seq1 = pF1KB9707.tfa, 1026 bp
seq2 = pF1KB9707/gi568815579f_35542461.tfa (gi568815579f:35542461_35744849), 202389 bp

>pF1KB9707 1026
>gi568815579f:35542461_35744849 (Chr19)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-154  (100155-100238)   100% ->
155-235  (100505-100585)   100% ->
236-715  (100814-101293)   100% ->
716-828  (101775-101887)   100% ->
829-1026  (102192-102389)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTGTGGAACTGGGATGAGGCATCCCCACAGGAAGTGCCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCTGTGGAACTGGGATGAGGCATCCCCACAGGAAGTGCCTCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACAAGCTGGCAGGGCTTG         AAGGAGCCAAATTAGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 GAACAAGCTGGCAGGGCTTGGTA...CAGAAGGAGCCAAATTAGGCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTTTCCCTGATCTGGCACTCCAAGGGGACACGCCGACAGCGACAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100176 GTTTCCCTGATCTGGCACTCCAAGGGGACACGCCGACAGCGACAGCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATGCTGGAAAG         GTACAAGCTCATCCCTGGCAAGCTTCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100226 ACATGCTGGAAAGGTG...CAGGTACAAGCTCATCCCTGGCAAGCTTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACAGCTGGACTGGGGCTCCGCGTTACTGCACCCAGAAGTTCCATGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100533 ACAGCTGGACTGGGGCTCCGCGTTACTGCACCCAGAAGTTCCATGGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGG         AGCCCGACTCTCAGGCTCTTCCGTGGTCCGGGGACTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100583 CGGGTG...CAGAGCCCGACTCTCAGGCTCTTCCGTGGTCCGGGGACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAGACATGGCGTGCACAGCCTGGGACTCTTGGAGCGGCGCCTCGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 ACAGACATGGCGTGCACAGCCTGGGACTCTTGGAGCGGCGCCTCGCAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGGCCCCGCCCCTCTCGGCCCGGGCCCCATCCCCGCCGCCGGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100902 CCTGGGCCCCGCCCCTCTCGGCCCGGGCCCCATCCCCGCCGCCGGCTCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGCGCCGCGGGCCAGAACTGCGTCCCCGTGGCGGGAGAGGCCACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100952 AAGGCGCCGCGGGCCAGAACTGCGTCCCCGTGGCGGGAGAGGCCACCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGTCGCGCGCCCAGGCCGCCGGGAGCAACACCAGCTGGGACTGTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101002 TGGTCGCGCGCCCAGGCCGCCGGGAGCAACACCAGCTGGGACTGTTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGGCCCGACGGCGATACCTACTGGGGCAGTGGCCTGGGCGGGGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 GGGGCCCGACGGCGATACCTACTGGGGCAGTGGCCTGGGCGGGGAGCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCACGGACTGTACCATTTCGTGGGGCGGGCCCGCGGGCCCGGACTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101102 GCACGGACTGTACCATTTCGTGGGGCGGGCCCGCGGGCCCGGACTGTACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCTCCTGGAACCCGGGGCTGCATGCGGGTGGCACCACCTCTTTGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101152 ACCTCCTGGAACCCGGGGCTGCATGCGGGTGGCACCACCTCTTTGAAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTACCAGAGCTCAGCTCTCACCGTTTGCTCCGAACCGAGCCCGCAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101202 GTACCAGAGCTCAGCTCTCACCGTTTGCTCCGAACCGAGCCCGCAGTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCGTGCCAGTTTGGCTCGATGCCCCAAAACTAACCACCGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101252 ACCGTGCCAGTTTGGCTCGATGCCCCAAAACTAACCACCGAGGTG...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    716  GTCCCATTCAGCTGTGGCAGTTCCTCCTGGAGCTGCTCCACGACGGGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 GGTCCCATTCAGCTGTGGCAGTTCCTCCTGGAGCTGCTCCACGACGGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCGTAGCAGCTGCATCCGTTGGACTGGCAACAGCCGCGAGTTCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101824 GCGTAGCAGCTGCATCCGTTGGACTGGCAACAGCCGCGAGTTCCAGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCGACCCCAAAGAG         GTGGCTCGGCTGTGGGGCGAGCGCAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101874 GCGACCCCAAAGAGGTG...TAGGTGGCTCGGCTGTGGGGCGAGCGCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGAAAGCCGGGCATGAATTACGAGAAGCTGAGCCGGGGCCTTCGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102219 AGAAAGCCGGGCATGAATTACGAGAAGCTGAGCCGGGGCCTTCGCTACTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTATCGCCGCGACATCGTGCGCAAGAGCGGGGGGCGAAAGTACACGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102269 CTATCGCCGCGACATCGTGCGCAAGAGCGGGGGGCGAAAGTACACGTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GCTTCGGGGGCCGCGTGCCCAGCCTAGCCTATCCGGACTGTGCGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102319 GCTTCGGGGGCCGCGTGCCCAGCCTAGCCTATCCGGACTGTGCGGGAGGC

   1050     .    :    .    :
   1006 GGACGGGGAGCAGAGACACAA
        |||||||||||||||||||||
 102369 GGACGGGGAGCAGAGACACAA