seq1 = pF1KB9724.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB9724/gi568815585r_78501418.tfa (gi568815585r:78501418_78703326), 201909 bp

>pF1KB9724 1254
>gi568815585r:78501418_78703326 (Chr13)

(complement)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-1254  (100776-101909)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTCCATGAACAGCAAGCAGCCTCACTTTGCCATGCATCCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTCCATGAACAGCAAGCAGCCTCACTTTGCCATGCATCCCACCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTGAGCACAAGTACCCGTCGCTGCACTCCAGCTCCGAGGCCATCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTGAGCACAAGTACCCGTCGCTGCACTCCAGCTCCGAGGCCATCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCCTGCCTGCCCACGCCGCCG         CTGCAGAGCAACCTCTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 GGGCCTGCCTGCCCACGCCGCCGGTA...CAGCTGCAGAGCAACCTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCAGCCTGGACGAGACGCTGCTGGCGCGGGCCGAGGCGCTGGCGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100794 GCCAGCCTGGACGAGACGCTGCTGGCGCGGGCCGAGGCGCTGGCGGCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACATCGCCGTGTCCCAGGGCAAGAGCCATCCTTTCAAGCCGGACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 GGACATCGCCGTGTCCCAGGGCAAGAGCCATCCTTTCAAGCCGGACGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGTACCACACGATGAACAGCGTGCCGTGCACGTCCACTTCCACGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 CGTACCACACGATGAACAGCGTGCCGTGCACGTCCACTTCCACGGTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGCG  C ACCACCACCACCACCACCACCACCAGGCGCTCGAACCCGG
        ||||||--|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100944 CTGGCGCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAGGCGCTCGAACCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 CGATCTGCTGGACCACATCTCCTCGCCGTCGCTCGCGCTCATGGCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100994 CGATCTGCTGGACCACATCTCCTCGCCGTCGCTCGCGCTCATGGCCGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 CGGGCGGCGCGGGCGCGGCGGCCGGCGGCGGCGGCGCCCACGACGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101044 CGGGCGGCGCGGGCGCGGCGGCCGGCGGCGGCGGCGCCCACGACGGCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439 GGGGGCGGTGGCGGCCCGGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCGGCGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101094 GGGGGCGGTGGCGGCCCGGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCGGCGGCCCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    489 GGGAGGCGGCGGTGGCGGCCCGGGGGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101144 GGGAGGCGGCGGTGGCGGCCCGGGGGGCGGCGGCGGCGGCCCGGGCGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    539 GGCTCCTGGGCGGCTCCGCGCACCCTCACCCGCATATGCACAGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 GGCTCCTGGGCGGCTCCGCGCACCCTCACCCGCATATGCACAGCCTGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589 CACCTGTCGCACCCCGCGGCGGCGGCCGCCATGAACATGCCGTCCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101244 CACCTGTCGCACCCCGCGGCGGCGGCCGCCATGAACATGCCGTCCGGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639 GCCGCACCCCGGGCTGGTGGCGGCGGCGGCGCACCACGGCGCGGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101294 GCCGCACCCCGGGCTGGTGGCGGCGGCGGCGCACCACGGCGCGGCAGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    689 CAGCGGCGGCGGCGGCGGCCGGGCAGGTGGCAGCGGCATCGGCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101344 CAGCGGCGGCGGCGGCGGCCGGGCAGGTGGCAGCGGCATCGGCGGCGGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739 GCCGTGGTGGGCGCAGCGGGCCTGGCGTCCATCTGCGACTCGGACACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101394 GCCGTGGTGGGCGCAGCGGGCCTGGCGTCCATCTGCGACTCGGACACGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    789 CCCGCGCGAGCTCGAGGCGTTCGCGGAGCGCTTCAAGCAGCGGCGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101444 CCCGCGCGAGCTCGAGGCGTTCGCGGAGCGCTTCAAGCAGCGGCGCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839 AGCTGGGCGTGACGCAGGCCGACGTGGGCTCGGCGCTGGCCAACCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101494 AGCTGGGCGTGACGCAGGCCGACGTGGGCTCGGCGCTGGCCAACCTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889 ATCCCGGGCGTGGGCTCACTCAGCCAGAGCACCATCTGCAGGTTCGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101544 ATCCCGGGCGTGGGCTCACTCAGCCAGAGCACCATCTGCAGGTTCGAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939 GCTCACGCTCTCGCACAACAACATGATCGCGCTCAAGCCCATCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101594 GCTCACGCTCTCGCACAACAACATGATCGCGCTCAAGCCCATCCTGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989 CGTGGCTCGAGGAGGCCGAGGGCGCCCAGCGCGAGAAAATGAACAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 CGTGGCTCGAGGAGGCCGAGGGCGCCCAGCGCGAGAAAATGAACAAGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039 GAGCTCTTCAACGGCGGCGAGAAGAAGCGCAAGCGGACTTCCATCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 GAGCTCTTCAACGGCGGCGAGAAGAAGCGCAAGCGGACTTCCATCGCCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1089 GCCCGAGAAGCGCTCCCTCGAGGCCTACTTCGCCGTGCAGCCCCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101744 GCCCGAGAAGCGCTCCCTCGAGGCCTACTTCGCCGTGCAGCCCCGGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1139 CGTCCGAGAAGATCGCCGCCATCGCCGAGAAACTGGACCTCAAAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101794 CGTCCGAGAAGATCGCCGCCATCGCCGAGAAACTGGACCTCAAAAAGAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1189 GTGGTGCGGGTGTGGTTTTGCAACCAGAGACAGAAGCAGAAGCGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 GTGGTGCGGGTGTGGTTTTGCAACCAGAGACAGAAGCAGAAGCGGATGAA

   1250     .    :    .
   1239 ATTCTCTGCCACTTAC
        ||||||||||||||||
 101894 ATTCTCTGCCACTTAC