seq1 = pF1KB9703.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB9703/gi568815588f_23092531.tfa (gi568815588f:23092531_23293903), 201373 bp

>pF1KB9703 984
>gi568815588f:23092531_23293903 (Chr10)

1-784  (100001-100784)   100% ->
785-984  (101174-101373)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCGGTGTTGCTGGAGCACTTCCCCGGGGGCCTAGACGCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCGGTGTTGCTGGAGCACTTCCCCGGGGGCCTAGACGCCTTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTTCGTACTTCGACGAGGACGACTTCTTCACCGACCAGTCTTCACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTTCGTACTTCGACGAGGACGACTTCTTCACCGACCAGTCTTCACGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCCCCTGGAGGACGGCGATGAGCTGCTGGCGGACGAGCAGGCCGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCCCCTGGAGGACGGCGATGAGCTGCTGGCGGACGAGCAGGCCGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGTTCCTTAGCCACCAGCTCCACGAGTACTGCTACCGCGACGGGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGTTCCTTAGCCACCAGCTCCACGAGTACTGCTACCGCGACGGGGCGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCTGCTGCAGCCCGCGCCCCCGGCCGCCCCGCTAGCGCTCGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGCTGCTGCAGCCCGCGCCCCCGGCCGCCCCGCTAGCGCTCGCCCCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGTCCTCGGGGGGCCTCGGTGAGCCAGACGACGGCGGCGGCGGCGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGTCCTCGGGGGGCCTCGGTGAGCCAGACGACGGCGGCGGCGGCGGCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCTGCGAGACGGGGGCGCCCCCAGGCGGCTTCCCCTACTCGCCCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCTGCGAGACGGGGGCGCCCCCAGGCGGCTTCCCCTACTCGCCCGGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCGCCCTCGTGCCTGGCCTACCCGTGCGCCGGGGCGGCAGTACTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCGCCCTCGTGCCTGGCCTACCCGTGCGCCGGGGCGGCAGTACTGTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGGGGCGCGGCTGCGCGGCCTGAGCGGAGCGGCGGCTGCGGCGGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGGGGCGCGGCTGCGCGGCCTGAGCGGAGCGGCGGCTGCGGCGGCGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCCGGCGGCGGGTGCGCTCCGAGGCGGAGCTGCAGCAGCTGCGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCCGGCGGCGGGTGCGCTCCGAGGCGGAGCTGCAGCAGCTGCGGCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCCAACGTGCGCGAGCGGCGGCGCATGCAGTCCATCAACGACGCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCCAACGTGCGCGAGCGGCGGCGCATGCAGTCCATCAACGACGCCTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGGGCTGCGCTCGCACATCCCCACGCTGCCCTACGAGAAGCGCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGGGCTGCGCTCGCACATCCCCACGCTGCCCTACGAGAAGCGCCTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAGGTGGACACGCTGCGCCTGGCCATCGGCTACATCAACTTCCTCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAGGTGGACACGCTGCGCCTGGCCATCGGCTACATCAACTTCCTCAGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTCGTGCAGGCCGACCTGCCCTTGCGCGGCGGTGGCGCGGGCGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTCGTGCAGGCCGACCTGCCCTTGCGCGGCGGTGGCGCGGGCGGCTGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGGGGCCGGGCGGCGGCGGGCGCCTGGGCGGGGACAGCCCGGGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGGGGCCGGGCGGCGGCGGGCGCCTGGGCGGGGACAGCCCGGGCAGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCCAGAAGGTCATCATCTGCCATCGGGGCACCC         GGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|| ||||
 100751 GCCCAGAAGGTCATCATCTGCCATCGGGGCACCCGTA...CAGGGTCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTCCCCCAGCGACCCTGATTATGGCCTCCCTCCCCTAGCAGGACACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101181 CTCCCCCAGCGACCCTGATTATGGCCTCCCTCCCCTAGCAGGACACTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCTCATGGACTGATGAAAAACAACTCAAGGAACAAAATATTATCCGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101231 TCTCATGGACTGATGAAAAACAACTCAAGGAACAAAATATTATCCGAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCCAAAGTCTGGACCCCAGAGGACCCCAGAAAACTCAACAGCAAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101281 GCCAAAGTCTGGACCCCAGAGGACCCCAGAAAACTCAACAGCAAATCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTTCAACAACATAGAAAACGAACCACCATTTGAGTTTGTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101331 CTTCAACAACATAGAAAACGAACCACCATTTGAGTTTGTGTCC