seq1 = pF1KB9729.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KB9729/gi568815582f_55225092.tfa (gi568815582f:55225092_55429311), 204220 bp

>pF1KB9729 1338
>gi568815582f:55225092_55429311 (Chr16)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-303  (101245-101502)   100% ->
304-413  (102205-102314)   100% ->
414-721  (102495-102802)   100% ->
722-1338  (103609-104222)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTCCCACACTTTGGACACCCGTACCGCGGCGCTTCCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGTCCTTCCCACACTTTGGACACCCGTACCGCGGCGCTTCCCAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     TTTCTGGCGTCGGCAAGTTCCAGCACCACATGCTGCGAATCTACCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .TAGTTTCTGGCGTCGGCAAGTTCCAGCACCACATGCTGCGAATCTACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACGCTCTGTCTCAGATGTGGCATCAGGCTCCACCCCAGCGCCCGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101291 AACGCTCTGTCTCAGATGTGGCATCAGGCTCCACCCCAGCGCCCGCTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCTGCGCACCCTACGATAGTCGACTGCTGGGCAGTGCGCGACCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101341 TGCTGCGCACCCTACGATAGTCGACTGCTGGGCAGTGCGCGACCGGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCGCCGCCTTGGGCATCTATGGAGCACCCTATGCGGCCGCTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101391 GGGCGCCGCCTTGGGCATCTATGGAGCACCCTATGCGGCCGCTGCAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGAGCTACCCTGGCTACCTGCCCTATAGCCCAGAGCCCCCCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101441 CCCAGAGCTACCCTGGCTACCTGCCCTATAGCCCAGAGCCCCCCTCACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGGGGCACTG         AATCCACAGTATGAATTTAAGGAGGCTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101491 TATGGGGCACTGGTG...TAGAATCCACAGTATGAATTTAAGGAGGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGGAGTTTTACATCCAGCCTGGCACAACCAGGAGCCTATTATCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102234 AGGGAGTTTTACATCCAGCCTGGCACAACCAGGAGCCTATTATCCCTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCGGACTCTGGGGCAGTACCAATATGAACG         GTATGGCGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102284 AGCGGACTCTGGGGCAGTACCAATATGAACGGTA...CAGGTATGGCGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGAATTGAGTGGCGCCGGTCGCCGAAAGAACGCGACCCGGGAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102505 GTGGAATTGAGTGGCGCCGGTCGCCGAAAGAACGCGACCCGGGAGACCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGTACACTCAAGGCCTGGCTCAACGAGCACCGCAAAAACCCCTACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102555 CAGTACACTCAAGGCCTGGCTCAACGAGCACCGCAAAAACCCCTACCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTAAGGGTGAGAAGATCATGCTGGCCATCATCACCAAGATGACCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102605 CTAAGGGTGAGAAGATCATGCTGGCCATCATCACCAAGATGACCCTCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGGTGTCCACCTGGTTCGCCAACGCACGCCGGCGCCTCAAGAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102655 CAGGTGTCCACCTGGTTCGCCAACGCACGCCGGCGCCTCAAGAAAGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAAATGACATGGGCGCCCAAGAACAAAGGTGGGGAGGAGAGGAAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 CAAAATGACATGGGCGCCCAAGAACAAAGGTGGGGAGGAGAGGAAGGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGGAGGAGAGGAGGACTCACTAGGCTGCCTAACTGCTGACACCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102755 AGGGAGGAGAGGAGGACTCACTAGGCTGCCTAACTGCTGACACCAAAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722        AAGTTACTGCTAGCCAGGAGGCCCGGGGGCTCCGGCTGAGTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102805 A...CAGAAGTTACTGCTAGCCAGGAGGCCCGGGGGCTCCGGCTGAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGGAAGACCTGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGCTGAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103652 CCTGGAAGACCTGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGCTGAAGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGAGGTAGTGGCCACAGCTGGGGACAGGCTGACGGAGTTCCGAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103702 AGGAGGTAGTGGCCACAGCTGGGGACAGGCTGACGGAGTTCCGAAAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCGCAGTCACTGCCTGGGCCGTGCGCTGCAGCTCGAGAGGGCCGATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103752 GCGCAGTCACTGCCTGGGCCGTGCGCTGCAGCTCGAGAGGGCCGATTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCGCAGGGAGTGCGGCCTGGCTGCGCCCCGCTTCTCCTTCAATGACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103802 GCGCAGGGAGTGCGGCCTGGCTGCGCCCCGCTTCTCCTTCAATGACCCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCGGATCGGAAGAAGCTGACTTCCTCTCGGCGGAGACAGGCAGCCCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103852 CCGGATCGGAAGAAGCTGACTTCCTCTCGGCGGAGACAGGCAGCCCTAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTGACCATGCACTACCCATGCTTGGAGAAACCGCGCATCTGGTCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103902 TTGACCATGCACTACCCATGCTTGGAGAAACCGCGCATCTGGTCTCTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GCACACCGCGACAGCCAGCGCTGTTGAAGGTGCACCCCCAGCCCGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103952 GCACACCGCGACAGCCAGCGCTGTTGAAGGTGCACCCCCAGCCCGGCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GGCCACGAAGTCCTGAGTGCCGTATGATTCCTGGACAGCCTCCTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104002 GGCCACGAAGTCCTGAGTGCCGTATGATTCCTGGACAGCCTCCTGCCTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GCCCGGCGACTCTCAGTCCCCAGAGACTCCGCGTGCGACGAGTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104052 GCCCGGCGACTCTCAGTCCCCAGAGACTCCGCGTGCGACGAGTCTTCCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CATACCCAAAGCCTTTGGAAACCCCAAGTTTGCCCTGCAGGGACTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104102 CATACCCAAAGCCTTTGGAAACCCCAAGTTTGCCCTGCAGGGACTACCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGAACTGTGCGCCGTGCCCGCGGAGGAGCGAGCCTGTAGTGCAGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104152 TGAACTGTGCGCCGTGCCCGCGGAGGAGCGAGCCTGTAGTGCAGTGCCAG

   1350     .    :    .    :
   1315 TACCCGTCTGGAGCAGAAGCAGGT
        |||||||||||||||||||--|-|
 104202 TACCCGTCTGGAGCAGAAG  G T