seq1 = pF1KB9710.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KB9710/gi568815596r_236065917.tfa (gi568815596r:236065917_236267971), 202055 bp

>pF1KB9710 1044
>gi568815596r:236065917_236267971 (Chr2)

(complement)

1-523  (100001-100523)   100% ->
524-1044  (101535-102055)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGCAGCGTTCCCGCCGTCGCTGATGATGATGCAGCGCCCGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGCAGCGTTCCCGCCGTCGCTGATGATGATGCAGCGCCCGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGTAGCACCGCCTTCAGCATAGACTCGCTGATCGGCAGCCCGCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGTAGCACCGCCTTCAGCATAGACTCGCTGATCGGCAGCCCGCCGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCCCCGGCCATTTCGTCTACACCGGCTACCCCATGTTCATGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGCCCCGGCCATTTCGTCTACACCGGCTACCCCATGTTCATGCCCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGCCGGTAGTGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCGCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGCCGGTAGTGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGCGCTGCCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCGCGCTGCAGCCAGCGCTGCCGCCCGCACACCCTCACCACCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCGCGCTGCAGCCAGCGCTGCCGCCCGCACACCCTCACCACCAGATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGCCTGCCCACAGGCTTCTGCTCCAGCCTGGCGCAGGGCATGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGCCTGCCCACAGGCTTCTGCTCCAGCCTGGCGCAGGGCATGGCGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCTCTACGCTCATGGCCACGCTCCCCGGCGGCTTCTCCGCGTCGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCTCTACGCTCATGGCCACGCTCCCCGGCGGCTTCTCCGCGTCGCCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACCAGGAGGCGGCAGCGGCCCGCAAGTTCGCGCCGCAGCCGCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACCAGGAGGCGGCAGCGGCCCGCAAGTTCGCGCCGCAGCCGCTGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGGCGGTAACTTCGACAAGGCGGAGGCGCTGCAGGCTGACGCGGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGGCGGTAACTTCGACAAGGCGGAGGCGCTGCAGGCTGACGCGGAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAAAGGCTTCCTGGCCAAAGAGGGCTCGCTGCTCGCCTTCTCCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCAAAGGCTTCCTGGCCAAAGAGGGCTCGCTGCTCGCCTTCTCCGCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGAGACGGTGCAGGCTTCGCTCG         TCGGGGCTGTCCGAGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100501 CGAGACGGTGCAGGCTTCGCTCGGTG...CAGTCGGGGCTGTCCGAGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGGGAAAGACGAGTCAAAGGTGGAAGACGACCCGAAGGGCAAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101553 AAGGGAAAGACGAGTCAAAGGTGGAAGACGACCCGAAGGGCAAGGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCTTCTCGCTGGAGAGCGATGTGGACTACAGCTCGGATGACAATCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101603 AGCTTCTCGCTGGAGAGCGATGTGGACTACAGCTCGGATGACAATCTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGCCAGGCAGCTCACAAGGAGGAAGACCCGGGCCACGCGCTGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101653 TGGCCAGGCAGCTCACAAGGAGGAAGACCCGGGCCACGCGCTGGAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCCCGCCGAGCAGCGGCGCCGCGGGCAGCACCACGTCTACGGGCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101703 CCCCGCCGAGCAGCGGCGCCGCGGGCAGCACCACGTCTACGGGCAAGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGGCGGCGGCGGACTGCCTTCACCAGCGAGCAGCTGCTGGAGCTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101753 CGGCGGCGGCGGACTGCCTTCACCAGCGAGCAGCTGCTGGAGCTAGAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGAGTTCCACTGCAAAAAGTACCTCTCCTTGACCGAGCGCTCGCAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101803 GGAGTTCCACTGCAAAAAGTACCTCTCCTTGACCGAGCGCTCGCAGATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCACGCCCTCAAACTCAGCGAGGTGCAGGTGAAAATCTGGTTCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101853 CCCACGCCCTCAAACTCAGCGAGGTGCAGGTGAAAATCTGGTTCCAGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGACGGGCCAAGTGGAAACGGGTGAAGGCAGGCAATGCCAATTCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101903 CGACGGGCCAAGTGGAAACGGGTGAAGGCAGGCAATGCCAATTCCAAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGGGGAGCCCTCCCGGAACCCTAAGATCGTCGTCCCCATCCCTGTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101953 AGGGGAGCCCTCCCGGAACCCTAAGATCGTCGTCCCCATCCCTGTCCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCAGCAGGTTCGCTATCAGAAGTCAGCATCAGCAGCTAGAACAGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102003 TCAGCAGGTTCGCTATCAGAAGTCAGCATCAGCAGCTAGAACAGGCCCGG

   1050 
   1042 CCC
        |||
 102053 CCC