seq1 = pF1KB9701.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KB9701/gi568815591r_27029286.tfa (gi568815591r:27029286_27230733), 201448 bp

>pF1KB9701 960
>gi568815591r:27029286_27230733 (Chr7)

(complement)

1-616  (100001-100616)   99% ->
617-960  (101163-101506)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCATGAGCTCGTTTTTGATAAACTCCAACTACATCGAGCCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCATGAGCTCGTTTTTGATAAACTCCAACTACATCGAGCCCAAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCTCCCTTCGAGGAGTACGCGCAGCACAGCGGCTCGGGCGGCGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCTCCCTTCGAGGAGTACGCGCAGCACAGCGGCTCGGGCGGCGCAGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCCCGGGCGGGGGCCCCGGCTACCAGCAGCCCCCAGCGCCCCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGCCCGGGCGGGGGCCCCGGCTACCAGCAGCCCCCAGCGCCCCCGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCACCTGCCGCTGCAGCAGCCCCAGCTCCCTCACGCGGGCGGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCACCTGCCGCTGCAGCAGCCCCAGCTCCCTCACGCGGGCGGCGGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGCCCCCTGCCTCCTACTACGCGCCGCGGACCGCCCGCGAGCCCGCCT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGCCCACTGCCTCCTACTACGCGCCGCGGACCGCCCGCGAGCCCGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCCTGCTGCCGCGCTGTACCCCGCGCATGGGGCCGCGGACACCGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCCTGCTGCCGCGCTGTACCCCGCGCATGGGGCCGCGGACACCGCCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCTATGGCTACCGCGGCGGCGCCAGCCCCGGGCGGCCGCCCCAGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCTATGGCTACCGCGGCGGCGCCAGCCCCGGGCGGCCGCCCCAGCCCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGCCCCCGGCGCAAGCCAAGGGCCCAGCGCACGGCCTGCATGCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGCCCCCGGCGCAAGCCAAGGGCCCAGCGCACGGCCTGCATGCGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGTCCTGCAGCCCCAGCCGCCGCCGCCCCTGCAGCCTCGCGCCGTGCCC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGTCCTGCAGCCCCAGCTGCCGCCGCCCCTGCAGCCTCGCGCCGTGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAGCGGCCCCGCGGCGCTGCGAGGCGGCCCCCGCCACCCCAGGCGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAGCGGCCCCGCGGCGCTGCGAGGCGGCCCCCGCCACCCCAGGCGTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCAGGGGGCAGCGCCCCCGCGTGCCCGCTGCTCTTGGCCGACAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCAGGGGGCAGCGCCCCCGCGTGCCCGCTGCTCTTGGCCGACAAGAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCTGGGCCTGAAGGGCAAGGAGCCCGTGGTGTACCCCTGGATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCTGGGCCTGAAGGGCAAGGAGCCCGTGGTGTACCCCTGGATGAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCCATGTCAGCGCCG         TTAACCCCAGTTATAACGGAGGGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCCATGTCAGCGCCGGTA...CAGTTAACCCCAGTTATAACGGAGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCTAAGCGCTCTCGAACCGCCTACACCCGGCAGCAGGTCTTGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101188 GCCTAAGCGCTCTCGAACCGCCTACACCCGGCAGCAGGTCTTGGAGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGAAGGAGTTCCACTTCAATCGCTACCTGACCCGGCGGCGCCGCATCGAG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 101238 AGAAGGAGTTCCACTTCAATCGATACCTGACCCGGCGGCGCCGCATCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCGCCCACACGCTCTGTTTGTCTGAGCGCCAGGTCAAGATCTGGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101288 ATCGCCCACACGCTCTGTTTGTCTGAGCGCCAGGTCAAGATCTGGTTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAACCGGAGGATGAAGTGGAAGAAAGACCACAAACTGCCCAACACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101338 GAACCGGAGGATGAAGTGGAAGAAAGACCACAAACTGCCCAACACCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGCGATCCTCCAATTCGGCCTCGGCCTCTGCCGGCCCACCAGGGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101388 TGCGATCCTCCAATTCGGCCTCGGCCTCTGCCGGCCCACCAGGGAAAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAAACTCAGAGCCCACACCTCCATCCCCACCCCCACCCGAGCACCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101438 CAAACTCAGAGCCCACACCTCCATCCCCACCCCCACCCGAGCACCTCCAC

    950     .    :    .
    942 ACCCGTTCCCTCCTCCATA
        |||||||||||||||||||
 101488 ACCCGTTCCCTCCTCCATA