seq1 = pF1KB9726.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KB9726/gi568815581r_48450337.tfa (gi568815581r:48450337_48652474), 202138 bp

>pF1KB9726 1293
>gi568815581r:48450337_48652474 (Chr17)

(complement)

1-448  (100001-100448)   100% ->
449-1293  (101294-102138)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAAAGCCACCTACTACGACAACGCCGCGGCTGCTCTCTTCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAAAGCCACCTACTACGACAACGCCGCGGCTGCTCTCTTCGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTATTCCTCGTACCCTGGCAGCAATGGCTTCGGCTTCGATGTCCCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTATTCCTCGTACCCTGGCAGCAATGGCTTCGGCTTCGATGTCCCCCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACCCCCATTTCAGGCCGCCACGCACCTGGAGGGCGACTACCAGCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACCCCCATTTCAGGCCGCCACGCACCTGGAGGGCGACTACCAGCGCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTTGCTCGCTGCAGTCCCTGGGCAACGCTGCCCCACATGCCAAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTTGCTCGCTGCAGTCCCTGGGCAACGCTGCCCCACATGCCAAGAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGCTCAACGGCAGCTGCATGAGGCCGGGTCTGGCCCCCGAGCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGCTCAACGGCAGCTGCATGAGGCCGGGTCTGGCCCCCGAGCCCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCCCGCCTGGCTCACCCCCGCCCAGTGCCGCACCTACCAGTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCCCGCCTGGCTCACCCCCGCCCAGTGCCGCACCTACCAGTGCCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAACAGCAGTAATGGGGGCGGGCCCAGCAAAAGTGGTCCCCCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCAACAGCAGTAATGGGGGCGGGCCCAGCAAAAGTGGTCCCCCAAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGTCCCGGCACCAACTCCACCCTCACCAAACAGATATTCCCCTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGTCCCGGCACCAACTCCACCCTCACCAAACAGATATTCCCCTGGATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAGAGTCGAGGCAAACGTCCAAGCTGAAAAACAACTCCCCCGGCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100401 AAGAGTCGAGGCAAACGTCCAAGCTGAAAAACAACTCCCCCGGCACAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449        CAGAGGGCTGTGGTGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 A...CAGCAGAGGGCTGTGGTGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGTGGTGGCAGCGGGGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGGGGAGGGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101337 CAGTGGTGGCAGCGGGGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGGGGAGGGGACAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCCCCCGGGGTCGGCGGCGTCCAAGCGGGCGCGGACGGCGTACACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101387 GCCCCCCGGGGTCGGCGGCGTCCAAGCGGGCGCGGACGGCGTACACGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCGCAGCTGGTGGAGCTGGAGAAGGAGTTCCATTTTAACCGCTACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101437 GCGCAGCTGGTGGAGCTGGAGAAGGAGTTCCATTTTAACCGCTACCTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCGGCCTCGCCGTGTAGAGATGGCCAACCTGCTGAACCTCAGCGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101487 CCGGCCTCGCCGTGTAGAGATGGCCAACCTGCTGAACCTCAGCGAGCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGGCGCATGAAGTACAAGAAGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101537 AGATCAAGATCTGGTTCCAGAACCGGCGCATGAAGTACAAGAAGGACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAGGCCAAGGGATTGGCCTCGTCGTCGGGGGGCCCATCTCCAGCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101587 AAGGCCAAGGGATTGGCCTCGTCGTCGGGGGGCCCATCTCCAGCCGGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCCCCCGCAGCCCATGCAGTCCACGGCCGGCTTCATGAACGCCTTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101637 CCCCCCGCAGCCCATGCAGTCCACGGCCGGCTTCATGAACGCCTTACACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCATGACCCCCAGCTACGAGAGCCCGTCCCCACCCGCCTTCGGTAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101687 CCATGACCCCCAGCTACGAGAGCCCGTCCCCACCCGCCTTCGGTAAAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CACCAGAATGCCTACGCGCTGCCCTCCAACTACCAGCCCCCTCTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101737 CACCAGAATGCCTACGCGCTGCCCTCCAACTACCAGCCCCCTCTCAAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTGCGGCGCCCCGCAGAAGTACCCTCCGACCCCGGCGCCCGAGTATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 CTGCGGCGCCCCGCAGAAGTACCCTCCGACCCCGGCGCCCGAGTATGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CGCACGTCCTCCAAGCCAACGGGGGCGCCTACGGGACGCCCACCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101837 CGCACGTCCTCCAAGCCAACGGGGGCGCCTACGGGACGCCCACCATGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GGCAGTCCGGTGTACGTGGGCGGGGGCGGCTACGCGGATCCGCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 GGCAGTCCGGTGTACGTGGGCGGGGGCGGCTACGCGGATCCGCTGCCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCCTGCCGGCCCCTCCCTCTATGGCCTCAACCACCTTTCCCATCACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101937 CCCTGCCGGCCCCTCCCTCTATGGCCTCAACCACCTTTCCCATCACCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCGGGAACCTGGACTACAACGGGGCGCCCCCTATGGCGCCCAGCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 CCGGGAACCTGGACTACAACGGGGCGCCCCCTATGGCGCCCAGCCAGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CACGGACCCTGCGAACCCCACCCCACCTACACAGACCTCTCCTCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 CACGGACCCTGCGAACCCCACCCCACCTACACAGACCTCTCCTCTCACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CGCGCCTCCTCCTCAGGGTAGAATCCAAGAAGCGCCCAAATTAACACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 CGCGCCTCCTCCTCAGGGTAGAATCCAAGAAGCGCCCAAATTAACACACC

   1300 
   1292 TG
        ||
 102137 TG