seq1 = pF1KB9727.tfa, 1317 bp
seq2 = pF1KB9727/gi568815595f_120650553.tfa (gi568815595f:120650553_120881467), 230915 bp

>pF1KB9727 1317
>gi568815595f:120650553_120881467 (Chr3)

1-448  (100001-100448)   100% ->
449-650  (120176-120377)   100% ->
651-892  (125871-126112)   100% ->
893-1317  (130491-130915)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGACCCAGATGTCCTCACTGAAGTTCCAGCAGCATTGAAGCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGACCCAGATGTCCTCACTGAAGTTCCAGCAGCATTGAAGCGGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCAAGTATGTGATCCGGGGATTTTATGGCATTGAGCATGCCTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCAAGTATGTGATCCGGGGATTTTATGGCATTGAGCATGCCTTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACATCTTGATCAGGAACTCCTGTGTGAAAGAGGAGGATATGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACATCTTGATCAGGAACTCCTGTGTGAAAGAGGAGGATATGCTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCTCAAGTTTGATCGGAAGCAACTTCGATCAGTTTTGAATAATTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCTCAAGTTTGATCGGAAGCAACTTCGATCAGTTTTGAATAATTTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAGACAAGTTTATCAAATGCAGAATGAGGGTAGAGACTGCTGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGAGACAAGTTTATCAAATGCAGAATGAGGGTAGAGACTGCTGCAGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAAAACCACTCGCCATAACTACTACTTCATCAATTATCGTACTCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAAAACCACTCGCCATAACTACTACTTCATCAATTATCGTACTCTTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATGTGGTAAAATATAAACTGGACCACATGAGAAGAAGAATTGAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATGTGGTAAAATATAAACTGGACCACATGAGAAGAAGAATTGAGACCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAGAGAGATTCGACCAACCGGGCTTCCTTCAAATGTCCTGTCTGTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAGAGAGATTCGACCAACCGGGCTTCCTTCAAATGTCCTGTCTGTAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTACTTTCACAGACTTAGAAGCTAATCAGCTCTTTGATCCTATGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100401 GTACTTTCACAGACTTAGAAGCTAATCAGCTCTTTGATCCTATGACAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449        GAACTTTCCGCTGTACTTTTTGCCATACAGAGGTAGAAGAGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 G...TAGGAACTTTCCGCTGTACTTTTTGCCATACAGAGGTAGAAGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAATCAGCAATGCCCAAAAAAGATGCACGCACACTTTTGGCAAGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120219 TGAATCAGCAATGCCCAAAAAAGATGCACGCACACTTTTGGCAAGGTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGAACAAATTGAGCCCATTTATGCATTGCTTCGGGAGACAGAGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120269 ATGAACAAATTGAGCCCATTTATGCATTGCTTCGGGAGACAGAGGATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AACTTGGCCTATGAAATACTTGAGCCAGAACCCACAGAAATCCCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120319 AACTTGGCCTATGAAATACTTGAGCCAGAACCCACAGAAATCCCAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAAACAGAG         CAAGGACCATGCAGCAACTACTGCTGGAGCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120369 GAAACAGAGGTG...TAGCAAGGACCATGCAGCAACTACTGCTGGAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTAGCCTAGCAGGTGGGCACCACCGGGAAGCATGGGCCACCAAAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125903 CTAGCCTAGCAGGTGGGCACCACCGGGAAGCATGGGCCACCAAAGGTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCCTATGAAGACTTATACACTCAGAATGTTGTCATTAACATGGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125953 TCCTATGAAGACTTATACACTCAGAATGTTGTCATTAACATGGATGACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGAAGATCTTCATCGAGCCTCACTGGAAGGGAAATCTGCCAAAGAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126003 AGAAGATCTTCATCGAGCCTCACTGGAAGGGAAATCTGCCAAAGAGAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTATTTGGTTGAGAGAAAGCACTGTCCAAGGGGCATATGGTTCTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126053 CTATTTGGTTGAGAGAAAGCACTGTCCAAGGGGCATATGGTTCTGAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATGAAAGAAG         GGGGCATAGATATGGACGCATTTCAGGAGCG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126103 ATGAAAGAAGGTA...CAGGGGGCATAGATATGGACGCATTTCAGGAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGAGGAAGGCCATGCTGGGCCTGATGACAACGAAGAGGTCATGCGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130522 TGAGGAAGGCCATGCTGGGCCTGATGACAACGAAGAGGTCATGCGAGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGCTCATTCACGAGAAAAAGACTTCCTCTGCCATGGCTGGTTCAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130572 TGCTCATTCACGAGAAAAAGACTTCCTCTGCCATGGCTGGTTCAGTGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCAGCTGCTCCAGTGACCGCTGCCAATGGCAGTGACTCAGAAAGCGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130622 GCAGCTGCTCCAGTGACCGCTGCCAATGGCAGTGACTCAGAAAGCGAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CAGTGAGTCAGATGATGATTCTCCACCCCGTCCGGCAGCTGTGGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130672 CAGTGAGTCAGATGATGATTCTCCACCCCGTCCGGCAGCTGTGGCTGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATAAACGAGAAGAGGATGAAGAGGAAGATGACGAGTTTGAAGAAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130722 ATAAACGAGAAGAGGATGAAGAGGAAGATGACGAGTTTGAAGAAGTAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GATGACCCCATTGTCATGGTGGCTGGCCGTCCGTTCTCCTACAGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130772 GATGACCCCATTGTCATGGTGGCTGGCCGTCCGTTCTCCTACAGTGAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GAGCCAACGGCCAGAGCTAGTGGCCCAGATGACACCAGAAGAAAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130822 GAGCCAACGGCCAGAGCTAGTGGCCCAGATGACACCAGAAGAAAAGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CATATATAGCAATGGGACAACGCATGTTTGAGGACCTCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130872 CATATATAGCAATGGGACAACGCATGTTTGAGGACCTCTTTGAG