCGGGCGAAGAAGATTGCCAGCATCGCAGATGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113157 TCAACGGCGACATTCGGGCGAAGAAGATTGCCAGCATCGCAGATGTGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTCCATGAAGGAGCAGCTGCTGGTTCTCGTTGAGTGGGCCAAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113207 GAGTCCATGAAGGAGCAGCTGCTGGTTCTCGTTGAGTGGGCCAAGTACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCAGCTTTCTGCGAGCTCCCCCTGGACGACCAG         GTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113257 CCCAGCTTTCTGCGAGCTCCCCCTGGACGACCAGGTG...CAGGTGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTCAGAGCCCATGCTGGCGAGCACCTGCTGCTCGGAGCCACCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117060 TGCTCAGAGCCCATGCTGGCGAGCACCTGCTGCTCGGAGCCACCAAGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCATGGTGTTCAAGGACGTGCTGCTCCTAG         GCAATGACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117110 TCCATGGTGTTCAAGGACGTGCTGCTCCTAGGTG...CAGGCAATGACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATTGTCCCTCGGCACTGCCCGGAGCTGGCGGAGATGAGCCGGGTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118359 CATTGTCCCTCGGCACTGCCCGGAGCTGGCGGAGATGAGCCGGGTGTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TACGCATCCTTGACGAGCTGGTGCTGCCCTTCCAGGAGCTGCAGATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118409 TACGCATCCTTGACGAGCTGGTGCTGCCCTTCCAGGAGCTGCAGATCGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACAATGAGTATGCCTACCTCAAAGCCATCATCTTCTTTGACCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118459 GACAATGAGTATGCCTACCTCAAAGCCATCATCTTCTTTGACCCAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893      ATGCCAAGGGGCTGAGCGATCCAGGGAAGATCAAGCGGCTGCGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118509 ..TAGATGCCAAGGGGCTGAGCGATCCAGGGAAGATCAAGCGGCTGCGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCCAGGTGCAGGTGAGCTTGGAGGACTACATCAACGACCGCCAGTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122691 CCCAGGTGCAGGTGAGCTTGGAGGACTACATCAACGACCGCCAGTATGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCGCGTGGCCGCTTTGGAGAGCTGCTGCTGCTGCTGCCCACCTTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122741 TCGCGTGGCCGCTTTGGAGAGCTGCTGCTGCTGCTGCCCACCTTGCAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATCACCTGGCAGATGATCGAGCAGATCCAGTTCATCAAGCTCTTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122791 CATCACCTGGCAGATGATCGAGCAGATCCAGTTCATCAAGCTCTTCGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGCCAAGATTGACAACCTGTTGCAGGAGATGCTGCTGGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 122841 TGGCCAAGATTGACAACCTGTTGCAGGAGATGCTGCTGGGAGGTC...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1130  GGTCCCCCAGCGATGCACCCCATGCCCACCACCCCCTGCACCCTCACCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126962 GGGTCCCCCAGCGATGCACCCCATGCCCACCACCCCCTGCACCCTCACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GATGCAGGAACATATGGGAACCAACGTCATCGTTGCCAACACAATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127012 GATGCAGGAACATATGGGAACCAACGTCATCGTTGCCAACACAATGCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTCACCTCAGCAACGGACAGATGTGTGAGTGGCCCCGACCCAGGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127062 CTCACCTCAGCAACGGACAGATGTGTGAGTGGCCCCGACCCAGGGGACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCAG         CCACCCCTGAGACCCCACAGCCCTCACCGCCAGGTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127112 GCAGGTG...CAGCCACCCCTGAGACCCCACAGCCCTCACCGCCAGGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTCAGGGTCTGAGCCCTATAAGCTCCTGCCGGGAGCCGTCGCCACAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128188 CTCAGGGTCTGAGCCCTATAAGCTCCTGCCGGGAGCCGTCGCCACAATCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCAAGCCCCTCTCTGCCATCCCCCAGCCGACCATCACCAAGCAGGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128238 TCAAGCCCCTCTCTGCCATCCCCCAGCCGACCATCACCAAGCAGGAAGTT

   1500 
   1420 ATC
        |||
 128288 ATC