seq1 = pF1KB9722.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KB9722/gi568815594f_146539141.tfa (gi568815594f:146539141_146740805), 201665 bp

>pF1KB9722 1230
>gi568815594f:146539141_146740805 (Chr4)

1-291  (100001-100288)   98% ->
292-1230  (100727-101665)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGATGATGTCCCTGAACAGCAAGCAGGCGTTTAGCATGCCGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGATGATGTCCCTGAACAGCAAGCAGGCGTTTAGCATGCCGCACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAGCCTGCACGTGGAGCCCAAGTACTCGGCACTGCACAGCACCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCAGCCTGCACGTGGAGCCCAAGTACTCGGCACTGCACAGCACCTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGCTCCTCGGCTCCCATCGCGCCCTCGGCCAGCTCCCCCAGCAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGCTCCTCGGCTCCCATCGCGCCCTCGGCCAGCTCCCCCAGCAGCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCAACGCTGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCAACGCTGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGAGGCCGAAGCAGCAGCTCCAGCAGCAGTGGCAGCAGCGGCGGCGGGG
        ---|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201    AGGCCGAAGCAGCAGCTCCAGCAGCAGTGGCAGCAGCGGCGGCGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTCGGAGGCTATGCGGAGAGCCTGTCTTCCAACCCCACCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100248 GCTCGGAGGCTATGCGGAGAGCCTGTCTTCCAACCCCACCGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCAATATATTCGGCGGGCTGGATGAGAGTCTGCTGGCCCGCGCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100727 AGCAATATATTCGGCGGGCTGGATGAGAGTCTGCTGGCCCGCGCCGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTGGCAGCCGTGGACATCGTCTCCCAGAGCAAGAGCCACCACCACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100777 TCTGGCAGCCGTGGACATCGTCTCCCAGAGCAAGAGCCACCACCACCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CACCCCACCACAGCCCCTTCAAACCGGACGCCACCTACCACACTATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100827 CACCCCACCACAGCCCCTTCAAACCGGACGCCACCTACCACACTATGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCATCCCGTGCACGTCGGCCGCCTCTTCTTCATCGGTGCCCATCTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100877 ACCATCCCGTGCACGTCGGCCGCCTCTTCTTCATCGGTGCCCATCTCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCTTCCGCGTTGGCGGGCACGCACCACCACCACCACCATCACCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100927 CCCTTCCGCGTTGGCGGGCACGCACCACCACCACCACCATCACCACCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCACCACCAACCGCACCAGGCGCTGGAGGGCGAGCTGCTGGAGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100977 ACCACCACCAACCGCACCAGGCGCTGGAGGGCGAGCTGCTGGAGCACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGTCCCGGGCTGGCCCTGGGCGCTATGGCGGGCCCCGACGGCGCTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101027 AGTCCCGGGCTGGCCCTGGGCGCTATGGCGGGCCCCGACGGCGCTGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTCCACGCCGGCTCACGCGCCGCACATGGCCACCATGAACCCCATGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101077 GTCCACGCCGGCTCACGCGCCGCACATGGCCACCATGAACCCCATGCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAGCAGCGCTCAGCATGGCCCACGCGCACGGGCTGCCGTCGCACATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101127 AAGCAGCGCTCAGCATGGCCCACGCGCACGGGCTGCCGTCGCACATGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGCATGAGCGACGTGGACGCCGACCCGCGGGACCTGGAGGCATTCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101177 TGCATGAGCGACGTGGACGCCGACCCGCGGGACCTGGAGGCATTCGCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCGCTTCAAGCAGCGACGCATCAAGCTGGGGGTGACCCAGGCAGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101227 GCGCTTCAAGCAGCGACGCATCAAGCTGGGGGTGACCCAGGCAGATGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCTCCGCGCTGGCCAACCTCAAGATCCCCGGCGTGGGCTCGCTTAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101277 GCTCCGCGCTGGCCAACCTCAAGATCCCCGGCGTGGGCTCGCTTAGCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AGCACCATCTGCAGGTTCGAGTCCCTCACACTGTCCCACAATAATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101327 AGCACCATCTGCAGGTTCGAGTCCCTCACACTGTCCCACAATAATATGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGCGCTCAAACCCATCCTGCAGGCATGGCTCGAGGAGGCCGAGAAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101377 CGCGCTCAAACCCATCCTGCAGGCATGGCTCGAGGAGGCCGAGAAGTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACCGCGAGAAGCTCACCAAGCCTGAACTCTTCAATGGCGCGGAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 ACCGCGAGAAGCTCACCAAGCCTGAACTCTTCAATGGCGCGGAGAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGCAAGCGCACGTCCATCGCTGCGCCAGAGAAGCGCTCGCTCGAAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 CGCAAGCGCACGTCCATCGCTGCGCCAGAGAAGCGCTCGCTCGAAGCCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTTTGCCATTCAGCCTCGGCCCTCCTCTGAAAAGATCGCCGCCATCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 CTTTGCCATTCAGCCTCGGCCCTCCTCTGAAAAGATCGCCGCCATCGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGAAGCTGGACCTGAAGAAAAACGTGGTGCGCGTCTGGTTCTGCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 AGAAGCTGGACCTGAAGAAAAACGTGGTGCGCGTCTGGTTCTGCAACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1192 AGGCAGAAACAGAAAAGAATGAAATATTCCGCCGGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101627 AGGCAGAAACAGAAAAGAATGAAATATTCCGCCGGCATT