seq1 = pF1KB9698.tfa, 873 bp
seq2 = pF1KB9698/gi568815595r_87159897.tfa (gi568815595r:87159897_87376462), 216566 bp

>pF1KB9698 873
>gi568815595r:87159897_87376462 (Chr3)

(complement)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-214  (103045-103116)   100% ->
215-439  (111951-112175)   100% ->
440-604  (114228-114392)   100% ->
605-665  (115130-115190)   100% ->
666-873  (116359-116566)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTGCCAAGCTTTTACTTCGGCTGATACCTTTATACCTCTGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTGCCAAGCTTTTACTTCGGCTGATACCTTTATACCTCTGAATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACGCCTCTGCAACTCTGCCTCTGATAATGCATCACAGTGCTGCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACGCCTCTGCAACTCTGCCTCTGATAATGCATCACAGTGCTGCCGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTACCAGTCTCCAACCATGCCACCAATGTGATGTCTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 GTCTACCAGTCTCCAACCATGCCACCAATGTGATGTCTACAGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  CAACAGGACTTCATTATTCTGTTCCTTCCTGTCATTATGGAAACCAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103044 GCAACAGGACTTCATTATTCTGTTCCTTCCTGTCATTATGGAAACCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCAACCTATGGAGTGATGGCAG         GTAGTTTAACCCCTTGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103094 ATCAACCTATGGAGTGATGGCAGGTA...CAGGTAGTTTAACCCCTTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTATAAATTTCCTGACCACACCTTGAGTCATGGATTTCCTCCTATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111969 TTTATAAATTTCCTGACCACACCTTGAGTCATGGATTTCCTCCTATACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCCTCTTCTGGCAGAGGACCCCACAGCTGCTGATTTCAAGCAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112019 CAGCCTCTTCTGGCAGAGGACCCCACAGCTGCTGATTTCAAGCAGGAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGCGGAAAAGTAAATTGGTGGAAGAGCCAATAGACATGGATTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112069 CAGGCGGAAAAGTAAATTGGTGGAAGAGCCAATAGACATGGATTCTCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAATCAGAGAACTTGAAAAGTTTGCCAATGAATTTAAAGTGAGACGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112119 AAATCAGAGAACTTGAAAAGTTTGCCAATGAATTTAAAGTGAGACGAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAATTAG         GATACACCCAGACAAATGTTGGGGAGGCCCTGGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112169 AAATTAGGTA...CAGGATACACCCAGACAAATGTTGGGGAGGCCCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCTGTGCATGGCTCTGAATTCAGTCAAACAACAATCTGCCGATTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114262 AGCTGTGCATGGCTCTGAATTCAGTCAAACAACAATCTGCCGATTTGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCTGCAGCTCAGCTTTAAAAATGCATGCAAACTGAAAGCAATATTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114312 ATCTGCAGCTCAGCTTTAAAAATGCATGCAAACTGAAAGCAATATTATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAATGGCTGGAGGAAGCTGAGCAAGTAGGAG         CTTTGTACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114362 AAATGGCTGGAGGAAGCTGAGCAAGTAGGAGGTA...TAGCTTTGTACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAAAAAGTGGGAGCAAATGAAAGGAAAAGAAAACGAAGAACAACTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115140 TGAAAAAGTGGGAGCAAATGAAAGGAAAAGAAAACGAAGAACAACTATAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 G         CATTGCTGCTAAAGATGCTCTGGAGAGACACTTTGGAGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115190 GGTA...CAGCATTGCTGCTAAAGATGCTCTGGAGAGACACTTTGGAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGAATAAACCTTCTTCTCAAGAGATCATGAGGATGGCTGAAGAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116399 CAGAATAAACCTTCTTCTCAAGAGATCATGAGGATGGCTGAAGAACTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCTGGAGAAAGAAGTAGTAAGAGTTTGGTTTTGCAACCGGAGGCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116449 TCTGGAGAAAGAAGTAGTAAGAGTTTGGTTTTGCAACCGGAGGCAGAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAAAACGGGTGAAAACAAGTCTGAATCAGAGTTTATTTTCTATTTCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116499 AAAAACGGGTGAAAACAAGTCTGAATCAGAGTTTATTTTCTATTTCTAAG

    900     .    :    .
    856 GAACATCTTGAGTGCAGA
        ||||||||||||||||||
 116549 GAACATCTTGAGTGCAGA