seq1 = pF1KB9695.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KB9695/gi568815585f_27692691.tfa (gi568815585f:27692691_27893945), 201255 bp

>pF1KB9695 792
>gi568815585f:27692691_27893945 (Chr13)

1-412  (100001-100412)   99% ->
413-792  (100876-101255)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCGCTCCTTCCTGGTGGACTCGCTAGTGCTGCGCGAGGCGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCGCTCCTTCCTGGTGGACTCGCTAGTGCTGCGCGAGGCGGGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGAAGGCGCCCGAGGGCAGCCCGCCGCCGCTCTTCCCCTACGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGAAGGCGCCCGAGGGCAGCCCGCCGCCGCTCTTCCCCTACGCTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCGCCGCACGCGCTGCACGGTCTCTCGCCTGGCGCCTGCCACGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCGCCGCACGCGCTGCACGGTCTCTCGCCTGGCGCCTGCCACGCGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGCTGGGCTGCTGTGCGTGTGCCCGCTCTGCGTCACCGCCTCGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGCTGGGCTGCTGTGCGTGTGCCCGCTCTGCGTCACCGCCTCGCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCATGGGCCCCCCGGGCCGCCCGCGCTGCCTCTGCTCAAGGCTTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100201 GCATGGGCCCCCCGGGCCGCCCGCGCTGCCTCTACTCAAGGCTTCCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACCCTTCGGCTCGCAGTACTGCCACGCGCCCCTGGGCCGCCAGCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACCCTTCGGCTCGCAGTACTGCCACGCGCCCCTGGGCCGCCAGCACTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTGTGTCGCCCGGGGTCGCTCACGGCCCGGCCGCCGCTGCTGCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTGTGTCGCCCGGGGTCGCTCACGGCCCGGCCGCCGCTGCTGCTGCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCGCTCTACCAGACCTCCTACCCGCTGCCTGACCCCAGGCAGTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCGCTCTACCAGACCTCCTACCCGCTGCCTGACCCCAGGCAGTTCCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATCTCTGTGG         ACAGCAGCTCTAACCAGCTGCCCAGCAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATCTCTGTGGGTA...CAGACAGCAGCTCTAACCAGCTGCCCAGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGAGGATGCGCACGGCTTTCACCAGCACGCAGCTGCTAGAGCTGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100905 AAGAGGATGCGCACGGCTTTCACCAGCACGCAGCTGCTAGAGCTGGAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGAGTTCGCTTCTAATATGTACCTGTCCCGCCTACGTCGCATCGAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100955 CGAGTTCGCTTCTAATATGTACCTGTCCCGCCTACGTCGCATCGAGATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGACCTACCTGAATCTGTCCGAGAAGCAGGTGAAGATCTGGTTTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 CGACCTACCTGAATCTGTCCGAGAAGCAGGTGAAGATCTGGTTTCAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGCCGAGTGAAGCACAAGAAGGAGGGCAAGGGCAGCAACCATCGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101055 CGCCGAGTGAAGCACAAGAAGGAGGGCAAGGGCAGCAACCATCGTGGCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGGCGGCGGGGGTGCCGGTGGTGGCGGGAGCGCACCGCAAGGCTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101105 CGGCGGCGGGGGTGCCGGTGGTGGCGGGAGCGCACCGCAAGGCTGCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCGCATCGCTCTCCTCAGCCAAGTGCTCCGAGGATGACGACGAATTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101155 GCGCATCGCTCTCCTCAGCCAAGTGCTCCGAGGATGACGACGAATTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATGTCTCCGTCCTCCTCAGGGAAGGACGACCGGGATCTTACGGTCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101205 ATGTCTCCGTCCTCCTCAGGGAAGGACGACCGGGATCTTACGGTCACTCC

    800 
    792 C
        |
 101255 C