seq1 = pF1KB9723.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KB9723/gi568815590f_54358139.tfa (gi568815590f:54358139_54559992), 201854 bp

>pF1KB9723 1242
>gi568815590f:54358139_54559992 (Chr8)

1-307  (100001-100307)   100% ->
308-1242  (100920-101854)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGCCCGGATGCGGGATACGCCAGTGACGACCAGAGCCAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAGCCCGGATGCGGGATACGCCAGTGACGACCAGAGCCAGACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGCGCTGCCCGCGGTGATGGCCGGGCTGGGCCCCTGCCCCTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCGCGCTGCCCGCGGTGATGGCCGGGCTGGGCCCCTGCCCCTGGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTCGCTGAGCCCCATCGGGGACATGAAGGTGAAGGGCGAGGCGCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTCGCTGAGCCCCATCGGGGACATGAAGGTGAAGGGCGAGGCGCCGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACAGCGGAGCACCGGCCGGGGCCGCGGGCCGAGCCAAGGGCGAGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACAGCGGAGCACCGGCCGGGGCCGCGGGCCGAGCCAAGGGCGAGTCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATCCGGCGGCCGATGAACGCTTTCATGGTGTGGGCTAAGGACGAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATCCGGCGGCCGATGAACGCTTTCATGGTGTGGGCTAAGGACGAGCGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCGGCTGGCGCAGCAGAATCCAGACCTGCACAACGCCGAGTTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCGGCTGGCGCAGCAGAATCCAGACCTGCACAACGCCGAGTTGAGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGCTGG         GCAAGTCGTGGAAGGCGCTGACGCTGGCGGAGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGCTGGGTG...CAGGCAAGTCGTGGAAGGCGCTGACGCTGGCGGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGGCCCTTCGTGGAGGAGGCAGAGCGGCTGCGCGTGCAGCACATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100954 GCGGCCCTTCGTGGAGGAGGCAGAGCGGCTGCGCGTGCAGCACATGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCACCCCAACTACAAGTACCGGCCGCGGCGGCGCAAGCAGGTGAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101004 ACCACCCCAACTACAAGTACCGGCCGCGGCGGCGCAAGCAGGTGAAGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGAAGCGGGTGGAGGGCGGCTTCCTGCACGGCCTGGCTGAGCCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101054 CTGAAGCGGGTGGAGGGCGGCTTCCTGCACGGCCTGGCTGAGCCGCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCGCGCTGGGCCCCGAGGGCGGCCGCGTGGCCATGGACGGCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101104 GGCCGCGCTGGGCCCCGAGGGCGGCCGCGTGGCCATGGACGGCCTGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCAGTTCCCCGAGCAGGGCTTCCCCGCCGGCCCGCCGCTGCTGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101154 TCCAGTTCCCCGAGCAGGGCTTCCCCGCCGGCCCGCCGCTGCTGCCTCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CACATGGGCGGCCACTACCGCGACTGCCAGAGTCTGGGCGCGCCTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101204 CACATGGGCGGCCACTACCGCGACTGCCAGAGTCTGGGCGCGCCTCCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGACGGCTACCCGTTGCCCACGCCCGACACGTCCCCGCTGGACGGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101254 CGACGGCTACCCGTTGCCCACGCCCGACACGTCCCCGCTGGACGGCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACCCCGACCCGGCTTTCTTCGCCGCCCCGATGCCCGGGGACTGCCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101304 ACCCCGACCCGGCTTTCTTCGCCGCCCCGATGCCCGGGGACTGCCCGGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCGGCACCTACAGCTACGCGCAGGTCTCGGACTACGCTGGCCCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101354 GCCGGCACCTACAGCTACGCGCAGGTCTCGGACTACGCTGGCCCCCCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCTCCCGCCGGTCCCATGCACCCCCGACTCGGCCCAGAGCCCGCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101404 GCCTCCCGCCGGTCCCATGCACCCCCGACTCGGCCCAGAGCCCGCGGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTCGATTCCGGGCCTCCTGGCGCCACCCAGCGCCCTTCACGTGTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101454 CCTCGATTCCGGGCCTCCTGGCGCCACCCAGCGCCCTTCACGTGTACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGCGCGATGGGCTCGCCCGGGGCGGGCGGCGGGCGCGGCTTCCAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101504 GGCGCGATGGGCTCGCCCGGGGCGGGCGGCGGGCGCGGCTTCCAGATGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCCGCAACACCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCACCCCCCGGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101554 GCCGCAACACCAGCACCAGCACCAGCACCAGCACCACCCCCCGGGCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GACAGCCGTCGCCCCCTCCGGAGGCACTGCCCTGCCGGGACGGCACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101604 GACAGCCGTCGCCCCCTCCGGAGGCACTGCCCTGCCGGGACGGCACGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCCAGTCAGCCCGCCGAGCTCCTCGGGGAGGTGGACCGCACGGAATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101654 CCCAGTCAGCCCGCCGAGCTCCTCGGGGAGGTGGACCGCACGGAATTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ACAGTATCTGCACTTCGTGTGCAAGCCTGAGATGGGCCTCCCCTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101704 ACAGTATCTGCACTTCGTGTGCAAGCCTGAGATGGGCCTCCCCTACCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GGCATGACTCCGGTGTGAATCTCCCCGACAGCCACGGGGCCATTTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101754 GGCATGACTCCGGTGTGAATCTCCCCGACAGCCACGGGGCCATTTCCTCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GTGGTGTCCGACGCCAGCTCCGCGGTATATTACTGCAACTATCCTGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101804 GTGGTGTCCGACGCCAGCTCCGCGGTATATTACTGCAACTATCCTGACGT

   1250 
   1242 G
        |
 101854 G